use default makefile and recovery previous alpha makefile
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5e8a7a2520
commit
fe1d5a834e
32 changed files with 2430 additions and 131 deletions
52
src/Misc/makefile
Normal file
52
src/Misc/makefile
Normal file
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@ -0,0 +1,52 @@
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#
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# Makefile for Miscellaneous routines - Alpha version
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#
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# Objects made by this makefile
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#
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LIBS = misc.a
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#
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# Where the wild things are
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#
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SRC = .
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INCLUDES = -I$(SRC)
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#
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# Alpha Version
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#
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CC = cc
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CFLAGS = -g $(INCLUDES)
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ARFLAGS = rv
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#
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# Objects
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#
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OBJS = \
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crash.o \
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date.o \
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filenames.o \
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files.o \
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find.o \
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shell.o \
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strings.o
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#
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# Main dependency
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#
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$(LIBS) : $(OBJS)
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/bin/rm -f $(LIBS) ;\
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$(AR) $(ARFLAGS) $(LIBS) $(OBJS) ;\
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ranlib $(LIBS)
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#
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# Special dependencies
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#
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%.o : $(SRC)/%.c
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$(CC) $(CFLAGS) -c $<
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all : $(LIBS)
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clean :
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/bin/rm -f $(OBJS) $(LIBS)
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@ -16,7 +16,7 @@ INCLUDES = -I$(SRC)
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# Alpha Version
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# Alpha Version
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#
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#
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CC = cc
|
CC = cc
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CFLAGS = -g $(INCLUDES)
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CFLAGS = -g -std1 -ieee_with_inexact $(INCLUDES)
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ARFLAGS = rv
|
ARFLAGS = rv
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||||||
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#
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#
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43
src/abi/makefile
Normal file
43
src/abi/makefile
Normal file
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@ -0,0 +1,43 @@
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#
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# Makefile for abi - Alpha version
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#
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#
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# Programs made by this makefile
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#
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PROGS = getABISampleName 2rs
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all: $(PROGS)
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#
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# Where the wild things are
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#
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SRC = .
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#
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# Alpha
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#
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CC = cc
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CFLAGS = -g -I$(SRC)/../ted
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|
LD = cc
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LDFLAGS = -g
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#
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# Make the programs
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#
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getABISampleName: getABISampleName.o
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|
$(LD) $(LDFLAGS) -o getABISampleName getABISampleName.o
|
||||||
|
|
||||||
|
2rs: 2rs.o
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||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o 2rs 2rs.o
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||||||
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#
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# Special dependencies
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#
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%.o : $(SRC)/%.c
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$(CC) $(CFLAGS) -c $<
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all: $(PROGS)
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|
clean:
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|
/bin/rm -f $(PROGS) *.o *~
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||||||
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@ -5,8 +5,7 @@
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#
|
#
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||||||
# Programs made by this makefile
|
# Programs made by this makefile
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#
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#
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PROGS = getABISampleName 2rs
|
PROGS = getABISampleName
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all: $(PROGS)
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#
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#
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||||||
# Where the wild things are
|
# Where the wild things are
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@ -17,9 +16,9 @@ SRC = .
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# Alpha
|
# Alpha
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#
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#
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||||||
CC = cc
|
CC = cc
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||||||
CFLAGS = -g -I$(SRC)/../ted
|
CFLAGS = -g -std1 -ieee_with_inexact -I$(SRC)/../ted
|
||||||
LD = cc
|
LD = cc
|
||||||
LDFLAGS = -g
|
LDFLAGS = -g -non_shared
|
||||||
|
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#
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#
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||||||
# Make the programs
|
# Make the programs
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||||||
|
|
@ -27,8 +26,6 @@ LDFLAGS = -g
|
||||||
getABISampleName: getABISampleName.o
|
getABISampleName: getABISampleName.o
|
||||||
$(LD) $(LDFLAGS) -o getABISampleName getABISampleName.o
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o getABISampleName getABISampleName.o
|
||||||
|
|
||||||
2rs: 2rs.o
|
|
||||||
$(LD) $(LDFLAGS) -o 2rs 2rs.o
|
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||||||
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#
|
#
|
||||||
# Special dependencies
|
# Special dependencies
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43
src/alf/makefile
Normal file
43
src/alf/makefile
Normal file
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@ -0,0 +1,43 @@
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#
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|
# Makefile for alf - Alpha version
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#
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#
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|
# Programs made by this makefile
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#
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PROGS = alfsplit
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#
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# Where the wild things are
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#
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SRC = .
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#
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# Alpha
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#
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CC = cc
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CFLAGS = -g -I$(SRC)/../ted
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|
LD = cc
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|
LDFLAGS = -g
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#
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|
# Make the programs
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#
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alfsplit: alfsplit.o
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$(LD) $(LDFLAGS) -o alfsplit alfsplit.o $(LIBS)
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||||||
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|
2rs: 2rs.o
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||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o 2rs 2rs.o $(LIBS)
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#
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|
# Special dependencies
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#
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|
all: $(PROGS)
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||||||
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|
clean:
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||||||
|
/bin/rm -f $(PROGS) *.o *~
|
||||||
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%.o : $(SRC)/%.c
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||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
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|
@ -16,9 +16,9 @@ SRC = .
|
||||||
# Alpha
|
# Alpha
|
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#
|
#
|
||||||
CC = cc
|
CC = cc
|
||||||
CFLAGS = -g -I$(SRC)/../ted
|
CFLAGS = -g -std1 -ieee_with_inexact -I$(SRC)/../ted
|
||||||
LD = cc
|
LD = cc
|
||||||
LDFLAGS = -g
|
LDFLAGS = -g -non_shared
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
|
|
|
||||||
580
src/bap/makefile
Normal file
580
src/bap/makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,580 @@
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||||||
|
# Makefile for staden X programs (Alpha version)
|
||||||
|
# ---------------------------------------------------------
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# This makefile generates the following staden programs which
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|
# run under xterm (normal, `N') and those which run directly under X.
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NPROGS= mep nip bap sap sip splitp1 splitp2 splitp3 sethelp
|
||||||
|
LPROGS= nipl
|
||||||
|
XPROGS= xmep xnip xbap xsap xsip
|
||||||
|
PROGS= $(NPROGS) $(LPROGS) $(XPROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
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||||||
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|
||||||
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||||||
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#
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# ``Interesting'' suffices that make needs to know about
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#
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.SUFFIXES: .a $(SUFFIXES)
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#
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# Directories
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#
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SRC = .
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||||||
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STADENSRC=$(SRC)/../staden
|
||||||
|
STADENBIN=$(STADENSRC)
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||||||
|
TEDSRC=$(SRC)/../ted
|
||||||
|
TEDBIN=$(TEDSRC)
|
||||||
|
OSPSRC=$(SRC)/osp-bits
|
||||||
|
OSPBIN=$(OSPSRC)
|
||||||
|
MISCSRC=$(SRC)/../Misc
|
||||||
|
MISCBIN=$(MISCSRC)
|
||||||
|
# Use the ted sources compiled for staden executables
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|
INCLUDES= -I$(SRC) -I$(STADENSRC) -I$(TEDSRC) -I$(OSPSRC) -I$(MISCSRC)
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#
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# Compilers and flags
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#
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CC= cc
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CFLAGS= -g $(INCLUDES)
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F77= gfortran
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||||||
|
FFLAGS= -g -fdec -std=legacy -C
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||||||
|
|
||||||
|
#FLIBS= -lfor -lUfor -lots -lFutil
|
||||||
|
FLIBS = -lm -lutil
|
||||||
|
XLIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11
|
||||||
|
LFLAGS= $(FLIBS)
|
||||||
|
XLFLAGS= $(XLIBS) $(FLIBS)
|
||||||
|
|
||||||
|
LD = gfortran
|
||||||
|
XLD = cc
|
||||||
|
LDFLAGS = -g -fdec -std=legacy -L/usr/lib -lgfortran
|
||||||
|
|
||||||
|
#
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||||||
|
# Avoid compilation of objects in remote directories
|
||||||
|
#
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||||||
|
$(STADENBIN)/%.o : $(STADENSRC)/%.f
|
||||||
|
$(STADENBIN)/%.o : $(STADENSRC)/%.c
|
||||||
|
$(TEDBIN)/%.o : $(TEDSRC)/%.f
|
||||||
|
$(TEDBIN)/%.o : $(TEDSRC)/%.c
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Sequence library handling routines
|
||||||
|
#
|
||||||
|
SEQLIB=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/seqlibsubs.o
|
||||||
|
|
||||||
|
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||||||
|
|
||||||
|
#
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||||||
|
# The C objects, needed by every X program
|
||||||
|
#
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||||||
|
CCORE=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/postscript.o\
|
||||||
|
$(TEDBIN)/Graph.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plotLog.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/help.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/dialogues.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/userfacecom.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/xmenu.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/locks.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/mcspec.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/helpnmenu.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/FtoC.o
|
||||||
|
|
||||||
|
COBJS=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/main.o\
|
||||||
|
$(CCORE)
|
||||||
|
|
||||||
|
COBJS2=\
|
||||||
|
xbapmain.o\
|
||||||
|
$(CCORE)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
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||||||
|
# Common objects, needed by every program
|
||||||
|
#
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||||||
|
COMMONOBJSB=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/fmain.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/seeme-aix.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/nxspec.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/userface.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/userfacecom.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/nxhelpmenu.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/helpnmenu.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/FtoC.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/subs89.a
|
||||||
|
|
||||||
|
COMMONOBJS=\
|
||||||
|
$(COMMONOBJSB)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/postscript.o
|
||||||
|
|
||||||
|
SCOMMONOBJS=\
|
||||||
|
$(COMMONOBJSB)
|
||||||
|
|
||||||
|
XCOMMONOBJS=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/seeme-aix.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/xspec.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/subs89.a\
|
||||||
|
$(COBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
XCOMMONOBJS2=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/seeme-aix.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/xspec.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/subs89.a\
|
||||||
|
$(COBJS2)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Building the programs
|
||||||
|
# This should be just a linking phase because all of the object
|
||||||
|
# files and library files are generated using implicit rules.
|
||||||
|
# We use the fortran compiler to do linking.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
GIP=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/gip.o
|
||||||
|
|
||||||
|
GIPOBJS=\
|
||||||
|
$(GIP)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
gip: $(GIPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(GIPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
MEP=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/mep.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/mepsub.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/asubs89.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plot92.a
|
||||||
|
|
||||||
|
MEPOBJS=\
|
||||||
|
$(MEP)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/pl4010.o
|
||||||
|
|
||||||
|
XMEPOBJS=\
|
||||||
|
$(MEP)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/xmepSpec.o\
|
||||||
|
$(XCOMMONOBJS)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plX.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/textOutput.o
|
||||||
|
|
||||||
|
mep: $(MEPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(MEPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xmep: $(XMEPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XMEPOBJS) $(XLFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
NIP=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/nip.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/patternn.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/patternnc.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/anals89.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/asubs89.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plot92.a $(SEQLIB)
|
||||||
|
|
||||||
|
NIPOBJS=\
|
||||||
|
$(NIP)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/pl4010.o
|
||||||
|
|
||||||
|
XNIPOBJS=\
|
||||||
|
$(NIP)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/xnipSpec.o\
|
||||||
|
$(XCOMMONOBJS)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plX.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/textOutput.o
|
||||||
|
|
||||||
|
nip: $(NIPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(NIPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xnip: $(XNIPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XNIPOBJS) $(XLFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
NIPL=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/nipl.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/patternnc.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/anals89.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/asubs89.a\
|
||||||
|
$(SEQLIB)
|
||||||
|
|
||||||
|
NIPLOBJS=\
|
||||||
|
$(NIPL)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
nipl: $(NIPLOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(NIPLOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
PIP=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/pip.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/analps89.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/patternp.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/patternpc.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/asubs89.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plot92.a\
|
||||||
|
$(SEQLIB)
|
||||||
|
|
||||||
|
PIPOBJS=\
|
||||||
|
$(PIP)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/pl4010.o
|
||||||
|
|
||||||
|
XPIPOBJS=\
|
||||||
|
$(PIP)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/xpipSpec.o\
|
||||||
|
$(XCOMMONOBJS)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plX.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/textOutput.o
|
||||||
|
|
||||||
|
pip: $(PIPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(PIPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xpip:$(XPIPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XPIPOBJS) $(XLFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
PIPL=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/pipl.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/patternpc.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/analps89.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/asubs89.a\
|
||||||
|
$(SEQLIB)
|
||||||
|
|
||||||
|
PIPLOBJS=\
|
||||||
|
$(PIPL)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
pipl: $(PIPLOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(PIPLOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Trace manager objects
|
||||||
|
#
|
||||||
|
STDTEDFILES=\
|
||||||
|
$(TEDBIN)/seq.o\
|
||||||
|
$(TEDBIN)/seqIOABI.o\
|
||||||
|
$(TEDBIN)/seqIOALF.o\
|
||||||
|
$(TEDBIN)/seqIOSCF.o\
|
||||||
|
$(TEDBIN)/seqIOPlain.o\
|
||||||
|
$(TEDBIN)/opp.o\
|
||||||
|
$(TEDBIN)/fpoint.o\
|
||||||
|
$(TEDBIN)/mach-io.o
|
||||||
|
|
||||||
|
TMANOBJS=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/tman_main.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/tman_display.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/tman_traceDisplay.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/tman_basesDisplay.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/tman_context.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/tman_gadgets.o\
|
||||||
|
$(STDTEDFILES)
|
||||||
|
|
||||||
|
OSPOBJS=\
|
||||||
|
$(OSPBIN)/analysis.o\
|
||||||
|
$(OSPBIN)/our_allo.o\
|
||||||
|
$(OSPBIN)/paramIOX.o\
|
||||||
|
$(OSPBIN)/paramIO.o\
|
||||||
|
$(OSPBIN)/get_scores.o\
|
||||||
|
$(OSPBIN)/utils.o\
|
||||||
|
mess.o\
|
||||||
|
$(GNULIB)
|
||||||
|
|
||||||
|
XHACK=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/SmeLine.o
|
||||||
|
|
||||||
|
EDITOR=\
|
||||||
|
$(XHACK)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/xsapConEdit.o\
|
||||||
|
contigEditor.o\
|
||||||
|
edUtils.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/undo.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/Sheet.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/select.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/extend.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/searchUtils.o\
|
||||||
|
edMenu.o\
|
||||||
|
oligo.o\
|
||||||
|
oligocom.o\
|
||||||
|
subclone.o\
|
||||||
|
myparams.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/trans.o\
|
||||||
|
$(MISCBIN)/misc.a
|
||||||
|
|
||||||
|
TAGEDITOR=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/tagEditor.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/tagdbparse.o\
|
||||||
|
tagU2.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/tagU1.o
|
||||||
|
|
||||||
|
BAP=\
|
||||||
|
bap.o\
|
||||||
|
dbsysnew.o\
|
||||||
|
dbsyscommon.o\
|
||||||
|
actf.o\
|
||||||
|
dstrand.o\
|
||||||
|
oligo_sel.o\
|
||||||
|
llin.o\
|
||||||
|
guk.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/asubs89.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plot92.a
|
||||||
|
|
||||||
|
BAPOBJS=\
|
||||||
|
$(BAP)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/pl4010.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/conEdit.o\
|
||||||
|
tagU2.o\
|
||||||
|
$(OSPBIN)/analysis.o\
|
||||||
|
$(OSPBIN)/our_allo.o\
|
||||||
|
$(OSPBIN)/get_scores.o\
|
||||||
|
$(OSPBIN)/utils.o\
|
||||||
|
mess.o\
|
||||||
|
baponly.o\
|
||||||
|
oligocom.o
|
||||||
|
|
||||||
|
XBAPOBJS=\
|
||||||
|
$(BAP)\
|
||||||
|
$(XCOMMONOBJS2)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plX.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/textOutput.o\
|
||||||
|
$(EDITOR)\
|
||||||
|
$(TMANOBJS)\
|
||||||
|
$(TAGEDITOR)\
|
||||||
|
$(OSPOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
bap: $(BAPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(BAPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xbap: $(XBAPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XBAPOBJS) $(XLFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
SAP=\
|
||||||
|
sap.o\
|
||||||
|
dbsyscommon.o\
|
||||||
|
dbsysold.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/asubs89.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plot92.a
|
||||||
|
|
||||||
|
SAPOBJS=\
|
||||||
|
$(SAP)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/pl4010.o
|
||||||
|
|
||||||
|
XSAPOBJS=\
|
||||||
|
$(SAP)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/xsapSpec.o\
|
||||||
|
$(XCOMMONOBJS)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plX.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/textOutput.o
|
||||||
|
|
||||||
|
sap: $(SAPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SAPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xsap: $(XSAPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XSAPOBJS) $(XLFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SAPF=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/sapf.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/dbsyscommon.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/dbsysold.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/asubs89.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plot92.a
|
||||||
|
|
||||||
|
SAPFOBJS=\
|
||||||
|
$(SAPF)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/sapmen.o\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/pl4010.o
|
||||||
|
|
||||||
|
sapf: $(SAPFOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SAPFOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SIP=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/sip.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/dias89.a\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plot92.a\
|
||||||
|
$(SEQLIB)
|
||||||
|
|
||||||
|
SIPOBJS=\
|
||||||
|
$(SIP)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/pl4010.o
|
||||||
|
|
||||||
|
XSIPOBJS=\
|
||||||
|
$(SIP)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/xsipSpec.o\
|
||||||
|
$(XCOMMONOBJS)\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/plX.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/textOutput.o
|
||||||
|
|
||||||
|
sip: $(SIPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SIPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xsip: $(XSIPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XSIPOBJS) $(XLFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SIPL=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/sipl.o\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/dias89.a\
|
||||||
|
$(SEQLIB)
|
||||||
|
|
||||||
|
SIPLOBJS=\
|
||||||
|
$(SIPL)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
sipl: $(SIPLOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SIPLOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SETHELP=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/sethelp.o
|
||||||
|
|
||||||
|
SETHELPOBJS=\
|
||||||
|
$(SETHELP)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
sethelp: $(SETHELPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SETHELPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SPLITP1=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/splitp1.o
|
||||||
|
SPLITP1OBJS=\
|
||||||
|
$(SPLITP1)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
splitp1: $(SPLITP1OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SPLITP1OBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SPLITP2=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/splitp2.o
|
||||||
|
SPLITP2OBJS=\
|
||||||
|
$(SPLITP2)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
splitp2: $(SPLITP2OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SPLITP2OBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SPLITP3=\
|
||||||
|
$(STADENBIN)/splitp3.o
|
||||||
|
SPLITP3OBJS=\
|
||||||
|
$(SPLITP3)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
splitp3: $(SPLITP3OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SPLITP3OBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Files requiring simple FORTRAN compilation (thing.f -> thing.o)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
%.o: $(SRC)/%.f
|
||||||
|
$(F77) $(FFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Files requiring simple C compilation (thing.c -> thing.o)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
%.o: %.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
%.o: $(SRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# The UNIX library (archive) mechanism is fairly weak so the following
|
||||||
|
# procedure is used to generate libraries.
|
||||||
|
# * split the source file up into files which each contain
|
||||||
|
# a single function or subroutine
|
||||||
|
# * compile each of those files
|
||||||
|
# * insert the object files individually into the library
|
||||||
|
# Each library is built by using a temporary directory.
|
||||||
|
# The fortran compilations must be done sequentially in order to
|
||||||
|
# avoid filling up the (small on this machine) /tmp directory
|
||||||
|
# with compiler debugging information.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
#%.a: $(SRC)/%.f
|
||||||
|
# BINDIR=`pwd`; \
|
||||||
|
# cd $(SRC); \
|
||||||
|
# SRCDIR=`pwd`; \
|
||||||
|
# TMPDIR=/tmp/staden$$$$; \
|
||||||
|
# if test ! -d $$TMPDIR; \
|
||||||
|
# then mkdir $$TMPDIR; \
|
||||||
|
# fi; \
|
||||||
|
# cd $$TMPDIR; \
|
||||||
|
# rm -f *.f *.o; \
|
||||||
|
# fsplit $$SRCDIR/`expr $< : '.*/\(.*\)' \| $<`; \
|
||||||
|
# $(F77) $(FFLAGS) -c *.f; \
|
||||||
|
# rm *.f; \
|
||||||
|
# rm -f $$BINDIR/$@; \
|
||||||
|
# ar rcv $$BINDIR/$@ *.o; \
|
||||||
|
# ranlib $$BINDIR/$@; \
|
||||||
|
# rm *.o; \
|
||||||
|
# cd $$BINDIR; \
|
||||||
|
# rm -r $$TMPDIR
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#%.a: $(SRC)/%.f
|
||||||
|
# $(F77) $(FFLAGS) -c *.f;
|
||||||
|
# ar rcv $$BINDIR/$@ *.o;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
all: $(NPROGS) $(XPROGS) $(LPROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
nprogs: $(NPROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xprogs: $(XPROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
lprogs: $(LPROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
clean:
|
||||||
|
rm -f $(PROGS) *.o *.a *~
|
||||||
|
|
@ -3,9 +3,9 @@
|
||||||
|
|
||||||
# This makefile generates the following staden programs which
|
# This makefile generates the following staden programs which
|
||||||
# run under xterm (normal, `N') and those which run directly under X.
|
# run under xterm (normal, `N') and those which run directly under X.
|
||||||
NPROGS= mep nip bap sap sip splitp1 splitp2 splitp3 sethelp
|
NPROGS= mep nip pip bap sap sip splitp1 splitp2 splitp3 sethelp convert_project
|
||||||
LPROGS= nipl
|
LPROGS= nipl pip sipl
|
||||||
XPROGS= xmep xnip xbap xsap xsip
|
XPROGS= xmep xnip xpip xbap xsap xsip
|
||||||
PROGS= $(NPROGS) $(LPROGS) $(XPROGS)
|
PROGS= $(NPROGS) $(LPROGS) $(XPROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -26,13 +26,13 @@ PROGS= $(NPROGS) $(LPROGS) $(XPROGS)
|
||||||
#
|
#
|
||||||
SRC = .
|
SRC = .
|
||||||
STADENSRC=$(SRC)/../staden
|
STADENSRC=$(SRC)/../staden
|
||||||
STADENBIN=$(STADENSRC)
|
STADENBIN=$(STADENSRC)/alpha-binaries
|
||||||
TEDSRC=$(SRC)/../ted
|
TEDSRC=$(SRC)/../ted
|
||||||
TEDBIN=$(TEDSRC)
|
TEDBIN=$(STADENBIN)
|
||||||
OSPSRC=$(SRC)/osp-bits
|
OSPSRC=$(SRC)/osp-bits
|
||||||
OSPBIN=$(OSPSRC)
|
OSPBIN=$(OSPSRC)/alpha-binaries
|
||||||
MISCSRC=$(SRC)/../Misc
|
MISCSRC=$(SRC)/../Misc
|
||||||
MISCBIN=$(MISCSRC)
|
MISCBIN=$(MISCSRC)/alpha-binaries
|
||||||
# Use the ted sources compiled for staden executables
|
# Use the ted sources compiled for staden executables
|
||||||
INCLUDES= -I$(SRC) -I$(STADENSRC) -I$(TEDSRC) -I$(OSPSRC) -I$(MISCSRC)
|
INCLUDES= -I$(SRC) -I$(STADENSRC) -I$(TEDSRC) -I$(OSPSRC) -I$(MISCSRC)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -41,19 +41,18 @@ INCLUDES= -I$(SRC) -I$(STADENSRC) -I$(TEDSRC) -I$(OSPSRC) -I$(MISCSRC)
|
||||||
# Compilers and flags
|
# Compilers and flags
|
||||||
#
|
#
|
||||||
CC= cc
|
CC= cc
|
||||||
CFLAGS= -g $(INCLUDES)
|
CFLAGS= -g -std1 -ieee_with_inexact $(INCLUDES)
|
||||||
F77= gfortran
|
F77= f77
|
||||||
FFLAGS= -g -fdec -std=legacy -C
|
FFLAGS= -g -C
|
||||||
|
|
||||||
#FLIBS= -lfor -lUfor -lots -lFutil
|
FLIBS= -lfor -lutil -lUfor -lots -lFutil -lm -lfor -lutil -lUfor -lots -lFutil -ldnet_stub
|
||||||
FLIBS = -lm -lutil
|
|
||||||
XLIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11
|
XLIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11
|
||||||
LFLAGS= $(FLIBS)
|
LFLAGS= $(FLIBS)
|
||||||
XLFLAGS= $(XLIBS) $(FLIBS)
|
XLFLAGS= $(XLIBS) $(FLIBS)
|
||||||
|
|
||||||
LD = gfortran
|
LD = f77
|
||||||
XLD = cc
|
XLD = cc
|
||||||
LDFLAGS = -g -fdec -std=legacy -L/usr/lib -lgfortran
|
LDFLAGS = -g -non_shared
|
||||||
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
# Avoid compilation of objects in remote directories
|
# Avoid compilation of objects in remote directories
|
||||||
|
|
@ -76,7 +75,7 @@ SEQLIB=\
|
||||||
#
|
#
|
||||||
CCORE=\
|
CCORE=\
|
||||||
$(STADENBIN)/postscript.o\
|
$(STADENBIN)/postscript.o\
|
||||||
$(TEDBIN)/Graph.o\
|
$(STADENBIN)/Graph.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/plotLog.o\
|
$(STADENBIN)/plotLog.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/help.o\
|
$(STADENBIN)/help.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/dialogues.o\
|
$(STADENBIN)/dialogues.o\
|
||||||
|
|
@ -101,7 +100,7 @@ COBJS2=\
|
||||||
#
|
#
|
||||||
COMMONOBJSB=\
|
COMMONOBJSB=\
|
||||||
$(STADENBIN)/fmain.o\
|
$(STADENBIN)/fmain.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/seeme-aix.o\
|
$(STADENBIN)/seeme-dec.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/nxspec.o\
|
$(STADENBIN)/nxspec.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/userface.o\
|
$(STADENBIN)/userface.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/userfacecom.o\
|
$(STADENBIN)/userfacecom.o\
|
||||||
|
|
@ -118,13 +117,13 @@ SCOMMONOBJS=\
|
||||||
$(COMMONOBJSB)
|
$(COMMONOBJSB)
|
||||||
|
|
||||||
XCOMMONOBJS=\
|
XCOMMONOBJS=\
|
||||||
$(STADENBIN)/seeme-aix.o\
|
$(STADENBIN)/seeme-dec.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/xspec.o\
|
$(STADENBIN)/xspec.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/subs89.a\
|
$(STADENBIN)/subs89.a\
|
||||||
$(COBJS)
|
$(COBJS)
|
||||||
|
|
||||||
XCOMMONOBJS2=\
|
XCOMMONOBJS2=\
|
||||||
$(STADENBIN)/seeme-aix.o\
|
$(STADENBIN)/seeme-dec.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/xspec.o\
|
$(STADENBIN)/xspec.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/subs89.a\
|
$(STADENBIN)/subs89.a\
|
||||||
$(COBJS2)
|
$(COBJS2)
|
||||||
|
|
@ -367,7 +366,7 @@ bap: $(BAPOBJS)
|
||||||
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(BAPOBJS) $(LFLAGS)
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(BAPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
xbap: $(XBAPOBJS)
|
xbap: $(XBAPOBJS)
|
||||||
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XBAPOBJS) $(XLFLAGS)
|
$(XLD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XBAPOBJS) $(XLFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
SAP=\
|
SAP=\
|
||||||
sap.o\
|
sap.o\
|
||||||
|
|
@ -541,30 +540,28 @@ splitp3: $(SPLITP3OBJS)
|
||||||
# avoid filling up the (small on this machine) /tmp directory
|
# avoid filling up the (small on this machine) /tmp directory
|
||||||
# with compiler debugging information.
|
# with compiler debugging information.
|
||||||
#
|
#
|
||||||
#%.a: $(SRC)/%.f
|
%.a: $(SRC)/%.f
|
||||||
# BINDIR=`pwd`; \
|
BINDIR=`pwd`; \
|
||||||
# cd $(SRC); \
|
cd $(SRC); \
|
||||||
# SRCDIR=`pwd`; \
|
SRCDIR=`pwd`; \
|
||||||
# TMPDIR=/tmp/staden$$$$; \
|
TMPDIR=/tmp/staden$$$$; \
|
||||||
# if test ! -d $$TMPDIR; \
|
if test ! -d $$TMPDIR; \
|
||||||
# then mkdir $$TMPDIR; \
|
then mkdir $$TMPDIR; \
|
||||||
# fi; \
|
fi; \
|
||||||
# cd $$TMPDIR; \
|
cd $$TMPDIR; \
|
||||||
# rm -f *.f *.o; \
|
rm -f *.f *.o; \
|
||||||
# fsplit $$SRCDIR/`expr $< : '.*/\(.*\)' \| $<`; \
|
fsplit $$SRCDIR/`expr $< : '.*/\(.*\)' \| $<`; \
|
||||||
# $(F77) $(FFLAGS) -c *.f; \
|
$(F77) $(FFLAGS) -c *.f; \
|
||||||
# rm *.f; \
|
rm *.f; \
|
||||||
# rm -f $$BINDIR/$@; \
|
rm -f $$BINDIR/$@; \
|
||||||
# ar rcv $$BINDIR/$@ *.o; \
|
ar rcv $$BINDIR/$@ *.o; \
|
||||||
# ranlib $$BINDIR/$@; \
|
ranlib $$BINDIR/$@; \
|
||||||
# rm *.o; \
|
rm *.o; \
|
||||||
# cd $$BINDIR; \
|
cd $$BINDIR; \
|
||||||
# rm -r $$TMPDIR
|
rm -r $$TMPDIR
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
#%.a: $(SRC)/%.f
|
|
||||||
# $(F77) $(FFLAGS) -c *.f;
|
|
||||||
# ar rcv $$BINDIR/$@ *.o;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
45
src/convert/makefile
Normal file
45
src/convert/makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,45 @@
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Makefile for convert (Alpha version)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
SRC = .
|
||||||
|
MISCSRC=$(SRC)/../Misc
|
||||||
|
MISCBIN=$(MISCSRC)
|
||||||
|
|
||||||
|
CC = cc
|
||||||
|
CFLAGS = -g -I$(MISCSRC)
|
||||||
|
LD = cc
|
||||||
|
LDFLAGS = -g
|
||||||
|
LIBS = $(MISCBIN)/misc.a
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Programs made by this makefile
|
||||||
|
#
|
||||||
|
PROGS = convert
|
||||||
|
|
||||||
|
all : $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Where the wild things are
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
OBJS = \
|
||||||
|
list.o \
|
||||||
|
main.o \
|
||||||
|
dapIO.o \
|
||||||
|
dapDB.o \
|
||||||
|
bapIO.o \
|
||||||
|
bapDB.o \
|
||||||
|
process.o \
|
||||||
|
flat_sd.o
|
||||||
|
|
||||||
|
convert: $(OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o convert $(OBJS) $(LIBS) $(LDFLAGS)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Special dependencies
|
||||||
|
#
|
||||||
|
%.o:$(SRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
clean :
|
||||||
|
/bin/rm -f $(PROGS) $(OBJS) *~
|
||||||
|
|
@ -4,12 +4,12 @@
|
||||||
|
|
||||||
SRC = .
|
SRC = .
|
||||||
MISCSRC=$(SRC)/../Misc
|
MISCSRC=$(SRC)/../Misc
|
||||||
MISCBIN=$(MISCSRC)
|
MISCBIN=$(MISCSRC)/alpha-binaries
|
||||||
|
|
||||||
CC = cc
|
CC = cc
|
||||||
CFLAGS = -g -I$(MISCSRC)
|
CFLAGS = -g -std1 -ieee_with_inexact -I$(MISCSRC)
|
||||||
LD = cc
|
LD = cc
|
||||||
LDFLAGS = -g
|
LDFLAGS = -g -non_shared
|
||||||
LIBS = $(MISCBIN)/misc.a
|
LIBS = $(MISCBIN)/misc.a
|
||||||
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
|
|
|
||||||
114
src/cop/makefile
Normal file
114
src/cop/makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,114 @@
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Makefile for COP (Check Out Project) - Alpha version
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Programs made by this makefile
|
||||||
|
#
|
||||||
|
PROGS = cop cop-bap
|
||||||
|
all: $(PROGS)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Where the wild things are
|
||||||
|
#
|
||||||
|
SRC = .
|
||||||
|
TEDSRC = $(SRC)/../ted
|
||||||
|
MISCSRC = $(SRC)/../Misc
|
||||||
|
MISCBIN = $(MISCSRC)
|
||||||
|
CONVERTSRC = $(SRC)/../convert
|
||||||
|
INCLUDES = -I$(SRC) -I$(TEDSRC) -I$(MISCSRC) -I$(CONVERTSRC)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Alpha
|
||||||
|
#
|
||||||
|
CC = cc
|
||||||
|
CFLAGS = -g $(INCLUDES)
|
||||||
|
LD = cc
|
||||||
|
LDFLAGS = -g
|
||||||
|
LIBFLAGS =
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Main and miscellaneous routines
|
||||||
|
#
|
||||||
|
COPOBJ = \
|
||||||
|
cop.o
|
||||||
|
|
||||||
|
COPBAPOBJ = \
|
||||||
|
cop-bap.o
|
||||||
|
|
||||||
|
LIBS = \
|
||||||
|
$(MISCBIN)/misc.a
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# For reading in xdap database
|
||||||
|
#
|
||||||
|
XDAPIO = \
|
||||||
|
dapIO.o
|
||||||
|
|
||||||
|
XBAPIO = \
|
||||||
|
bapIO.o
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# For reading in trace files
|
||||||
|
#
|
||||||
|
TRACES = \
|
||||||
|
getSeq.o \
|
||||||
|
seqIOABI.o \
|
||||||
|
seqIOALF.o \
|
||||||
|
seqIOSCF.o \
|
||||||
|
seqIOPlain.o \
|
||||||
|
opp.o \
|
||||||
|
seq.o \
|
||||||
|
fpoint.o\
|
||||||
|
mach-io.o
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# For aligning sequences
|
||||||
|
#
|
||||||
|
ALIGN = \
|
||||||
|
llin.o
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# The whole lot
|
||||||
|
#
|
||||||
|
OBJ = \
|
||||||
|
$(COPOBJ) \
|
||||||
|
$(XDAPIO) \
|
||||||
|
$(TRACES) \
|
||||||
|
$(ALIGN)
|
||||||
|
|
||||||
|
OBJBAP = \
|
||||||
|
$(COPBAPOBJ) \
|
||||||
|
$(XBAPIO) \
|
||||||
|
$(TRACES) \
|
||||||
|
$(ALIGN)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Cop
|
||||||
|
#
|
||||||
|
cop : $(OBJ)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o cop $(OBJ) $(LIBS) $(LIBFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
cop-bap : $(OBJBAP)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o cop-bap $(OBJBAP) $(LIBS) $(LIBFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Special dependencies
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
all: $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
clean:
|
||||||
|
/bin/rm -f $(OBJ) $(PROGS) *~
|
||||||
|
|
||||||
|
cop-bap.o: $(SRC)/cop.c
|
||||||
|
$(CC) -DBAP_VERSION $(CFLAGS) -o cop-bap.o -c $(SRC)/cop.c
|
||||||
|
|
||||||
|
%.o: $(SRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
%.o: $(TEDSRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -6,14 +6,14 @@
|
||||||
# Programs made by this makefile
|
# Programs made by this makefile
|
||||||
#
|
#
|
||||||
PROGS = cop cop-bap
|
PROGS = cop cop-bap
|
||||||
all: $(PROGS)
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
# Where the wild things are
|
# Where the wild things are
|
||||||
#
|
#
|
||||||
SRC = .
|
SRC = .
|
||||||
TEDSRC = $(SRC)/../ted
|
TEDSRC = $(SRC)/../ted
|
||||||
MISCSRC = $(SRC)/../Misc
|
MISCSRC = $(SRC)/../Misc
|
||||||
MISCBIN = $(MISCSRC)
|
MISCBIN = $(MISCSRC)/alpha-binaries
|
||||||
CONVERTSRC = $(SRC)/../convert
|
CONVERTSRC = $(SRC)/../convert
|
||||||
INCLUDES = -I$(SRC) -I$(TEDSRC) -I$(MISCSRC) -I$(CONVERTSRC)
|
INCLUDES = -I$(SRC) -I$(TEDSRC) -I$(MISCSRC) -I$(CONVERTSRC)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -21,9 +21,9 @@ INCLUDES = -I$(SRC) -I$(TEDSRC) -I$(MISCSRC) -I$(CONVERTSRC)
|
||||||
# Alpha
|
# Alpha
|
||||||
#
|
#
|
||||||
CC = cc
|
CC = cc
|
||||||
CFLAGS = -g $(INCLUDES)
|
CFLAGS = -g -std1 -ieee_with_inexact $(INCLUDES)
|
||||||
LD = cc
|
LD = cc
|
||||||
LDFLAGS = -g
|
LDFLAGS = -g -non_shared
|
||||||
LIBFLAGS =
|
LIBFLAGS =
|
||||||
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
|
|
|
||||||
93
src/expGetSeq/makefile
Normal file
93
src/expGetSeq/makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,93 @@
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Makefile for expGetSeq - Alpha version
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Turning on the AUTO_CLIP switch allows ted to automatically
|
||||||
|
# select a left (using the -enzyme option or the .enzyme in the
|
||||||
|
# Xted file) and right cutoff on your sequence (using 2 out of
|
||||||
|
# 5 N's)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Turning on the SAVE_EDITS switch allows the user to maintain
|
||||||
|
# copies of their edits, i.e. when you open up ted on a file
|
||||||
|
# that you have already edited, the old edits show up in the
|
||||||
|
# ted edit window. The user may also call up any of their
|
||||||
|
# past editing sessions.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Turning on the DEF_OUT switch makes
|
||||||
|
# trace_name.seq the default output file name
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Turning on the QUAL_CODE switch enables LaDeana's trace quality
|
||||||
|
# clipping code.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Turning on the QUAL_CHECK switch (at the same time as QUAL_CODE)
|
||||||
|
# enables the overall trace quality check.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
#SWITCHES = -DAUTO_CLIP -DDEF_OUT -DSAVE_EDITS -DQUAL_CODE -DQUAL_CHECK
|
||||||
|
SWITCHES = -DAUTO_CLIP -DQUAL_CODE
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Programs made by this makefile
|
||||||
|
#
|
||||||
|
PROGS = expGetSeq
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Where the wild things are
|
||||||
|
#
|
||||||
|
SRC = .
|
||||||
|
TEDSRC = $(SRC)/../newted
|
||||||
|
INCLUDES = -I/usr/include/mit -I$(SRC) -I$(TEDSRC)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Compiler - debug on
|
||||||
|
#
|
||||||
|
CC= cc
|
||||||
|
CFLAGS= -g $(SWITCHES) $(INCLUDES)
|
||||||
|
LD= cc
|
||||||
|
LDFLAGS= -g
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Object files
|
||||||
|
#
|
||||||
|
OBJS=\
|
||||||
|
getMCH.o\
|
||||||
|
seq.o\
|
||||||
|
seqIOPlain.o\
|
||||||
|
seqIOABI.o\
|
||||||
|
seqIOEdit.o\
|
||||||
|
seqIOALF.o\
|
||||||
|
seqIOSCF.o\
|
||||||
|
opp.o\
|
||||||
|
fpoint.o\
|
||||||
|
match.o\
|
||||||
|
mach-io.o\
|
||||||
|
seqRead.o\
|
||||||
|
traceType.o
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Linking
|
||||||
|
#
|
||||||
|
expGetSeq: $(OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(OBJS) $(LIBS)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Files requiring simple C compilation (thing.c -> thing.o)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
%.o : %.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
%.o : $(SRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
%.o : $(TEDSRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Special dependencies
|
||||||
|
#
|
||||||
|
clean:
|
||||||
|
rm -f $(PROGS) $(OBJS) *~ *.aux *.log *.bbl *.blg *.dvi *.ps
|
||||||
|
|
||||||
|
all: $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -42,9 +42,9 @@ INCLUDES = -I/usr/include/mit -I$(SRC) -I$(TEDSRC)
|
||||||
# Compiler - debug on
|
# Compiler - debug on
|
||||||
#
|
#
|
||||||
CC= cc
|
CC= cc
|
||||||
CFLAGS= -g $(SWITCHES) $(INCLUDES)
|
CFLAGS= -g -ieee_with_inexact $(SWITCHES) $(INCLUDES)
|
||||||
LD= cc
|
LD= cc
|
||||||
LDFLAGS= -g
|
LDFLAGS= -g -non_shared
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
|
|
|
||||||
35
src/frog/makefile
Normal file
35
src/frog/makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,35 @@
|
||||||
|
CC = cc
|
||||||
|
CFLAGS = -g
|
||||||
|
LD = cc
|
||||||
|
LDFLAGS = -g
|
||||||
|
LIBFLAGS =
|
||||||
|
|
||||||
|
SRC = .
|
||||||
|
PROGS = frog toad
|
||||||
|
all: $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
FROGOBJ =\
|
||||||
|
frog.o\
|
||||||
|
mach-io.o
|
||||||
|
|
||||||
|
frog : $(FROGOBJ)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o frog $(FROGOBJ) $(LIBFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
TOADOBJ =\
|
||||||
|
toad.o\
|
||||||
|
scfIO.o\
|
||||||
|
mach-io.o
|
||||||
|
|
||||||
|
toad : $(TOADOBJ)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o toad $(TOADOBJ) $(LIBFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Specials
|
||||||
|
#
|
||||||
|
%.o:$(SRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
clean:
|
||||||
|
/bin/rm -f $(PROGS) $(FROGOBJ)
|
||||||
|
|
@ -1,7 +1,7 @@
|
||||||
CC = cc
|
CC = cc
|
||||||
CFLAGS = -g
|
CFLAGS = -g -std1 -ieee_with_inexact
|
||||||
LD = cc
|
LD = cc
|
||||||
LDFLAGS = -g
|
LDFLAGS = -g -non_shared
|
||||||
LIBFLAGS =
|
LIBFLAGS =
|
||||||
|
|
||||||
SRC = .
|
SRC = .
|
||||||
|
|
|
||||||
86
src/getMCH/makefile
Normal file
86
src/getMCH/makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,86 @@
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Makefile for getMCH - Alpha version
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
#Turning on the AUTO_CLIP switch allows ted to automatically
|
||||||
|
#select a left (using the -enzyme option or the .enzyme in the
|
||||||
|
#Xted file) and right cutoff on your sequence (using 2 out of
|
||||||
|
#5 N's)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Turning on the SAVE_EDITS switch allows the user to maintain
|
||||||
|
# copies of their edits, i.e. when you open up ted on a file
|
||||||
|
# that you have already edited, the old edits show up in the
|
||||||
|
# ted edit window. The user may also call up any of their
|
||||||
|
# past editing sessions.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
#Turning on the DEF_OUT switch makes
|
||||||
|
# trace_name.seq the default output file name
|
||||||
|
#
|
||||||
|
#SWITCHES = -DAUTO_CLIP -DDEF_OUT -DSAVE_EDITS
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Programs made by this makefile
|
||||||
|
#
|
||||||
|
PROGS = getMCH trace2seq
|
||||||
|
all: $(PROGS)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Where the wild things are
|
||||||
|
#
|
||||||
|
SRC = .
|
||||||
|
TEDSRC = $(SRC)/../ted
|
||||||
|
INCLUDES = -I$(SRC) -I$(TEDSRC)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Compiler - debug on
|
||||||
|
#
|
||||||
|
CC= cc
|
||||||
|
CFLAGS= -g $(SWITCHES) $(INCLUDES)
|
||||||
|
LD= cc
|
||||||
|
LDFLAGS= -g
|
||||||
|
LIBFLAGS =
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Object files
|
||||||
|
#
|
||||||
|
OBJS=\
|
||||||
|
getMCH.o\
|
||||||
|
seq.o\
|
||||||
|
seqIOPlain.o\
|
||||||
|
seqIOABI.o\
|
||||||
|
seqIOEdit.o\
|
||||||
|
seqIOALF.o\
|
||||||
|
seqIOSCF.o\
|
||||||
|
seqOutput.o\
|
||||||
|
opp.o\
|
||||||
|
fpoint.o\
|
||||||
|
match.o\
|
||||||
|
mach-io.o
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Linking
|
||||||
|
#
|
||||||
|
trace2seq getMCH: $(OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(OBJS) $(LIBS) $(LIBFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Files requiring simple C compilation (thing.c -> thing.o)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
%.o : %.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
%.o : $(SRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
%.o : $(TEDSRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Special dependencies
|
||||||
|
#
|
||||||
|
clean:
|
||||||
|
rm -f $(PROGS) $(OBJS) *~ *.aux *.log *.bbl *.blg *.dvi *.ps
|
||||||
|
|
||||||
|
all: $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -23,7 +23,7 @@
|
||||||
# Programs made by this makefile
|
# Programs made by this makefile
|
||||||
#
|
#
|
||||||
PROGS = getMCH trace2seq
|
PROGS = getMCH trace2seq
|
||||||
all: $(PROGS)
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
# Where the wild things are
|
# Where the wild things are
|
||||||
#
|
#
|
||||||
|
|
@ -35,9 +35,9 @@ INCLUDES = -I$(SRC) -I$(TEDSRC)
|
||||||
# Compiler - debug on
|
# Compiler - debug on
|
||||||
#
|
#
|
||||||
CC= cc
|
CC= cc
|
||||||
CFLAGS= -g $(SWITCHES) $(INCLUDES)
|
CFLAGS= -g -std1 -ieee_with_inexact $(SWITCHES) $(INCLUDES)
|
||||||
LD= cc
|
LD= cc
|
||||||
LDFLAGS= -g
|
LDFLAGS= -g -non_shared
|
||||||
LIBFLAGS =
|
LIBFLAGS =
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
172
src/indexseqlibs/makefile
Normal file
172
src/indexseqlibs/makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,172 @@
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# indexseqlibs - Alpha version
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
all: $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Programs need making
|
||||||
|
#
|
||||||
|
PROGS = \
|
||||||
|
addnl \
|
||||||
|
genbentryname1 \
|
||||||
|
entryname2 \
|
||||||
|
access4 \
|
||||||
|
access2 \
|
||||||
|
genbaccess1 \
|
||||||
|
title2 \
|
||||||
|
genbtitle1 \
|
||||||
|
emblentryname1 \
|
||||||
|
emblaccess1 \
|
||||||
|
embltitle1 \
|
||||||
|
pirentryname1 \
|
||||||
|
piraccess1 \
|
||||||
|
piraccess2 \
|
||||||
|
pirtitle1 \
|
||||||
|
pirtitle2 \
|
||||||
|
excludewords \
|
||||||
|
emblfreetext \
|
||||||
|
genbfreetext \
|
||||||
|
pirfreetext \
|
||||||
|
freetext2 \
|
||||||
|
freetext4 \
|
||||||
|
emblauthor \
|
||||||
|
genbauthor \
|
||||||
|
pirauthor \
|
||||||
|
hitNtrg \
|
||||||
|
division
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Where the wild things are
|
||||||
|
#
|
||||||
|
SRC = .
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Alpha
|
||||||
|
#
|
||||||
|
CC = cc
|
||||||
|
CFLAGS = -g
|
||||||
|
LD = cc
|
||||||
|
LDFLAGS = -g
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Shared objects
|
||||||
|
#
|
||||||
|
OBJS = \
|
||||||
|
cdromheader.o \
|
||||||
|
mach-io.o
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Dependencies for programs
|
||||||
|
#
|
||||||
|
addnl : addnl.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ addnl.o
|
||||||
|
|
||||||
|
genbentryname1 : genbentryname1.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ genbentryname1.o
|
||||||
|
|
||||||
|
entryname2 : entryname2.o $(OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ entryname2.o $(OBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
access4 : access4.o $(OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ access4.o $(OBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
access2 : access2.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ access2.o
|
||||||
|
|
||||||
|
genbaccess1 : genbaccess1.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ genbaccess1.o
|
||||||
|
|
||||||
|
title2 : title2.o $(OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ title2.o $(OBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
genbtitle1 : genbtitle1.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ genbtitle1.o
|
||||||
|
|
||||||
|
emblentryname1 : emblentryname1.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ emblentryname1.o
|
||||||
|
|
||||||
|
emblaccess1 : emblaccess1.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ emblaccess1.o
|
||||||
|
|
||||||
|
embltitle1 : embltitle1.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ embltitle1.o
|
||||||
|
|
||||||
|
pirentryname1 : pirentryname1.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ pirentryname1.o
|
||||||
|
|
||||||
|
piraccess1 : piraccess1.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ piraccess1.o
|
||||||
|
|
||||||
|
piraccess2 : piraccess2.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ piraccess2.o
|
||||||
|
|
||||||
|
pirtitle1 : pirtitle1.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ pirtitle1.o
|
||||||
|
|
||||||
|
pirtitle2 : pirtitle2.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ pirtitle2.o
|
||||||
|
|
||||||
|
excludewords : excludewords.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ excludewords.o
|
||||||
|
|
||||||
|
emblfreetext.o: $(SRC)/freetext.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -DEMBL -c -o $@ $<
|
||||||
|
emblfreetext : emblfreetext.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ emblfreetext.o
|
||||||
|
|
||||||
|
genbfreetext.o: $(SRC)/freetext.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -DGENBANK -c -o $@ $<
|
||||||
|
genbfreetext : genbfreetext.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ genbfreetext.o
|
||||||
|
|
||||||
|
pirfreetext.o: $(SRC)/freetext.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -DPIR -c -o $@ $<
|
||||||
|
pirfreetext : pirfreetext.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ pirfreetext.o
|
||||||
|
|
||||||
|
freetext2 : freetext2.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ freetext2.o
|
||||||
|
|
||||||
|
freetext4 : freetext4.o $(OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ freetext4.o $(OBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
emblauthor.o : $(SRC)/author.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -DEMBL -c -o $@ $<
|
||||||
|
emblauthor : emblauthor.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ emblauthor.o
|
||||||
|
|
||||||
|
genbauthor.o : $(SRC)/author.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -DGENBANK -c -o $@ $<
|
||||||
|
genbauthor : genbauthor.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ genbauthor.o
|
||||||
|
|
||||||
|
pirauthor.o : $(SRC)/author.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -DPIR -c -o $@ $<
|
||||||
|
pirauthor : pirauthor.o
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ pirauthor.o
|
||||||
|
|
||||||
|
hitNtrg : hitNtrg.o $(OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ hitNtrg.o $(OBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
division : division.o $(OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ division.o $(OBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Special dependencies
|
||||||
|
#
|
||||||
|
%.o : $(SRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
all : $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
clean :
|
||||||
|
/bin/rm -f $(PROGS) *.o *~
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -2,7 +2,6 @@
|
||||||
# indexseqlibs - Alpha version
|
# indexseqlibs - Alpha version
|
||||||
#
|
#
|
||||||
|
|
||||||
all: $(PROGS)
|
|
||||||
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
# Programs need making
|
# Programs need making
|
||||||
|
|
@ -45,9 +44,9 @@ SRC = .
|
||||||
# Alpha
|
# Alpha
|
||||||
#
|
#
|
||||||
CC = cc
|
CC = cc
|
||||||
CFLAGS = -g
|
CFLAGS = -g -std1 -ieee_with_inexact
|
||||||
LD = cc
|
LD = cc
|
||||||
LDFLAGS = -g
|
LDFLAGS = -g -non_shared
|
||||||
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
# Shared objects
|
# Shared objects
|
||||||
|
|
|
||||||
117
src/newted/makefile
Normal file
117
src/newted/makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,117 @@
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Makefile for ted (trace editor) - Alpha fork
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Turning on the AUTO_CLIP switch allows ted to automatically
|
||||||
|
# select a left (using the -enzyme option or the .enzyme in the
|
||||||
|
# Xted file) and right cutoff on your sequence (using 2 out of
|
||||||
|
# 5 N's)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Turning on the SAVE_EDITS switch allows the user to maintain
|
||||||
|
# copies of their edits, i.e. when you open up ted on a file
|
||||||
|
# that you have already edited, the old edits show up in the
|
||||||
|
# ted edit window. The user may also call up any of their
|
||||||
|
# past editing sessions.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Turning on the DEF_OUT switch makes
|
||||||
|
# trace_name.seq the default output file name
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Turning on the QUAL_CODE switch enables LaDeana's trace quality
|
||||||
|
# clipping code.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Turning on the QUAL_CHECK switch (at the same time as QUAL_CODE)
|
||||||
|
# enables the overall trace quality check.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
#SWITCHES = -DAUTO_CLIP -DDEF_OUT -DSAVE_EDITS -DQUAL_CODE -DQUAL_CHECK
|
||||||
|
SWITCHES = -DAUTO_CLIP -DQUAL_CODE -DQUAL_CHECK
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Programs made by this makefile
|
||||||
|
#
|
||||||
|
PROGS = ted autoted
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Where the wild things are
|
||||||
|
#
|
||||||
|
SRC = .
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Compiler - debug on
|
||||||
|
#
|
||||||
|
CC= cc
|
||||||
|
INCLUDES = -I$(SRC)
|
||||||
|
CFLAGS= -g $(SWITCHES) $(INCLUDES)
|
||||||
|
LIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11
|
||||||
|
#
|
||||||
|
LD= cc
|
||||||
|
LDFLAGS= -g
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Object files
|
||||||
|
#
|
||||||
|
TEDOBJS=\
|
||||||
|
ted.o\
|
||||||
|
dialogues.o\
|
||||||
|
seq.o\
|
||||||
|
seqIOPlain.o\
|
||||||
|
seqIOABI.o\
|
||||||
|
help.o\
|
||||||
|
display.o\
|
||||||
|
traceDisplay.o\
|
||||||
|
basesDisplay.o\
|
||||||
|
Graph.o\
|
||||||
|
seqIOEdit.o\
|
||||||
|
seqIOALF.o\
|
||||||
|
seqIOSCF.o\
|
||||||
|
seqOutput.o\
|
||||||
|
opp.o\
|
||||||
|
info.o\
|
||||||
|
fpoint.o\
|
||||||
|
mach-io.o\
|
||||||
|
seqRead.o\
|
||||||
|
traceType.o\
|
||||||
|
match.o
|
||||||
|
|
||||||
|
AUTOTEDOBJS=\
|
||||||
|
autoted.o\
|
||||||
|
seq.o\
|
||||||
|
seqIOPlain.o\
|
||||||
|
seqIOABI.o\
|
||||||
|
seqIOEdit.o\
|
||||||
|
seqIOALF.o\
|
||||||
|
seqIOSCF.o\
|
||||||
|
seqOutput.o\
|
||||||
|
opp.o\
|
||||||
|
traceType.o\
|
||||||
|
fpoint.o\
|
||||||
|
mach-io.o\
|
||||||
|
match.o\
|
||||||
|
seqRead.o
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Linking
|
||||||
|
#
|
||||||
|
ted: $(TEDOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(TEDOBJS) $(LIBS)
|
||||||
|
autoted: $(AUTOTEDOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(AUTOTEDOBJS) $(LIBS)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Files requiring simple C compilation (thing.c -> thing.o)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
%.o : $(SRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Special dependencies
|
||||||
|
#
|
||||||
|
clean:
|
||||||
|
rm -f ted $(TEDOBJS) *~ *.aux *.log *.bbl *.blg *.dvi *.ps
|
||||||
|
|
||||||
|
all: $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -42,11 +42,11 @@ SRC = .
|
||||||
#
|
#
|
||||||
CC= cc
|
CC= cc
|
||||||
INCLUDES = -I$(SRC)
|
INCLUDES = -I$(SRC)
|
||||||
CFLAGS= -g $(SWITCHES) $(INCLUDES)
|
CFLAGS= -g -std1 -ieee_with_inexact $(SWITCHES) $(INCLUDES)
|
||||||
LIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11
|
LIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11 -ldnet_stub
|
||||||
#
|
#
|
||||||
LD= cc
|
LD= cc
|
||||||
LDFLAGS= -g
|
LDFLAGS= -g -non_shared
|
||||||
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
# Object files
|
# Object files
|
||||||
|
|
|
||||||
67
src/scf/makefile
Normal file
67
src/scf/makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,67 @@
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# getMCH - Alpha version
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Programs made by this makefile
|
||||||
|
#
|
||||||
|
PROGS = makeSCF
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# SWITCHES - see ted makefile
|
||||||
|
#
|
||||||
|
#SWITCHES = -DAUTO_CLIP -DDEF_OUT -DSAVE_EDITS
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Where the wild things are
|
||||||
|
#
|
||||||
|
SRC = .
|
||||||
|
TEDSRC = $(SRC)/../ted
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# alpha
|
||||||
|
#
|
||||||
|
CC= cc
|
||||||
|
CFLAGS= -g $(SWITCHES) -I$(TEDSRC)
|
||||||
|
LD= cc
|
||||||
|
LDFLAGS= -g
|
||||||
|
LIBFLAGS =
|
||||||
|
|
||||||
|
%.o : $(SRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
%.o : $(TEDSRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Object files
|
||||||
|
#
|
||||||
|
OBJS=\
|
||||||
|
makeSCF.o\
|
||||||
|
writeSCF.o\
|
||||||
|
seq.o\
|
||||||
|
seqIOPlain.o\
|
||||||
|
seqIOABI.o\
|
||||||
|
seqIOEdit.o\
|
||||||
|
seqIOALF.o\
|
||||||
|
seqIOSCF.o\
|
||||||
|
seqOutput.o\
|
||||||
|
opp.o\
|
||||||
|
fpoint.o\
|
||||||
|
match.o\
|
||||||
|
mach-io.o
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Linking
|
||||||
|
#
|
||||||
|
makeSCF: $(OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(OBJS) $(LIBS) $(LIBFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Special dependencies
|
||||||
|
#
|
||||||
|
all: $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
clean:
|
||||||
|
/bin/rm -f $(OBJS) $(PROGS) *~
|
||||||
|
|
@ -22,9 +22,9 @@ TEDSRC = $(SRC)/../ted
|
||||||
# alpha
|
# alpha
|
||||||
#
|
#
|
||||||
CC= cc
|
CC= cc
|
||||||
CFLAGS= -g $(SWITCHES) -I$(TEDSRC)
|
CFLAGS= -g -std1 -ieee_with_inexact $(SWITCHES) -I$(TEDSRC)
|
||||||
LD= cc
|
LD= cc
|
||||||
LDFLAGS= -g
|
LDFLAGS= -g -non_shared
|
||||||
LIBFLAGS =
|
LIBFLAGS =
|
||||||
|
|
||||||
%.o : $(SRC)/%.c
|
%.o : $(SRC)/%.c
|
||||||
|
|
|
||||||
603
src/staden/makefile
Normal file
603
src/staden/makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,603 @@
|
||||||
|
# Makefile for staden X programs (Alpha OSF/1.2 version)
|
||||||
|
# ------------------------------------------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
# This makefile generates the following staden programs which
|
||||||
|
# run under xterm (normal, `N') and those which run directly under X.
|
||||||
|
NPROGS= mep nip pip dap sap sip splitp1 splitp2 splitp3 gip sethelp convert_project rep lip sapf nipf vep
|
||||||
|
LPROGS= nipl pipl sipl
|
||||||
|
XPROGS= xmep xnip xpip xdap xsap xsip
|
||||||
|
PROGS= $(NPROGS) $(LPROGS) $(XPROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# ``Interesting'' suffices that make needs to know about
|
||||||
|
#
|
||||||
|
.SUFFIXES: .a $(SUFFIXES)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Where the wild things are
|
||||||
|
#
|
||||||
|
SRC=.
|
||||||
|
TEDSRC=$(SRC)/../ted
|
||||||
|
MISCSRC=$(SRC)/../Misc
|
||||||
|
MISCBIN=$(MISCSRC)
|
||||||
|
INCLUDES= -I$(SRC) -I$(TEDSRC) -I$(MISCSRC)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Compilers and flags
|
||||||
|
#
|
||||||
|
CC= cc
|
||||||
|
CFLAGS= -g $(INCLUDES)
|
||||||
|
F77= gfortran
|
||||||
|
FFLAGS= -g -fdec -std=legacy -L/usr/lib -lgfortran -C
|
||||||
|
|
||||||
|
FLIBS = -lutil -lm
|
||||||
|
#FLIBS= -lfor -lutil -lUfor -lots -lFutil -lm
|
||||||
|
XLIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11
|
||||||
|
LFLAGS= $(FLIBS)
|
||||||
|
XLFLAGS= $(FLIBS) $(XLIBS)
|
||||||
|
|
||||||
|
LD = gfortran
|
||||||
|
CLD = gfortran
|
||||||
|
#CLD = cc
|
||||||
|
LDFLAGS = -g # Comment out for faster linking when debugging
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Sequence library handling routines
|
||||||
|
#
|
||||||
|
SEQLIB=\
|
||||||
|
seqlibsubs.o
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# The C objects, needed by every X program
|
||||||
|
#
|
||||||
|
CCORE=\
|
||||||
|
postscript.o\
|
||||||
|
Graph.o\
|
||||||
|
plotLog.o\
|
||||||
|
help.o\
|
||||||
|
dialogues.o\
|
||||||
|
userfacecom.o\
|
||||||
|
helpnmenu.o\
|
||||||
|
xmenu.o\
|
||||||
|
FtoC.o\
|
||||||
|
mcspec.o\
|
||||||
|
locks.o
|
||||||
|
|
||||||
|
COBJS=\
|
||||||
|
main.o\
|
||||||
|
$(CCORE)
|
||||||
|
|
||||||
|
XDAPCOBJS=\
|
||||||
|
xdapmain.o\
|
||||||
|
$(CCORE)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Common objects, needed by every program
|
||||||
|
#
|
||||||
|
COMMONOBJSB=\
|
||||||
|
fmain.o\
|
||||||
|
seeme-aix.o\
|
||||||
|
nxspec.o\
|
||||||
|
userface.o\
|
||||||
|
userfacecom.o\
|
||||||
|
nxhelpmenu.o\
|
||||||
|
helpnmenu.o\
|
||||||
|
FtoC.o\
|
||||||
|
subs89.a
|
||||||
|
|
||||||
|
COMMONOBJS=\
|
||||||
|
$(COMMONOBJSB)\
|
||||||
|
postscript.o
|
||||||
|
|
||||||
|
SCOMMONOBJS=\
|
||||||
|
$(COMMONOBJSB)
|
||||||
|
|
||||||
|
XCOMMONOBJS=\
|
||||||
|
seeme-aix.o\
|
||||||
|
xspec.o\
|
||||||
|
subs89.a\
|
||||||
|
$(COBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
XDAPCOMMONOBJS=\
|
||||||
|
seeme-aix.o\
|
||||||
|
xspec.o\
|
||||||
|
subs89.a\
|
||||||
|
$(XDAPCOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Building the programs
|
||||||
|
# This should be just a linking phase because all of the object
|
||||||
|
# files and library files are generated using implicit rules.
|
||||||
|
# We use the fortran compiler to do linking.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
GIP=\
|
||||||
|
gip.o
|
||||||
|
|
||||||
|
GIPOBJS=\
|
||||||
|
$(GIP)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
gip: $(GIPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(GIPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
LIP=\
|
||||||
|
lip.o
|
||||||
|
|
||||||
|
LIPOBJS=\
|
||||||
|
$(LIP)\
|
||||||
|
$(SEQLIB)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
lip: $(LIPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(LIPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
MEP=\
|
||||||
|
mep.o\
|
||||||
|
mepsub.o\
|
||||||
|
asubs89.a\
|
||||||
|
plot92.a
|
||||||
|
|
||||||
|
MEPOBJS=\
|
||||||
|
$(MEP)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
pl4010.o
|
||||||
|
|
||||||
|
XMEPOBJS=\
|
||||||
|
$(MEP)\
|
||||||
|
$(XCOMMONOBJS)\
|
||||||
|
plX.o\
|
||||||
|
textOutput.o
|
||||||
|
|
||||||
|
mep: $(MEPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(MEPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xmep: $(XMEPOBJS)
|
||||||
|
$(CLD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XMEPOBJS) $(XLFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
NIP=\
|
||||||
|
nip.o\
|
||||||
|
patternn.a\
|
||||||
|
patternnc.a\
|
||||||
|
anals89.a\
|
||||||
|
asubs89.a\
|
||||||
|
plot92.a \
|
||||||
|
$(SEQLIB)
|
||||||
|
|
||||||
|
NIPOBJS=\
|
||||||
|
$(NIP)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
pl4010.o
|
||||||
|
|
||||||
|
XNIPOBJS=\
|
||||||
|
$(NIP)\
|
||||||
|
$(XCOMMONOBJS)\
|
||||||
|
plX.o\
|
||||||
|
textOutput.o
|
||||||
|
|
||||||
|
nip: $(NIPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(NIPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xnip: $(XNIPOBJS)
|
||||||
|
$(CLD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XNIPOBJS) $(XLFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
NIPL=\
|
||||||
|
nipl.o\
|
||||||
|
patternnc.a\
|
||||||
|
anals89.a\
|
||||||
|
asubs89.a\
|
||||||
|
$(SEQLIB)
|
||||||
|
|
||||||
|
NIPLOBJS=\
|
||||||
|
$(NIPL)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
nipl: $(NIPLOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(NIPLOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
NIPF=\
|
||||||
|
nipf.o\
|
||||||
|
asubs89.a\
|
||||||
|
plot92.a
|
||||||
|
|
||||||
|
NIPFOBJS=\
|
||||||
|
$(NIPF)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
pl4010.o
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
nipf: $(NIPFOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(NIPFOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
PIP=\
|
||||||
|
pip.o\
|
||||||
|
analps89.a\
|
||||||
|
patternp.a\
|
||||||
|
patternpc.a\
|
||||||
|
asubs89.a\
|
||||||
|
plot92.a\
|
||||||
|
$(SEQLIB)
|
||||||
|
|
||||||
|
PIPOBJS=\
|
||||||
|
$(PIP)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
pl4010.o
|
||||||
|
|
||||||
|
XPIPOBJS=\
|
||||||
|
$(PIP)\
|
||||||
|
$(XCOMMONOBJS)\
|
||||||
|
plX.o\
|
||||||
|
textOutput.o
|
||||||
|
|
||||||
|
pip: $(PIPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(PIPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xpip:$(XPIPOBJS)
|
||||||
|
$(CLD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XPIPOBJS) $(XLFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
PIPL=\
|
||||||
|
pipl.o\
|
||||||
|
patternpc.a\
|
||||||
|
analps89.a\
|
||||||
|
asubs89.a\
|
||||||
|
$(SEQLIB)
|
||||||
|
|
||||||
|
PIPLOBJS=\
|
||||||
|
$(PIPL)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
pipl: $(PIPLOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(PIPLOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Trace manager objects
|
||||||
|
#
|
||||||
|
STDTEDFILES=\
|
||||||
|
seq.o\
|
||||||
|
seqIOABI.o\
|
||||||
|
seqIOALF.o\
|
||||||
|
seqIOSCF.o\
|
||||||
|
seqIOPlain.o\
|
||||||
|
opp.o\
|
||||||
|
fpoint.o\
|
||||||
|
mach-io.o
|
||||||
|
|
||||||
|
TMANOBJS=\
|
||||||
|
tman_main.o\
|
||||||
|
tman_display.o\
|
||||||
|
tman_traceDisplay.o\
|
||||||
|
tman_basesDisplay.o\
|
||||||
|
tman_context.o\
|
||||||
|
tman_gadgets.o\
|
||||||
|
$(STDTEDFILES)
|
||||||
|
|
||||||
|
# Some versions of X11R4 may have a bug in SmeLine.c
|
||||||
|
XHACK=\
|
||||||
|
SmeLine.o
|
||||||
|
|
||||||
|
EDITOR=\
|
||||||
|
$(XHACK)\
|
||||||
|
xsapConEdit.o\
|
||||||
|
contigEditor.o\
|
||||||
|
edUtils.o\
|
||||||
|
undo.o\
|
||||||
|
Sheet.o\
|
||||||
|
select.o\
|
||||||
|
extend.o\
|
||||||
|
searchUtils.o\
|
||||||
|
edMenu.o\
|
||||||
|
trans.o\
|
||||||
|
$(MISCBIN)/misc.a
|
||||||
|
|
||||||
|
TAGEDITOR=\
|
||||||
|
tagEditor.o\
|
||||||
|
tagdbparse.o\
|
||||||
|
tagU2.o\
|
||||||
|
tagU1.o
|
||||||
|
|
||||||
|
DAP=\
|
||||||
|
dap.o\
|
||||||
|
dbsysnew.o\
|
||||||
|
dbsyscommon.o\
|
||||||
|
asubs89.a\
|
||||||
|
plot92.a
|
||||||
|
|
||||||
|
DAPOBJS=\
|
||||||
|
$(DAP)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
pl4010.o\
|
||||||
|
conEdit.o\
|
||||||
|
tagU2.o
|
||||||
|
|
||||||
|
XDAPOBJS=\
|
||||||
|
$(DAP)\
|
||||||
|
$(XDAPCOMMONOBJS)\
|
||||||
|
plX.o\
|
||||||
|
textOutput.o\
|
||||||
|
$(EDITOR)\
|
||||||
|
$(TMANOBJS)\
|
||||||
|
$(TAGEDITOR)
|
||||||
|
|
||||||
|
dap: $(DAPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(DAPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xdap: $(XDAPOBJS)
|
||||||
|
$(CLD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XDAPOBJS) $(XLFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
convert_project: cvt.o
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ cvt.o
|
||||||
|
|
||||||
|
SAP=\
|
||||||
|
sap.o\
|
||||||
|
dbsyscommon.o\
|
||||||
|
dbsysold.o\
|
||||||
|
asubs89.a\
|
||||||
|
plot92.a
|
||||||
|
|
||||||
|
SAPOBJS=\
|
||||||
|
$(SAP)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
pl4010.o
|
||||||
|
|
||||||
|
XSAPOBJS=\
|
||||||
|
$(SAP)\
|
||||||
|
$(XCOMMONOBJS)\
|
||||||
|
plX.o\
|
||||||
|
textOutput.o
|
||||||
|
|
||||||
|
sap: $(SAPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SAPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xsap: $(XSAPOBJS)
|
||||||
|
$(CLD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XSAPOBJS) $(XLFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SAPF=\
|
||||||
|
sapf.o\
|
||||||
|
dbsyscommon.o\
|
||||||
|
dbsysold.o\
|
||||||
|
asubs89.a\
|
||||||
|
plot92.a
|
||||||
|
|
||||||
|
SAPFOBJS=\
|
||||||
|
$(SAPF)\
|
||||||
|
sapmen.o\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
pl4010.o
|
||||||
|
|
||||||
|
sapf: $(SAPFOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SAPFOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SIP=\
|
||||||
|
sip.o\
|
||||||
|
dias89.a\
|
||||||
|
plot92.a\
|
||||||
|
$(SEQLIB)
|
||||||
|
|
||||||
|
SIPOBJS=\
|
||||||
|
$(SIP)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)\
|
||||||
|
pl4010.o
|
||||||
|
|
||||||
|
XSIPOBJS=\
|
||||||
|
$(SIP)\
|
||||||
|
$(XCOMMONOBJS)\
|
||||||
|
plX.o\
|
||||||
|
textOutput.o
|
||||||
|
|
||||||
|
sip: $(SIPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SIPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xsip: $(XSIPOBJS)
|
||||||
|
$(CLD) $(LDFLAGS) -o $@ $(XSIPOBJS) $(XLFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SIPL=\
|
||||||
|
sipl.o\
|
||||||
|
dias89.a\
|
||||||
|
$(SEQLIB)
|
||||||
|
|
||||||
|
SIPLOBJS=\
|
||||||
|
$(SIPL)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
sipl: $(SIPLOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SIPLOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SETHELP=\
|
||||||
|
sethelp.o
|
||||||
|
|
||||||
|
SETHELPOBJS=\
|
||||||
|
$(SETHELP)
|
||||||
|
|
||||||
|
sethelp: $(SETHELPOBJS)
|
||||||
|
$(CLD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SETHELPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SPLITP1=\
|
||||||
|
splitp1.o
|
||||||
|
SPLITP1OBJS=\
|
||||||
|
$(SPLITP1)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
splitp1: $(SPLITP1OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SPLITP1OBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SPLITP2=\
|
||||||
|
splitp2.o
|
||||||
|
SPLITP2OBJS=\
|
||||||
|
$(SPLITP2)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
splitp2: $(SPLITP2OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SPLITP2OBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
SPLITP3=\
|
||||||
|
splitp3.o
|
||||||
|
SPLITP3OBJS=\
|
||||||
|
$(SPLITP3)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
splitp3: $(SPLITP3OBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(SPLITP3OBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
REP=\
|
||||||
|
rep.o\
|
||||||
|
dias89.a\
|
||||||
|
subs89.a
|
||||||
|
|
||||||
|
REPOBJS=\
|
||||||
|
$(REP)\
|
||||||
|
$(COMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
rep: $(REPOBJS)
|
||||||
|
$(F77) $(LDFLAGS) -o $@ $(REPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
VEP=\
|
||||||
|
vep.o\
|
||||||
|
dias89.a\
|
||||||
|
subs89.a
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
VEPOBJS=\
|
||||||
|
$(VEP)\
|
||||||
|
$(SCOMMONOBJS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
vep: $(VEPOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(VEPOBJS) $(LFLAGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Special dependencies
|
||||||
|
#
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Files requiring simple C compilation (thing.c -> thing.o)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
%.o: $(SRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
%.o: $(TEDSRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
# Files requiring simple FORTRAN compilation (thing.f -> thing.o)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
%.o: $(SRC)/%.f
|
||||||
|
$(F77) $(FFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# The UNIX library (archive) mechanism is fairly weak so the following
|
||||||
|
# procedure is used to generate libraries.
|
||||||
|
# * split the source file up into files which each contain
|
||||||
|
# a single function or subroutine
|
||||||
|
# * compile each of those files
|
||||||
|
# * insert the object files individually into the library
|
||||||
|
# Each library is built by using a temporary directory.
|
||||||
|
# The fortran compilations must be done sequentially in order to
|
||||||
|
# avoid filling up the (small on this machine) /tmp directory
|
||||||
|
# with compiler debugging information.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
%.a: $(SRC)/%.f
|
||||||
|
sh gen_a.sh
|
||||||
|
|
||||||
|
# BINDIR=`pwd`; \
|
||||||
|
# cd $(SRC); \
|
||||||
|
# SRCDIR=`pwd`; \
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# TMPDIR=/tmp/staden$$$$; \
|
||||||
|
# if test ! -d $$TMPDIR; \
|
||||||
|
# then mkdir $$TMPDIR; \
|
||||||
|
# fi; \
|
||||||
|
# cd $$TMPDIR; \
|
||||||
|
# rm -f *.f *.o; \
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# fsplit $$SRCDIR/`expr $< : '.*/\(.*\)' \| $<`; \
|
||||||
|
# $(F77) $(FFLAGS) -c *.f; \
|
||||||
|
#
|
||||||
|
## rm *.f; \
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# rm -f $@; \
|
||||||
|
# ar rcv $@ *.o; \
|
||||||
|
# ranlib $@; \
|
||||||
|
##rm *.o; \
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# cd $$BINDIR; \
|
||||||
|
# rm -r $$TMPDIR
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#.f.a:
|
||||||
|
# $(F77) $(FFLAGS) -c $<
|
||||||
|
# ar rcv $@ $*.o
|
||||||
|
# ranlib $@
|
||||||
|
# rm $*.o
|
||||||
|
|
||||||
|
all: $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
nprogs: $(NPROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
xprogs: $(XPROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
lprogs: $(LPROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
clean:
|
||||||
|
rm -f $(PROGS) *.a *.o *~
|
||||||
|
|
||||||
|
lint:
|
||||||
|
lint -Q -Nn5000 -DNOSTRDUP $(INCLUDES) *.c
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -19,27 +19,25 @@ PROGS= $(NPROGS) $(LPROGS) $(XPROGS)
|
||||||
SRC=.
|
SRC=.
|
||||||
TEDSRC=$(SRC)/../ted
|
TEDSRC=$(SRC)/../ted
|
||||||
MISCSRC=$(SRC)/../Misc
|
MISCSRC=$(SRC)/../Misc
|
||||||
MISCBIN=$(MISCSRC)
|
MISCBIN=$(MISCSRC)/alpha-binaries
|
||||||
INCLUDES= -I$(SRC) -I$(TEDSRC) -I$(MISCSRC)
|
INCLUDES= -I$(SRC) -I$(TEDSRC) -I$(MISCSRC)
|
||||||
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
# Compilers and flags
|
# Compilers and flags
|
||||||
#
|
#
|
||||||
CC= cc
|
CC= cc
|
||||||
CFLAGS= -g $(INCLUDES)
|
CFLAGS= -g -std1 -ieee_with_inexact $(INCLUDES)
|
||||||
F77= gfortran
|
F77= f77
|
||||||
FFLAGS= -g -fdec -std=legacy -L/usr/lib -lgfortran -C
|
FFLAGS= -g -C
|
||||||
|
|
||||||
FLIBS = -lutil -lm
|
FLIBS= -lfor -lutil -lUfor -lots -lFutil -lm -lfor -lutil -lUfor -lots -lFutil
|
||||||
#FLIBS= -lfor -lutil -lUfor -lots -lFutil -lm
|
XLIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11 -ldnet_stub
|
||||||
XLIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11
|
|
||||||
LFLAGS= $(FLIBS)
|
LFLAGS= $(FLIBS)
|
||||||
XLFLAGS= $(FLIBS) $(XLIBS)
|
XLFLAGS= $(FLIBS) $(XLIBS)
|
||||||
|
|
||||||
LD = gfortran
|
LD = f77
|
||||||
CLD = gfortran
|
CLD = cc
|
||||||
#CLD = cc
|
LDFLAGS = -g -non_shared # Comment out for faster linking when debugging
|
||||||
LDFLAGS = -g # Comment out for faster linking when debugging
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -80,7 +78,7 @@ XDAPCOBJS=\
|
||||||
#
|
#
|
||||||
COMMONOBJSB=\
|
COMMONOBJSB=\
|
||||||
fmain.o\
|
fmain.o\
|
||||||
seeme-aix.o\
|
seeme-dec.o\
|
||||||
nxspec.o\
|
nxspec.o\
|
||||||
userface.o\
|
userface.o\
|
||||||
userfacecom.o\
|
userfacecom.o\
|
||||||
|
|
@ -97,13 +95,13 @@ SCOMMONOBJS=\
|
||||||
$(COMMONOBJSB)
|
$(COMMONOBJSB)
|
||||||
|
|
||||||
XCOMMONOBJS=\
|
XCOMMONOBJS=\
|
||||||
seeme-aix.o\
|
seeme-dec.o\
|
||||||
xspec.o\
|
xspec.o\
|
||||||
subs89.a\
|
subs89.a\
|
||||||
$(COBJS)
|
$(COBJS)
|
||||||
|
|
||||||
XDAPCOMMONOBJS=\
|
XDAPCOMMONOBJS=\
|
||||||
seeme-aix.o\
|
seeme-dec.o\
|
||||||
xspec.o\
|
xspec.o\
|
||||||
subs89.a\
|
subs89.a\
|
||||||
$(XDAPCOBJS)
|
$(XDAPCOBJS)
|
||||||
|
|
@ -552,33 +550,24 @@ vep: $(VEPOBJS)
|
||||||
# with compiler debugging information.
|
# with compiler debugging information.
|
||||||
#
|
#
|
||||||
%.a: $(SRC)/%.f
|
%.a: $(SRC)/%.f
|
||||||
sh gen_a.sh
|
BINDIR=`pwd`; \
|
||||||
|
cd $(SRC); \
|
||||||
# BINDIR=`pwd`; \
|
SRCDIR=`pwd`; \
|
||||||
# cd $(SRC); \
|
TMPDIR=/tmp/staden$$$$; \
|
||||||
# SRCDIR=`pwd`; \
|
if test ! -d $$TMPDIR; \
|
||||||
#
|
then mkdir $$TMPDIR; \
|
||||||
# TMPDIR=/tmp/staden$$$$; \
|
fi; \
|
||||||
# if test ! -d $$TMPDIR; \
|
cd $$TMPDIR; \
|
||||||
# then mkdir $$TMPDIR; \
|
rm -f *.f *.o; \
|
||||||
# fi; \
|
fsplit $$SRCDIR/`expr $< : '.*/\(.*\)' \| $<`; \
|
||||||
# cd $$TMPDIR; \
|
$(F77) $(FFLAGS) -c *.f; \
|
||||||
# rm -f *.f *.o; \
|
rm *.f; \
|
||||||
#
|
rm -f $$BINDIR/$@; \
|
||||||
# fsplit $$SRCDIR/`expr $< : '.*/\(.*\)' \| $<`; \
|
ar rcv $$BINDIR/$@ *.o; \
|
||||||
# $(F77) $(FFLAGS) -c *.f; \
|
ranlib $$BINDIR/$@; \
|
||||||
#
|
rm *.o; \
|
||||||
## rm *.f; \
|
cd $$BINDIR; \
|
||||||
#
|
rm -r $$TMPDIR
|
||||||
# rm -f $@; \
|
|
||||||
# ar rcv $@ *.o; \
|
|
||||||
# ranlib $@; \
|
|
||||||
##rm *.o; \
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# cd $$BINDIR; \
|
|
||||||
# rm -r $$TMPDIR
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
#.f.a:
|
#.f.a:
|
||||||
# $(F77) $(FFLAGS) -c $<
|
# $(F77) $(FFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
|
||||||
90
src/ted/makefile
Normal file
90
src/ted/makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,90 @@
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Makefile for ted (trace editor) - Alpha fork
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
#Turning on the AUTO_CLIP switch allows ted to automatically
|
||||||
|
#select a left (using the -enzyme option or the .enzyme in the
|
||||||
|
#Xted file) and right cutoff on your sequence (using 2 out of
|
||||||
|
#5 N's)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Turning on the SAVE_EDITS switch allows the user to maintain
|
||||||
|
# copies of their edits, i.e. when you open up ted on a file
|
||||||
|
# that you have already edited, the old edits show up in the
|
||||||
|
# ted edit window. The user may also call up any of their
|
||||||
|
# past editing sessions.
|
||||||
|
#
|
||||||
|
#Turning on the DEF_OUT switch makes
|
||||||
|
# trace_name.seq the default output file name
|
||||||
|
#
|
||||||
|
#SWITCHES = -DAUTO_CLIP -DDEF_OUT -DSAVE_EDITS
|
||||||
|
SWITCHES = -DAUTO_CLIP
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Programs made by this makefile
|
||||||
|
#
|
||||||
|
PROGS = ted
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Where the wild things are
|
||||||
|
#
|
||||||
|
SRC = .
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Compiler - debug on
|
||||||
|
#
|
||||||
|
CC= gfortran
|
||||||
|
INCLUDES = -I$(SRC)
|
||||||
|
CFLAGS= -g $(SWITCHES) $(INCLUDES)
|
||||||
|
LIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11
|
||||||
|
#-ldnet_stub
|
||||||
|
#
|
||||||
|
LD= gfortran
|
||||||
|
LDFLAGS= -g
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Object files
|
||||||
|
#
|
||||||
|
TEDOBJS=\
|
||||||
|
ted.o\
|
||||||
|
dialogues.o\
|
||||||
|
seq.o\
|
||||||
|
seqIOPlain.o\
|
||||||
|
seqIOABI.o\
|
||||||
|
help.o\
|
||||||
|
display.o\
|
||||||
|
traceDisplay.o\
|
||||||
|
basesDisplay.o\
|
||||||
|
Graph.o\
|
||||||
|
seqIOEdit.o\
|
||||||
|
seqIOALF.o\
|
||||||
|
seqIOSCF.o\
|
||||||
|
seqOutput.o\
|
||||||
|
opp.o\
|
||||||
|
info.o\
|
||||||
|
fpoint.o\
|
||||||
|
mach-io.o\
|
||||||
|
seqRead.o
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Linking
|
||||||
|
#
|
||||||
|
ted: $(TEDOBJS)
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(TEDOBJS) $(LIBS)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Files requiring simple C compilation (thing.c -> thing.o)
|
||||||
|
#
|
||||||
|
%.o : $(SRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Special dependencies
|
||||||
|
#
|
||||||
|
clean:
|
||||||
|
rm -f ted $(TEDOBJS) *~ *.aux *.log *.bbl *.blg *.dvi *.ps
|
||||||
|
|
||||||
|
all: $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -33,14 +33,13 @@ SRC = .
|
||||||
#
|
#
|
||||||
# Compiler - debug on
|
# Compiler - debug on
|
||||||
#
|
#
|
||||||
CC= gfortran
|
CC= cc
|
||||||
INCLUDES = -I$(SRC)
|
INCLUDES = -I$(SRC)
|
||||||
CFLAGS= -g $(SWITCHES) $(INCLUDES)
|
CFLAGS= -g -std1 -ieee_with_inexact $(SWITCHES) $(INCLUDES)
|
||||||
LIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11
|
LIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11 -ldnet_stub
|
||||||
#-ldnet_stub
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
LD= gfortran
|
LD= cc
|
||||||
LDFLAGS= -g
|
LDFLAGS= -g -non_shared
|
||||||
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
# Object files
|
# Object files
|
||||||
|
|
|
||||||
42
src/update_subclones/makefile
Normal file
42
src/update_subclones/makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,42 @@
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Makefile for subclonedb
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Programs made by this makefile
|
||||||
|
#
|
||||||
|
PROGS = update_subclones
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Where the wild things are
|
||||||
|
#
|
||||||
|
SRC = .
|
||||||
|
MISCSRC = $(SRC)/../Misc
|
||||||
|
MISCBIN = $(MISCSRC)
|
||||||
|
INCLUDES = -I$(SRC) -I$(MISCSRC)
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Alpha
|
||||||
|
#
|
||||||
|
CC = cc
|
||||||
|
CFLAGS = -g $(INCLUDES)
|
||||||
|
LD = cc
|
||||||
|
LDFLAGS = -g
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Here they are
|
||||||
|
#
|
||||||
|
|
||||||
|
update_subclones : update_subclones.o $(MISCBIN)/misc.a
|
||||||
|
$(LD) $(LDFLAGS) -o update_subclones update_subclones.o $(MISCBIN)/misc.a
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Special dependencies
|
||||||
|
#
|
||||||
|
all: $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
clean:
|
||||||
|
/bin/rm -f $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
%.o: $(SRC)/%.c
|
||||||
|
$(CC) $(CFLAGS) -c $<
|
||||||
|
|
@ -12,16 +12,16 @@ PROGS = update_subclones
|
||||||
#
|
#
|
||||||
SRC = .
|
SRC = .
|
||||||
MISCSRC = $(SRC)/../Misc
|
MISCSRC = $(SRC)/../Misc
|
||||||
MISCBIN = $(MISCSRC)
|
MISCBIN = $(MISCSRC)/alpha-binaries
|
||||||
INCLUDES = -I$(SRC) -I$(MISCSRC)
|
INCLUDES = -I$(SRC) -I$(MISCSRC)
|
||||||
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
# Alpha
|
# Alpha
|
||||||
#
|
#
|
||||||
CC = cc
|
CC = cc
|
||||||
CFLAGS = -g $(INCLUDES)
|
CFLAGS = -g -std1 -ieee_with_inexact $(INCLUDES)
|
||||||
LD = cc
|
LD = cc
|
||||||
LDFLAGS = -g
|
LDFLAGS = -g -non_shared
|
||||||
|
|
||||||
#
|
#
|
||||||
# Here they are
|
# Here they are
|
||||||
|
|
|
||||||
137
src/vepe/makefile
Normal file
137
src/vepe/makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,137 @@
|
||||||
|
# Makefile for vepe - Alpha version
|
||||||
|
# -------------------------------
|
||||||
|
|
||||||
|
PROGS= vepe
|
||||||
|
|
||||||
|
all: $(PROGS)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# ``Interesting'' suffices that make needs to know about
|
||||||
|
#
|
||||||
|
.SUFFIXES: .a $(SUFFIXES)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Directories
|
||||||
|
#
|
||||||
|
SRC = .
|
||||||
|
#STADENSRC=/nfs/rutland/home3/pubseq/inhouse/share/src/staden
|
||||||
|
STADENSRC=$(SRC)/../staden
|
||||||
|
STADENBIN=$(STADENSRC)
|
||||||
|
# Use the ted sources compiled for staden executables
|
||||||
|
INCLUDES= -I$(STADENSRC)
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# Compilers and flags
|
||||||
|
#
|
||||||
|
# debug on
|
||||||
|
CC= cc
|
||||||
|
CFLAGS= -g $(INCLUDES)
|
||||||
|
F77= gfortran
|
||||||
|
FFLAGS= -g
|
||||||
|
LD= gfortran
|
||||||
|
LDFLAGS= -g
|
||||||
|
|
||||||
|
FLAGS = -lutil -lm
|
||||||
|
#FLIBS= -lfor -lutil -lUfor -lots -lFutil -lm -lfor -lutil -lUfor -lots -lFutil
|
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XLIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11
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#LFLAGS= $(FLIBS)
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XLFLAGS= $(FLIBS) $(XLIBS)
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#
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# Avoid compilation of objects in remote directories
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#
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$(STADENBIN)/%.o : $(STADENSRC)/%.f
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$(STADENBIN)/%.o : $(STADENSRC)/%.c
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#
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# Common objects, needed by every program
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#
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COMMONOBJS=\
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$(STADENBIN)/seeme-aix.o\
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$(STADENBIN)/nxspec.o\
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||||||
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$(STADENBIN)/userface.o\
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||||||
|
$(STADENBIN)/userfacecom.o\
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||||||
|
$(STADENBIN)/helpnmenu.o\
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||||||
|
$(STADENBIN)/nxhelpmenu.o\
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||||||
|
$(STADENBIN)/FtoC.o\
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||||||
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$(STADENBIN)/subs89.a\
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#
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# Building the programs
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# This should be just a linking phase because all of the object
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# files and library files are generated using implicit rules.
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# We use the fortran compiler to do linking.
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#
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#
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# Vector excision program
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#
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VEP=\
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vep.o\
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$(STADENBIN)/dias89.a\
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$(STADENBIN)/subs89.a
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VEPOBJS=\
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$(VEP)\
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$(COMMONOBJS)
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vep: $(VEPOBJS)
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$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(VEPOBJS) $(LFLAGS)
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VEPE=\
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vepe.o\
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$(STADENBIN)/dias89.a\
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expio.o\
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expFileIO.o
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VEPEOBJS=\
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$(VEPE)\
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$(COMMONOBJS)
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||||||
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||||||
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vepe: $(VEPEOBJS)
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$(LD) $(LDFLAGS) -o $@ $(VEPEOBJS) $(LFLAGS)
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COBJS = expFileIO.o testc.o
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FOBJS = expFileIO.o testf.o
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testc: $(COBJS)
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$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(COBJS)
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testf: $(FOBJS)
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$(F77) $(FFLAGS) -o $@ $(FOBJS)
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#
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# Files requiring simple C compilation (thing.c -> thing.o)
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#
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%.o: %.c
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$(CC) $(CFLAGS) -c $<
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%.o: $(SRC)/%.c
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$(CC) $(CFLAGS) -c $<
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||||||
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#
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||||||
|
# Files requiring simple FORTRAN compilation (thing.f -> thing.o)
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||||||
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#
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%.o: $(SRC)/%.f
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||||||
|
$(F77) $(FFLAGS) -c $<
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clean:
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rm -f $(PROGS) *.o *.a *~
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install: clean all
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||||||
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@ -21,7 +21,7 @@ all: $(PROGS)
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SRC = .
|
SRC = .
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||||||
#STADENSRC=/nfs/rutland/home3/pubseq/inhouse/share/src/staden
|
#STADENSRC=/nfs/rutland/home3/pubseq/inhouse/share/src/staden
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||||||
STADENSRC=$(SRC)/../staden
|
STADENSRC=$(SRC)/../staden
|
||||||
STADENBIN=$(STADENSRC)
|
STADENBIN=$(STADENSRC)/alpha-binaries
|
||||||
# Use the ted sources compiled for staden executables
|
# Use the ted sources compiled for staden executables
|
||||||
INCLUDES= -I$(STADENSRC)
|
INCLUDES= -I$(STADENSRC)
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||||||
|
|
||||||
|
|
@ -31,14 +31,13 @@ INCLUDES= -I$(STADENSRC)
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||||||
#
|
#
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||||||
# debug on
|
# debug on
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||||||
CC= cc
|
CC= cc
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CFLAGS= -g $(INCLUDES)
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CFLAGS= -g -std1 -ieee_with_inexact $(INCLUDES)
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F77= gfortran
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F77= f77
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||||||
FFLAGS= -g
|
FFLAGS= -g
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||||||
LD= gfortran
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LD= f77
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||||||
LDFLAGS= -g
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LDFLAGS= -g -non_shared
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||||||
|
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||||||
FLAGS = -lutil -lm
|
FLIBS= -lfor -lutil -lUfor -lots -lFutil -lm -lfor -lutil -lUfor -lots -lFutil
|
||||||
#FLIBS= -lfor -lutil -lUfor -lots -lFutil -lm -lfor -lutil -lUfor -lots -lFutil
|
|
||||||
XLIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11
|
XLIBS= -lXaw -lXt -lXmu -lXext -lX11
|
||||||
#LFLAGS= $(FLIBS)
|
#LFLAGS= $(FLIBS)
|
||||||
XLFLAGS= $(FLIBS) $(XLIBS)
|
XLFLAGS= $(FLIBS) $(XLIBS)
|
||||||
|
|
@ -53,7 +52,7 @@ $(STADENBIN)/%.o : $(STADENSRC)/%.c
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||||||
# Common objects, needed by every program
|
# Common objects, needed by every program
|
||||||
#
|
#
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||||||
COMMONOBJS=\
|
COMMONOBJS=\
|
||||||
$(STADENBIN)/seeme-aix.o\
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$(STADENBIN)/seeme-dec.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/nxspec.o\
|
$(STADENBIN)/nxspec.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/userface.o\
|
$(STADENBIN)/userface.o\
|
||||||
$(STADENBIN)/userfacecom.o\
|
$(STADENBIN)/userfacecom.o\
|
||||||
|
|
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||||||
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