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047d935b02
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| 047d935b02 | |||
| a8136c75ba |
7 changed files with 67 additions and 2265 deletions
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README.md
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README.md
Normal file
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@ -0,0 +1,67 @@
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# STADEN-LG
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STADEN Last Generation
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## Introduction
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This pkg is a fork of STADEN 1993 v12.1. Currently, I fixed the bug for compiling, but not completely.
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## Build
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You should clone this repo and cd to the repo get the `$pkgname` via `pwd`
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```
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# build easy
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for pkgalone in ted newted abi alf Misc cop convert expGetSeq frog getMCH indexseqlibs bap/osp-bits
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do
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cd $pkgname/src/$pkgalone
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make
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done
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# compile x related
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cd $pkgname/src/staden
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bash gen_a.sh
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make mep dap sap splitp1 splitp2 splitp3 gip sethelp convert_project sapf nipf xmep xdap xsap
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cd $pkgname/src/bap
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make bap xbap
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for pkgalone in vepe update_subclones scf
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do
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cd $pkgname/src/$pkgalone
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make
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done
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```
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Or you can get this pkg from BioArchLinux repo.
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## Todo
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Following pkgs need your hands.
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- [ ] nip
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- [ ] sip
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- [ ] rep
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- [ ] lip
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- [ ] vep
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- [ ] nipl
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- [ ] pipl
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- [ ] sipl
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- [ ] xnip
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- [ ] xpip
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- [ ] xsip
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## License
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- Copyright (c) 1993 MEDICAL RESEARCH COUNCIL (MRC), UK. BSD License.
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- Copyright (c) 2023~ Everyone. GPL License.
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@ -1,453 +0,0 @@
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#! /bin/csh -f
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#
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# staden_install - version 2.4
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#
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# This is a prototype installation program.
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#
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# 9 March 1992
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# Modified for installation on Sun, Alliant, etc
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# No longer install 2rs
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#
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# 20 November 1992
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# Now includes convert, cop, frog, getMCH and scf
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#
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# 25 November 1992
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# SGI supported
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#
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# 19 May 1993
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# DEC Alpha, Solaris supported
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#
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# Written by sd@uk.ac.cam.mrc-lmb
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#
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# prelim
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set prog = $0 ; set prog = $prog:t
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# Machines supported: al sun dec sgi alpha solaris
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#set MACHINE = `echo $prog | sed 's/.*-//'`
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set MACHINE = alpha
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# For local (MRC-LMB) setup only
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#set LOCAL = `echo $prog | awk '/local/{print "YES";exit;}{print "NO";}'`
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set LOCAL = NO
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echo ""
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echo -n "Staden Package installation procedure - "
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switch (${MACHINE})
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case "al":
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echo "Alliant FX/2800 Concentrix version"
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set MAKE = "make -sk"
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breaksw
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case "sun":
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echo "SunOS version"
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set MAKE = "make -sk"
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breaksw
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case "dec":
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echo "DEC Ultrix (mips) version"
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set MAKE = "gmake -sk"
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breaksw
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case "sgi":
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echo "Silicon Graphics Iris version"
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set MAKE = "gmake -sk"
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breaksw
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case "alpha":
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echo "DEC Alpha OSF/1 version"
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set MAKE = "gmake -sk"
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breaksw
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case "solaris":
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echo "Solaris version"
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set MAKE = "make -sk"
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breaksw
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default:
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echo "Panic. Unknown version"
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exit 1
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endsw
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echo ""
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echo "* starting initialization...please wait."
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echo ""
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# Binary fork of source directory
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if ($LOCAL == "YES") then
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set DIR_BINARIES = ${MACHINE}-binaries
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set DIR_PROGS = ${MACHINE}-bin
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else
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set DIR_BINARIES = .
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set DIR_PROGS = bin
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set MAKE = "$MAKE -f makefile-${MACHINE}"
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endif
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init:
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# Set useful shell variables
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set YES="YES";
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set NO="NO"
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# set/unset some .cshrc envs.
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unset noclobber
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set noglob
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# set interrupt trap
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onintr end_failure
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# Make dir command
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set MKDIR = "mkdir"
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# Copy command
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set CP = "cp -p"
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# Install command
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#set INSTALL = "install"
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#set INSTALL = "mv"
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set INSTALL = "cp"
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# Set up default responses
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set DEF_STADEN_ROOT = `pwd`
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set DEF_REQ_NONX = "$YES"
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set DEF_REQ_X = "$YES"
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set DEF_REQ_TED = "$YES"
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set DEF_REQ_MISC = "$YES"
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# directories
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set DIR_SRC = $DEF_STADEN_ROOT/src
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set DIR_BIN = $DEF_STADEN_ROOT/$DIR_PROGS
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set DIR_MISC = $DIR_SRC/Misc
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set DIR_STADEN = $DIR_SRC/staden
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set DIR_TED = $DIR_SRC/ted
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set DIR_ABI = $DIR_SRC/abi
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set DIR_ALF = $DIR_SRC/alf
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||||||
set DIR_BAP = $DIR_SRC/bap
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set DIR_OSP = $DIR_SRC/bap/osp-bits
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set DIR_CONVERT = $DIR_SRC/convert
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set DIR_COP = $DIR_SRC/cop
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set DIR_FROG = $DIR_SRC/frog
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set DIR_GETMCH = $DIR_SRC/getMCH
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set DIR_SCF = $DIR_SRC/scf
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main:
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preamble:
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echo ""
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echo ""
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echo "* Please answer the following questions."
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echo " Default answers to questions are given in square brackets."
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echo " If you require help at any stage respond with a ? to the question."
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echo ""
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ask_staden_root:
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set ANS_STADEN_ROOT = $DEF_STADEN_ROOT
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ask_require_nonx_progs:
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echo -n "Compile all the non-X programs in the Staden Package [$DEF_REQ_NONX]? "
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set ANS_REQ_NONX = $<
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if ("$ANS_REQ_NONX" == "?") then
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echo "* If you do not have X windows on your system you will require"
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echo " these. However, you will require Tektronics terminal emulation."
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echo " If you do not require all of the non-X programs, you should abort"
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echo " and manually make the ones you require."
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echo ""
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||||||
goto ask_require_nonx_progs
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||||||
else if ("$ANS_REQ_NONX" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_NONX" =~ [nN]*) then
|
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||||||
set ANS_REQ_NONX=$NO
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||||||
else
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||||||
goto ask_require_nonx_progs
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||||||
endif
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||||||
else
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||||||
set ANS_REQ_NONX=$DEF_REQ_NONX
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||||||
endif
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ask_require_x_progs:
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echo -n "Compile all the X programs in the Staden Package [$DEF_REQ_X]? "
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set ANS_REQ_X = $<
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if ("$ANS_REQ_X" == "?") then
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echo "* These are the programs that require X windows."
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echo " If you do not require all of the X programs, you should abort"
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echo " and manually make the ones you require."
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echo ""
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||||||
goto ask_require_x_progs
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||||||
else if ("$ANS_REQ_X" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_X=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_X" =~ [nN]*) then
|
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||||||
set ANS_REQ_X=$NO
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||||||
else
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||||||
goto ask_require_nonx_progs
|
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||||||
endif
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||||||
else
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||||||
set ANS_REQ_X=$DEF_REQ_X
|
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||||||
endif
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||||||
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ask_require_ted:
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echo -n "Compile the trace editing program ted [$DEF_REQ_TED]? "
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set ANS_REQ_TED = $<
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||||||
if ("$ANS_REQ_TED" == "?") then
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echo "* This is the trace editor program. It allows you to look at"
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echo " traces obtained from automated fluorescent sequencing machines."
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echo ""
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||||||
goto ask_require_ted
|
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||||||
else if ("$ANS_REQ_TED" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_TED" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_ted
|
|
||||||
endif
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|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$DEF_REQ_TED
|
|
||||||
endif
|
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||||||
|
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||||||
|
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||||||
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||||||
ask_require_misc:
|
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||||||
echo -n "Compile other programs [$DEF_REQ_MISC]? "
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||||||
set ANS_REQ_MISC = $<
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||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "?") then
|
|
||||||
echo "* Other programs include:"
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echo " alfsplit"
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echo " getABISampleName"
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||||||
echo ""
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||||||
goto ask_require_misc
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_MISC" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_MISC" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$NO
|
|
||||||
else
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||||||
goto ask_require_misc
|
|
||||||
endif
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|
||||||
else
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||||||
set ANS_REQ_MISC=$DEF_REQ_MISC
|
|
||||||
endif
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||||||
|
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||||||
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|
||||||
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|
||||||
time_taken_warning:
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echo ""
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||||||
echo "The installation procedure is now ready to start."
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echo ""
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||||||
echo "**** Warning:"
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echo " The installation will take considerable time to complete. If you"
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echo " are installing the whole Staden Package from scratch it could"
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||||||
echo " take as long as an hour for all exectuables to be compiled and"
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||||||
echo " installed."
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||||||
echo ""
|
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||||||
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||||||
ask_goahead:
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||||||
echo -n "Proceed with the installation [YES]? "
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||||||
set ANSWER=$<
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||||||
if ("$ANSWER" == "?") then
|
|
||||||
echo "* Final confirmation to proceed with the installation. Answer"
|
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||||||
echo " YES to proceed; otherwise, answer NO to abort the installation."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_goahead
|
|
||||||
else if ("$ANSWER" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANSWER" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
goto chickens_exit
|
|
||||||
else if ("$ANSWER" !~ [yY]*) then
|
|
||||||
goto ask_goahead
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
installation_proper:
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||||||
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||||||
# make binaries directory if it doesn't exist
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||||||
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|
||||||
if (! -d $DIR_BIN) then
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|
||||||
$MKDIR $DIR_BIN
|
|
||||||
endif
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||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "$YES" || "$ANS_REQ_X" == "$YES" || "$ANS_REQ_NONX" == "$YES" ) then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Compiling miscellaneous library"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_MISC > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing non X programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_STADEN > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE nprogs lprogs
|
|
||||||
$INSTALL mep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL pip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sapf $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp1 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp2 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp3 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sethelp $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL gip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL pipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL dap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nipf $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL vep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL rep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL lip $DIR_BIN
|
|
||||||
#$INSTALL convert_project $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_OSP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_BAP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE bap
|
|
||||||
$INSTALL bap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing Trace editor"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_TED > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE ted
|
|
||||||
$INSTALL ted $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing X programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_STADEN > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE xprogs
|
|
||||||
$INSTALL xmep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xnip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xpip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xsap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xsip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xdap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_OSP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_BAP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE xbap
|
|
||||||
$INSTALL xbap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing miscellaneous programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_ABI > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
$INSTALL getABISampleName $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_ALF > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE alfsplit
|
|
||||||
$INSTALL alfsplit $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_CONVERT > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE convert
|
|
||||||
$INSTALL convert $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_COP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
$INSTALL cop $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL cop-bap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_FROG > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE frog
|
|
||||||
$INSTALL frog $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_GETMCH > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE trace2seq
|
|
||||||
$INSTALL trace2seq $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_SCF > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE makeSCF
|
|
||||||
$INSTALL makeSCF $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
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||||||
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||||||
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||||||
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||||||
endif
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||||||
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||||||
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||||||
installation_done:
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||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installation completed"
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||||||
echo ""
|
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||||||
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||||||
echo " Some further initialisation is required in order to use the"
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echo " package. csh users should insert the following in their .login"
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echo " files:"
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||||||
echo " "
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||||||
echo " setenv STADENROOT $ANS_STADEN_ROOT"
|
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||||||
echo ' source $STADENROOT/staden.login'
|
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||||||
echo " "
|
|
||||||
echo " Users of the Bourne shell, sh, should insert the following in"
|
|
||||||
echo " their .profile:"
|
|
||||||
echo " "
|
|
||||||
echo " STADENROOT=$ANS_STADEN_ROOT"
|
|
||||||
echo " export STADENROOT"
|
|
||||||
echo ' . $STADENROOT/staden.profile'
|
|
||||||
echo " "
|
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||||||
echo " These initialisations will alter the shell's search path so that"
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|
||||||
echo " it can find the programs in the STADEN Package"
|
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||||||
echo " "
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||||||
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||||||
normal_exit:
|
|
||||||
exit 0
|
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||||||
|
|
||||||
chickens_exit:
|
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||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installation cancelled"
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
exit 0
|
|
||||||
|
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||||||
end_failure:
|
|
||||||
unset noglob
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||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "Aborted STADEN Package installation on `date`"
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
exit 1
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -1,453 +0,0 @@
|
||||||
#! /bin/csh -f
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# staden_install - version 2.4
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# This is a prototype installation program.
|
|
||||||
#
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||||||
# 9 March 1992
|
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||||||
# Modified for installation on Sun, Alliant, etc
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||||||
# No longer install 2rs
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# 20 November 1992
|
|
||||||
# Now includes convert, cop, frog, getMCH and scf
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# 25 November 1992
|
|
||||||
# SGI supported
|
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||||||
#
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||||||
# 19 May 1993
|
|
||||||
# DEC Alpha, Solaris supported
|
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||||||
#
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||||||
# Written by sd@uk.ac.cam.mrc-lmb
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#
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# prelim
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||||||
set prog = $0 ; set prog = $prog:t
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||||||
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||||||
# Machines supported: al sun dec sgi alpha solaris
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||||||
#set MACHINE = `echo $prog | sed 's/.*-//'`
|
|
||||||
set MACHINE = dec
|
|
||||||
|
|
||||||
# For local (MRC-LMB) setup only
|
|
||||||
#set LOCAL = `echo $prog | awk '/local/{print "YES";exit;}{print "NO";}'`
|
|
||||||
set LOCAL = NO
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo -n "Staden Package installation procedure - "
|
|
||||||
switch (${MACHINE})
|
|
||||||
case "al":
|
|
||||||
echo "Alliant FX/2800 Concentrix version"
|
|
||||||
set MAKE = "make -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "sun":
|
|
||||||
echo "SunOS version"
|
|
||||||
set MAKE = "make -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "dec":
|
|
||||||
echo "DEC Ultrix (mips) version"
|
|
||||||
set MAKE = "gmake -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "sgi":
|
|
||||||
echo "Silicon Graphics Iris version"
|
|
||||||
set MAKE = "gmake -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "alpha":
|
|
||||||
echo "DEC Alpha OSF/1 version"
|
|
||||||
set MAKE = "gmake -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "solaris":
|
|
||||||
echo "Solaris version"
|
|
||||||
set MAKE = "make -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
default:
|
|
||||||
echo "Panic. Unknown version"
|
|
||||||
exit 1
|
|
||||||
endsw
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "* starting initialization...please wait."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
# Binary fork of source directory
|
|
||||||
if ($LOCAL == "YES") then
|
|
||||||
set DIR_BINARIES = ${MACHINE}-binaries
|
|
||||||
set DIR_PROGS = ${MACHINE}-bin
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set DIR_BINARIES = .
|
|
||||||
set DIR_PROGS = bin
|
|
||||||
set MAKE = "$MAKE -f makefile-${MACHINE}"
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
init:
|
|
||||||
# Set useful shell variables
|
|
||||||
set YES="YES";
|
|
||||||
set NO="NO"
|
|
||||||
|
|
||||||
# set/unset some .cshrc envs.
|
|
||||||
unset noclobber
|
|
||||||
set noglob
|
|
||||||
|
|
||||||
# set interrupt trap
|
|
||||||
onintr end_failure
|
|
||||||
|
|
||||||
# Make dir command
|
|
||||||
set MKDIR = "mkdir"
|
|
||||||
|
|
||||||
# Copy command
|
|
||||||
set CP = "cp -p"
|
|
||||||
|
|
||||||
# Install command
|
|
||||||
#set INSTALL = "install"
|
|
||||||
#set INSTALL = "mv"
|
|
||||||
set INSTALL = "cp"
|
|
||||||
|
|
||||||
# Set up default responses
|
|
||||||
set DEF_STADEN_ROOT = `pwd`
|
|
||||||
|
|
||||||
set DEF_REQ_NONX = "$YES"
|
|
||||||
set DEF_REQ_X = "$YES"
|
|
||||||
set DEF_REQ_TED = "$YES"
|
|
||||||
set DEF_REQ_MISC = "$YES"
|
|
||||||
|
|
||||||
# directories
|
|
||||||
set DIR_SRC = $DEF_STADEN_ROOT/src
|
|
||||||
set DIR_BIN = $DEF_STADEN_ROOT/$DIR_PROGS
|
|
||||||
set DIR_MISC = $DIR_SRC/Misc
|
|
||||||
set DIR_STADEN = $DIR_SRC/staden
|
|
||||||
set DIR_TED = $DIR_SRC/ted
|
|
||||||
set DIR_ABI = $DIR_SRC/abi
|
|
||||||
set DIR_ALF = $DIR_SRC/alf
|
|
||||||
set DIR_BAP = $DIR_SRC/bap
|
|
||||||
set DIR_OSP = $DIR_SRC/bap/osp-bits
|
|
||||||
set DIR_CONVERT = $DIR_SRC/convert
|
|
||||||
set DIR_COP = $DIR_SRC/cop
|
|
||||||
set DIR_FROG = $DIR_SRC/frog
|
|
||||||
set DIR_GETMCH = $DIR_SRC/getMCH
|
|
||||||
set DIR_SCF = $DIR_SRC/scf
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
main:
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
preamble:
|
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||||||
echo ""
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "* Please answer the following questions."
|
|
||||||
echo " Default answers to questions are given in square brackets."
|
|
||||||
echo " If you require help at any stage respond with a ? to the question."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_staden_root:
|
|
||||||
set ANS_STADEN_ROOT = $DEF_STADEN_ROOT
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_nonx_progs:
|
|
||||||
echo -n "Compile all the non-X programs in the Staden Package [$DEF_REQ_NONX]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" == "?") then
|
|
||||||
echo "* If you do not have X windows on your system you will require"
|
|
||||||
echo " these. However, you will require Tektronics terminal emulation."
|
|
||||||
echo " If you do not require all of the non-X programs, you should abort"
|
|
||||||
echo " and manually make the ones you require."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_nonx_progs
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_NONX" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_NONX" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_nonx_progs
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX=$DEF_REQ_NONX
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_x_progs:
|
|
||||||
echo -n "Compile all the X programs in the Staden Package [$DEF_REQ_X]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_X = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" == "?") then
|
|
||||||
echo "* These are the programs that require X windows."
|
|
||||||
echo " If you do not require all of the X programs, you should abort"
|
|
||||||
echo " and manually make the ones you require."
|
|
||||||
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_x_progs
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_X" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_X=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_X" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_X=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_nonx_progs
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_X=$DEF_REQ_X
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_ted:
|
|
||||||
echo -n "Compile the trace editing program ted [$DEF_REQ_TED]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" == "?") then
|
|
||||||
echo "* This is the trace editor program. It allows you to look at"
|
|
||||||
echo " traces obtained from automated fluorescent sequencing machines."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_ted
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_TED" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_TED" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_ted
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$DEF_REQ_TED
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_misc:
|
|
||||||
echo -n "Compile other programs [$DEF_REQ_MISC]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "?") then
|
|
||||||
echo "* Other programs include:"
|
|
||||||
echo " alfsplit"
|
|
||||||
echo " getABISampleName"
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_misc
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_MISC" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_MISC" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_misc
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$DEF_REQ_MISC
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
time_taken_warning:
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "The installation procedure is now ready to start."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "**** Warning:"
|
|
||||||
echo " The installation will take considerable time to complete. If you"
|
|
||||||
echo " are installing the whole Staden Package from scratch it could"
|
|
||||||
echo " take as long as an hour for all exectuables to be compiled and"
|
|
||||||
echo " installed."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_goahead:
|
|
||||||
echo -n "Proceed with the installation [YES]? "
|
|
||||||
set ANSWER=$<
|
|
||||||
if ("$ANSWER" == "?") then
|
|
||||||
echo "* Final confirmation to proceed with the installation. Answer"
|
|
||||||
echo " YES to proceed; otherwise, answer NO to abort the installation."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_goahead
|
|
||||||
else if ("$ANSWER" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANSWER" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
goto chickens_exit
|
|
||||||
else if ("$ANSWER" !~ [yY]*) then
|
|
||||||
goto ask_goahead
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
installation_proper:
|
|
||||||
|
|
||||||
# make binaries directory if it doesn't exist
|
|
||||||
|
|
||||||
if (! -d $DIR_BIN) then
|
|
||||||
$MKDIR $DIR_BIN
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "$YES" || "$ANS_REQ_X" == "$YES" || "$ANS_REQ_NONX" == "$YES" ) then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Compiling miscellaneous library"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_MISC > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing non X programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_STADEN > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE nprogs lprogs
|
|
||||||
$INSTALL mep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL pip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sapf $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp1 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp2 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp3 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sethelp $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL gip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL pipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL dap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nipf $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL vep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL rep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL lip $DIR_BIN
|
|
||||||
#$INSTALL convert_project $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_OSP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_BAP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE bap
|
|
||||||
$INSTALL bap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing Trace editor"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_TED > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE ted
|
|
||||||
$INSTALL ted $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing X programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_STADEN > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE xprogs
|
|
||||||
$INSTALL xmep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xnip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xpip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xsap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xsip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xdap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_OSP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_BAP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE xbap
|
|
||||||
$INSTALL xbap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing miscellaneous programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_ABI > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
$INSTALL getABISampleName $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_ALF > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE alfsplit
|
|
||||||
$INSTALL alfsplit $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_CONVERT > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE convert
|
|
||||||
$INSTALL convert $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_COP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
$INSTALL cop $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL cop-bap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_FROG > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE frog
|
|
||||||
$INSTALL frog $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_GETMCH > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE trace2seq
|
|
||||||
$INSTALL trace2seq $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_SCF > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE makeSCF
|
|
||||||
$INSTALL makeSCF $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
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||||||
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||||||
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||||||
endif
|
|
||||||
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||||||
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||||||
installation_done:
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||||||
echo ""
|
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||||||
echo "+ Installation completed"
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||||||
echo ""
|
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||||||
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echo " Some further initialisation is required in order to use the"
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|
||||||
echo " package. csh users should insert the following in their .login"
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echo " files:"
|
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||||||
echo " "
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||||||
echo " setenv STADENROOT $ANS_STADEN_ROOT"
|
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||||||
echo ' source $STADENROOT/staden.login'
|
|
||||||
echo " "
|
|
||||||
echo " Users of the Bourne shell, sh, should insert the following in"
|
|
||||||
echo " their .profile:"
|
|
||||||
echo " "
|
|
||||||
echo " STADENROOT=$ANS_STADEN_ROOT"
|
|
||||||
echo " export STADENROOT"
|
|
||||||
echo ' . $STADENROOT/staden.profile'
|
|
||||||
echo " "
|
|
||||||
echo " These initialisations will alter the shell's search path so that"
|
|
||||||
echo " it can find the programs in the STADEN Package"
|
|
||||||
echo " "
|
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||||||
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||||||
normal_exit:
|
|
||||||
exit 0
|
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||||||
|
|
||||||
chickens_exit:
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installation cancelled"
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
exit 0
|
|
||||||
|
|
||||||
end_failure:
|
|
||||||
unset noglob
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "Aborted STADEN Package installation on `date`"
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
exit 1
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -1,453 +0,0 @@
|
||||||
#! /bin/csh -f
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# staden_install - version 2.4
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# This is a prototype installation program.
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# 9 March 1992
|
|
||||||
# Modified for installation on Sun, Alliant, etc
|
|
||||||
# No longer install 2rs
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# 20 November 1992
|
|
||||||
# Now includes convert, cop, frog, getMCH and scf
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# 25 November 1992
|
|
||||||
# SGI supported
|
|
||||||
#
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||||||
# 19 May 1993
|
|
||||||
# DEC Alpha, Solaris supported
|
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||||||
#
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||||||
# Written by sd@uk.ac.cam.mrc-lmb
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||||||
#
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||||||
# prelim
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||||||
set prog = $0 ; set prog = $prog:t
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||||||
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||||||
# Machines supported: al sun dec sgi alpha solaris
|
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||||||
#set MACHINE = `echo $prog | sed 's/.*-//'`
|
|
||||||
set MACHINE = sgi
|
|
||||||
|
|
||||||
# For local (MRC-LMB) setup only
|
|
||||||
#set LOCAL = `echo $prog | awk '/local/{print "YES";exit;}{print "NO";}'`
|
|
||||||
set LOCAL = NO
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo -n "Staden Package installation procedure - "
|
|
||||||
switch (${MACHINE})
|
|
||||||
case "al":
|
|
||||||
echo "Alliant FX/2800 Concentrix version"
|
|
||||||
set MAKE = "make -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "sun":
|
|
||||||
echo "SunOS version"
|
|
||||||
set MAKE = "make -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "dec":
|
|
||||||
echo "DEC Ultrix (mips) version"
|
|
||||||
set MAKE = "gmake -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "sgi":
|
|
||||||
echo "Silicon Graphics Iris version"
|
|
||||||
set MAKE = "gmake -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "alpha":
|
|
||||||
echo "DEC Alpha OSF/1 version"
|
|
||||||
set MAKE = "gmake -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "solaris":
|
|
||||||
echo "Solaris version"
|
|
||||||
set MAKE = "make -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
default:
|
|
||||||
echo "Panic. Unknown version"
|
|
||||||
exit 1
|
|
||||||
endsw
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "* starting initialization...please wait."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
# Binary fork of source directory
|
|
||||||
if ($LOCAL == "YES") then
|
|
||||||
set DIR_BINARIES = ${MACHINE}-binaries
|
|
||||||
set DIR_PROGS = ${MACHINE}-bin
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set DIR_BINARIES = .
|
|
||||||
set DIR_PROGS = bin
|
|
||||||
set MAKE = "$MAKE -f makefile-${MACHINE}"
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
init:
|
|
||||||
# Set useful shell variables
|
|
||||||
set YES="YES";
|
|
||||||
set NO="NO"
|
|
||||||
|
|
||||||
# set/unset some .cshrc envs.
|
|
||||||
unset noclobber
|
|
||||||
set noglob
|
|
||||||
|
|
||||||
# set interrupt trap
|
|
||||||
onintr end_failure
|
|
||||||
|
|
||||||
# Make dir command
|
|
||||||
set MKDIR = "mkdir"
|
|
||||||
|
|
||||||
# Copy command
|
|
||||||
set CP = "cp -p"
|
|
||||||
|
|
||||||
# Install command
|
|
||||||
#set INSTALL = "install"
|
|
||||||
#set INSTALL = "mv"
|
|
||||||
set INSTALL = "cp"
|
|
||||||
|
|
||||||
# Set up default responses
|
|
||||||
set DEF_STADEN_ROOT = `pwd`
|
|
||||||
|
|
||||||
set DEF_REQ_NONX = "$YES"
|
|
||||||
set DEF_REQ_X = "$YES"
|
|
||||||
set DEF_REQ_TED = "$YES"
|
|
||||||
set DEF_REQ_MISC = "$YES"
|
|
||||||
|
|
||||||
# directories
|
|
||||||
set DIR_SRC = $DEF_STADEN_ROOT/src
|
|
||||||
set DIR_BIN = $DEF_STADEN_ROOT/$DIR_PROGS
|
|
||||||
set DIR_MISC = $DIR_SRC/Misc
|
|
||||||
set DIR_STADEN = $DIR_SRC/staden
|
|
||||||
set DIR_TED = $DIR_SRC/ted
|
|
||||||
set DIR_ABI = $DIR_SRC/abi
|
|
||||||
set DIR_ALF = $DIR_SRC/alf
|
|
||||||
set DIR_BAP = $DIR_SRC/bap
|
|
||||||
set DIR_OSP = $DIR_SRC/bap/osp-bits
|
|
||||||
set DIR_CONVERT = $DIR_SRC/convert
|
|
||||||
set DIR_COP = $DIR_SRC/cop
|
|
||||||
set DIR_FROG = $DIR_SRC/frog
|
|
||||||
set DIR_GETMCH = $DIR_SRC/getMCH
|
|
||||||
set DIR_SCF = $DIR_SRC/scf
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
main:
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
preamble:
|
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||||||
echo ""
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "* Please answer the following questions."
|
|
||||||
echo " Default answers to questions are given in square brackets."
|
|
||||||
echo " If you require help at any stage respond with a ? to the question."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_staden_root:
|
|
||||||
set ANS_STADEN_ROOT = $DEF_STADEN_ROOT
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_nonx_progs:
|
|
||||||
echo -n "Compile all the non-X programs in the Staden Package [$DEF_REQ_NONX]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" == "?") then
|
|
||||||
echo "* If you do not have X windows on your system you will require"
|
|
||||||
echo " these. However, you will require Tektronics terminal emulation."
|
|
||||||
echo " If you do not require all of the non-X programs, you should abort"
|
|
||||||
echo " and manually make the ones you require."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_nonx_progs
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_NONX" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_NONX" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_nonx_progs
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX=$DEF_REQ_NONX
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_x_progs:
|
|
||||||
echo -n "Compile all the X programs in the Staden Package [$DEF_REQ_X]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_X = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" == "?") then
|
|
||||||
echo "* These are the programs that require X windows."
|
|
||||||
echo " If you do not require all of the X programs, you should abort"
|
|
||||||
echo " and manually make the ones you require."
|
|
||||||
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_x_progs
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_X" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_X=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_X" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_X=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_nonx_progs
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_X=$DEF_REQ_X
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_ted:
|
|
||||||
echo -n "Compile the trace editing program ted [$DEF_REQ_TED]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" == "?") then
|
|
||||||
echo "* This is the trace editor program. It allows you to look at"
|
|
||||||
echo " traces obtained from automated fluorescent sequencing machines."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_ted
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_TED" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_TED" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_ted
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$DEF_REQ_TED
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_misc:
|
|
||||||
echo -n "Compile other programs [$DEF_REQ_MISC]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "?") then
|
|
||||||
echo "* Other programs include:"
|
|
||||||
echo " alfsplit"
|
|
||||||
echo " getABISampleName"
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_misc
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_MISC" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_MISC" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_misc
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$DEF_REQ_MISC
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
time_taken_warning:
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "The installation procedure is now ready to start."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "**** Warning:"
|
|
||||||
echo " The installation will take considerable time to complete. If you"
|
|
||||||
echo " are installing the whole Staden Package from scratch it could"
|
|
||||||
echo " take as long as an hour for all exectuables to be compiled and"
|
|
||||||
echo " installed."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_goahead:
|
|
||||||
echo -n "Proceed with the installation [YES]? "
|
|
||||||
set ANSWER=$<
|
|
||||||
if ("$ANSWER" == "?") then
|
|
||||||
echo "* Final confirmation to proceed with the installation. Answer"
|
|
||||||
echo " YES to proceed; otherwise, answer NO to abort the installation."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_goahead
|
|
||||||
else if ("$ANSWER" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANSWER" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
goto chickens_exit
|
|
||||||
else if ("$ANSWER" !~ [yY]*) then
|
|
||||||
goto ask_goahead
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
installation_proper:
|
|
||||||
|
|
||||||
# make binaries directory if it doesn't exist
|
|
||||||
|
|
||||||
if (! -d $DIR_BIN) then
|
|
||||||
$MKDIR $DIR_BIN
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "$YES" || "$ANS_REQ_X" == "$YES" || "$ANS_REQ_NONX" == "$YES" ) then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Compiling miscellaneous library"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_MISC > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing non X programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_STADEN > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE nprogs lprogs
|
|
||||||
$INSTALL mep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL pip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sapf $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp1 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp2 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp3 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sethelp $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL gip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL pipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL dap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nipf $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL vep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL rep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL lip $DIR_BIN
|
|
||||||
#$INSTALL convert_project $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_OSP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_BAP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE bap
|
|
||||||
$INSTALL bap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing Trace editor"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_TED > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE ted
|
|
||||||
$INSTALL ted $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing X programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_STADEN > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE xprogs
|
|
||||||
$INSTALL xmep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xnip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xpip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xsap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xsip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xdap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_OSP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_BAP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE xbap
|
|
||||||
$INSTALL xbap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing miscellaneous programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_ABI > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
$INSTALL getABISampleName $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_ALF > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE alfsplit
|
|
||||||
$INSTALL alfsplit $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_CONVERT > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE convert
|
|
||||||
$INSTALL convert $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_COP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
$INSTALL cop $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL cop-bap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_FROG > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE frog
|
|
||||||
$INSTALL frog $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_GETMCH > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE trace2seq
|
|
||||||
$INSTALL trace2seq $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_SCF > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE makeSCF
|
|
||||||
$INSTALL makeSCF $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
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||||||
|
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||||||
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||||||
installation_done:
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||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installation completed"
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||||||
echo ""
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||||||
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||||||
echo " Some further initialisation is required in order to use the"
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||||||
echo " package. csh users should insert the following in their .login"
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||||||
echo " files:"
|
|
||||||
echo " "
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||||||
echo " setenv STADENROOT $ANS_STADEN_ROOT"
|
|
||||||
echo ' source $STADENROOT/staden.login'
|
|
||||||
echo " "
|
|
||||||
echo " Users of the Bourne shell, sh, should insert the following in"
|
|
||||||
echo " their .profile:"
|
|
||||||
echo " "
|
|
||||||
echo " STADENROOT=$ANS_STADEN_ROOT"
|
|
||||||
echo " export STADENROOT"
|
|
||||||
echo ' . $STADENROOT/staden.profile'
|
|
||||||
echo " "
|
|
||||||
echo " These initialisations will alter the shell's search path so that"
|
|
||||||
echo " it can find the programs in the STADEN Package"
|
|
||||||
echo " "
|
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||||||
|
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||||||
normal_exit:
|
|
||||||
exit 0
|
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||||||
|
|
||||||
chickens_exit:
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installation cancelled"
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
exit 0
|
|
||||||
|
|
||||||
end_failure:
|
|
||||||
unset noglob
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "Aborted STADEN Package installation on `date`"
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
exit 1
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -1,453 +0,0 @@
|
||||||
#! /bin/csh -f
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# staden_install - version 2.4
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# This is a prototype installation program.
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# 9 March 1992
|
|
||||||
# Modified for installation on Sun, Alliant, etc
|
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||||||
# No longer install 2rs
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# 20 November 1992
|
|
||||||
# Now includes convert, cop, frog, getMCH and scf
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# 25 November 1992
|
|
||||||
# SGI supported
|
|
||||||
#
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||||||
# 19 May 1993
|
|
||||||
# DEC Alpha, Solaris supported
|
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||||||
#
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||||||
# Written by sd@uk.ac.cam.mrc-lmb
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||||||
#
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||||||
# prelim
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||||||
set prog = $0 ; set prog = $prog:t
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||||||
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||||||
# Machines supported: al sun dec sgi alpha solaris
|
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||||||
#set MACHINE = `echo $prog | sed 's/.*-//'`
|
|
||||||
set MACHINE = solaris
|
|
||||||
|
|
||||||
# For local (MRC-LMB) setup only
|
|
||||||
#set LOCAL = `echo $prog | awk '/local/{print "YES";exit;}{print "NO";}'`
|
|
||||||
set LOCAL = NO
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo -n "Staden Package installation procedure - "
|
|
||||||
switch (${MACHINE})
|
|
||||||
case "al":
|
|
||||||
echo "Alliant FX/2800 Concentrix version"
|
|
||||||
set MAKE = "make -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "sun":
|
|
||||||
echo "SunOS version"
|
|
||||||
set MAKE = "make -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "dec":
|
|
||||||
echo "DEC Ultrix (mips) version"
|
|
||||||
set MAKE = "gmake -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "sgi":
|
|
||||||
echo "Silicon Graphics Iris version"
|
|
||||||
set MAKE = "gmake -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "alpha":
|
|
||||||
echo "DEC Alpha OSF/1 version"
|
|
||||||
set MAKE = "gmake -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "solaris":
|
|
||||||
echo "Solaris version"
|
|
||||||
set MAKE = "make -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
default:
|
|
||||||
echo "Panic. Unknown version"
|
|
||||||
exit 1
|
|
||||||
endsw
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "* starting initialization...please wait."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
# Binary fork of source directory
|
|
||||||
if ($LOCAL == "YES") then
|
|
||||||
set DIR_BINARIES = ${MACHINE}-binaries
|
|
||||||
set DIR_PROGS = ${MACHINE}-bin
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set DIR_BINARIES = .
|
|
||||||
set DIR_PROGS = bin
|
|
||||||
set MAKE = "$MAKE -f makefile-${MACHINE}"
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
init:
|
|
||||||
# Set useful shell variables
|
|
||||||
set YES="YES";
|
|
||||||
set NO="NO"
|
|
||||||
|
|
||||||
# set/unset some .cshrc envs.
|
|
||||||
unset noclobber
|
|
||||||
set noglob
|
|
||||||
|
|
||||||
# set interrupt trap
|
|
||||||
onintr end_failure
|
|
||||||
|
|
||||||
# Make dir command
|
|
||||||
set MKDIR = "mkdir"
|
|
||||||
|
|
||||||
# Copy command
|
|
||||||
set CP = "cp -p"
|
|
||||||
|
|
||||||
# Install command
|
|
||||||
#set INSTALL = "install"
|
|
||||||
#set INSTALL = "mv"
|
|
||||||
set INSTALL = "cp"
|
|
||||||
|
|
||||||
# Set up default responses
|
|
||||||
set DEF_STADEN_ROOT = `pwd`
|
|
||||||
|
|
||||||
set DEF_REQ_NONX = "$YES"
|
|
||||||
set DEF_REQ_X = "$YES"
|
|
||||||
set DEF_REQ_TED = "$YES"
|
|
||||||
set DEF_REQ_MISC = "$YES"
|
|
||||||
|
|
||||||
# directories
|
|
||||||
set DIR_SRC = $DEF_STADEN_ROOT/src
|
|
||||||
set DIR_BIN = $DEF_STADEN_ROOT/$DIR_PROGS
|
|
||||||
set DIR_MISC = $DIR_SRC/Misc
|
|
||||||
set DIR_STADEN = $DIR_SRC/staden
|
|
||||||
set DIR_TED = $DIR_SRC/ted
|
|
||||||
set DIR_ABI = $DIR_SRC/abi
|
|
||||||
set DIR_ALF = $DIR_SRC/alf
|
|
||||||
set DIR_BAP = $DIR_SRC/bap
|
|
||||||
set DIR_OSP = $DIR_SRC/bap/osp-bits
|
|
||||||
set DIR_CONVERT = $DIR_SRC/convert
|
|
||||||
set DIR_COP = $DIR_SRC/cop
|
|
||||||
set DIR_FROG = $DIR_SRC/frog
|
|
||||||
set DIR_GETMCH = $DIR_SRC/getMCH
|
|
||||||
set DIR_SCF = $DIR_SRC/scf
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
main:
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
preamble:
|
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||||||
echo ""
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "* Please answer the following questions."
|
|
||||||
echo " Default answers to questions are given in square brackets."
|
|
||||||
echo " If you require help at any stage respond with a ? to the question."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_staden_root:
|
|
||||||
set ANS_STADEN_ROOT = $DEF_STADEN_ROOT
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_nonx_progs:
|
|
||||||
echo -n "Compile all the non-X programs in the Staden Package [$DEF_REQ_NONX]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" == "?") then
|
|
||||||
echo "* If you do not have X windows on your system you will require"
|
|
||||||
echo " these. However, you will require Tektronics terminal emulation."
|
|
||||||
echo " If you do not require all of the non-X programs, you should abort"
|
|
||||||
echo " and manually make the ones you require."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_nonx_progs
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_NONX" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_NONX" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_nonx_progs
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX=$DEF_REQ_NONX
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_x_progs:
|
|
||||||
echo -n "Compile all the X programs in the Staden Package [$DEF_REQ_X]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_X = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" == "?") then
|
|
||||||
echo "* These are the programs that require X windows."
|
|
||||||
echo " If you do not require all of the X programs, you should abort"
|
|
||||||
echo " and manually make the ones you require."
|
|
||||||
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_x_progs
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_X" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_X=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_X" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_X=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_nonx_progs
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_X=$DEF_REQ_X
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_ted:
|
|
||||||
echo -n "Compile the trace editing program ted [$DEF_REQ_TED]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" == "?") then
|
|
||||||
echo "* This is the trace editor program. It allows you to look at"
|
|
||||||
echo " traces obtained from automated fluorescent sequencing machines."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_ted
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_TED" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_TED" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_ted
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$DEF_REQ_TED
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_misc:
|
|
||||||
echo -n "Compile other programs [$DEF_REQ_MISC]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "?") then
|
|
||||||
echo "* Other programs include:"
|
|
||||||
echo " alfsplit"
|
|
||||||
echo " getABISampleName"
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_misc
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_MISC" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_MISC" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_misc
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$DEF_REQ_MISC
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
time_taken_warning:
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "The installation procedure is now ready to start."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "**** Warning:"
|
|
||||||
echo " The installation will take considerable time to complete. If you"
|
|
||||||
echo " are installing the whole Staden Package from scratch it could"
|
|
||||||
echo " take as long as an hour for all exectuables to be compiled and"
|
|
||||||
echo " installed."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_goahead:
|
|
||||||
echo -n "Proceed with the installation [YES]? "
|
|
||||||
set ANSWER=$<
|
|
||||||
if ("$ANSWER" == "?") then
|
|
||||||
echo "* Final confirmation to proceed with the installation. Answer"
|
|
||||||
echo " YES to proceed; otherwise, answer NO to abort the installation."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_goahead
|
|
||||||
else if ("$ANSWER" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANSWER" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
goto chickens_exit
|
|
||||||
else if ("$ANSWER" !~ [yY]*) then
|
|
||||||
goto ask_goahead
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
installation_proper:
|
|
||||||
|
|
||||||
# make binaries directory if it doesn't exist
|
|
||||||
|
|
||||||
if (! -d $DIR_BIN) then
|
|
||||||
$MKDIR $DIR_BIN
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "$YES" || "$ANS_REQ_X" == "$YES" || "$ANS_REQ_NONX" == "$YES" ) then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Compiling miscellaneous library"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_MISC > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing non X programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_STADEN > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE nprogs lprogs
|
|
||||||
$INSTALL mep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL pip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sapf $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp1 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp2 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp3 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sethelp $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL gip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL pipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL dap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nipf $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL vep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL rep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL lip $DIR_BIN
|
|
||||||
#$INSTALL convert_project $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_OSP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_BAP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE bap
|
|
||||||
$INSTALL bap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing Trace editor"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_TED > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE ted
|
|
||||||
$INSTALL ted $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing X programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_STADEN > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE xprogs
|
|
||||||
$INSTALL xmep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xnip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xpip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xsap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xsip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xdap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_OSP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_BAP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE xbap
|
|
||||||
$INSTALL xbap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing miscellaneous programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_ABI > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
$INSTALL getABISampleName $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_ALF > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
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|
||||||
$MAKE alfsplit
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|
||||||
$INSTALL alfsplit $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_CONVERT > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE convert
|
|
||||||
$INSTALL convert $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_COP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
$INSTALL cop $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL cop-bap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_FROG > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE frog
|
|
||||||
$INSTALL frog $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_GETMCH > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE trace2seq
|
|
||||||
$INSTALL trace2seq $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_SCF > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE makeSCF
|
|
||||||
$INSTALL makeSCF $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
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||||||
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||||||
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|
||||||
endif
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||||||
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||||||
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||||||
installation_done:
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echo ""
|
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||||||
echo "+ Installation completed"
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||||||
echo ""
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||||||
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||||||
echo " Some further initialisation is required in order to use the"
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echo " package. csh users should insert the following in their .login"
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echo " files:"
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||||||
echo " "
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||||||
echo " setenv STADENROOT $ANS_STADEN_ROOT"
|
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||||||
echo ' source $STADENROOT/staden.login'
|
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||||||
echo " "
|
|
||||||
echo " Users of the Bourne shell, sh, should insert the following in"
|
|
||||||
echo " their .profile:"
|
|
||||||
echo " "
|
|
||||||
echo " STADENROOT=$ANS_STADEN_ROOT"
|
|
||||||
echo " export STADENROOT"
|
|
||||||
echo ' . $STADENROOT/staden.profile'
|
|
||||||
echo " "
|
|
||||||
echo " These initialisations will alter the shell's search path so that"
|
|
||||||
echo " it can find the programs in the STADEN Package"
|
|
||||||
echo " "
|
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||||||
|
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||||||
normal_exit:
|
|
||||||
exit 0
|
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||||||
|
|
||||||
chickens_exit:
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installation cancelled"
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
exit 0
|
|
||||||
|
|
||||||
end_failure:
|
|
||||||
unset noglob
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "Aborted STADEN Package installation on `date`"
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
exit 1
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -1,453 +0,0 @@
|
||||||
#! /bin/csh -f
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# staden_install - version 2.4
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# This is a prototype installation program.
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# 9 March 1992
|
|
||||||
# Modified for installation on Sun, Alliant, etc
|
|
||||||
# No longer install 2rs
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# 20 November 1992
|
|
||||||
# Now includes convert, cop, frog, getMCH and scf
|
|
||||||
#
|
|
||||||
# 25 November 1992
|
|
||||||
# SGI supported
|
|
||||||
#
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||||||
# 19 May 1993
|
|
||||||
# DEC Alpha, Solaris supported
|
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||||||
#
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||||||
# Written by sd@uk.ac.cam.mrc-lmb
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||||||
#
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||||||
# prelim
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||||||
set prog = $0 ; set prog = $prog:t
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||||||
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||||||
# Machines supported: al sun dec sgi alpha solaris
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||||||
#set MACHINE = `echo $prog | sed 's/.*-//'`
|
|
||||||
set MACHINE = sun
|
|
||||||
|
|
||||||
# For local (MRC-LMB) setup only
|
|
||||||
#set LOCAL = `echo $prog | awk '/local/{print "YES";exit;}{print "NO";}'`
|
|
||||||
set LOCAL = NO
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo -n "Staden Package installation procedure - "
|
|
||||||
switch (${MACHINE})
|
|
||||||
case "al":
|
|
||||||
echo "Alliant FX/2800 Concentrix version"
|
|
||||||
set MAKE = "make -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "sun":
|
|
||||||
echo "SunOS version"
|
|
||||||
set MAKE = "make -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "dec":
|
|
||||||
echo "DEC Ultrix (mips) version"
|
|
||||||
set MAKE = "gmake -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "sgi":
|
|
||||||
echo "Silicon Graphics Iris version"
|
|
||||||
set MAKE = "gmake -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "alpha":
|
|
||||||
echo "DEC Alpha OSF/1 version"
|
|
||||||
set MAKE = "gmake -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
case "solaris":
|
|
||||||
echo "Solaris version"
|
|
||||||
set MAKE = "make -sk"
|
|
||||||
breaksw
|
|
||||||
default:
|
|
||||||
echo "Panic. Unknown version"
|
|
||||||
exit 1
|
|
||||||
endsw
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "* starting initialization...please wait."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
# Binary fork of source directory
|
|
||||||
if ($LOCAL == "YES") then
|
|
||||||
set DIR_BINARIES = ${MACHINE}-binaries
|
|
||||||
set DIR_PROGS = ${MACHINE}-bin
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set DIR_BINARIES = .
|
|
||||||
set DIR_PROGS = bin
|
|
||||||
set MAKE = "$MAKE -f makefile-${MACHINE}"
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
init:
|
|
||||||
# Set useful shell variables
|
|
||||||
set YES="YES";
|
|
||||||
set NO="NO"
|
|
||||||
|
|
||||||
# set/unset some .cshrc envs.
|
|
||||||
unset noclobber
|
|
||||||
set noglob
|
|
||||||
|
|
||||||
# set interrupt trap
|
|
||||||
onintr end_failure
|
|
||||||
|
|
||||||
# Make dir command
|
|
||||||
set MKDIR = "mkdir"
|
|
||||||
|
|
||||||
# Copy command
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|
||||||
set CP = "cp -p"
|
|
||||||
|
|
||||||
# Install command
|
|
||||||
#set INSTALL = "install"
|
|
||||||
#set INSTALL = "mv"
|
|
||||||
set INSTALL = "cp"
|
|
||||||
|
|
||||||
# Set up default responses
|
|
||||||
set DEF_STADEN_ROOT = `pwd`
|
|
||||||
|
|
||||||
set DEF_REQ_NONX = "$YES"
|
|
||||||
set DEF_REQ_X = "$YES"
|
|
||||||
set DEF_REQ_TED = "$YES"
|
|
||||||
set DEF_REQ_MISC = "$YES"
|
|
||||||
|
|
||||||
# directories
|
|
||||||
set DIR_SRC = $DEF_STADEN_ROOT/src
|
|
||||||
set DIR_BIN = $DEF_STADEN_ROOT/$DIR_PROGS
|
|
||||||
set DIR_MISC = $DIR_SRC/Misc
|
|
||||||
set DIR_STADEN = $DIR_SRC/staden
|
|
||||||
set DIR_TED = $DIR_SRC/ted
|
|
||||||
set DIR_ABI = $DIR_SRC/abi
|
|
||||||
set DIR_ALF = $DIR_SRC/alf
|
|
||||||
set DIR_BAP = $DIR_SRC/bap
|
|
||||||
set DIR_OSP = $DIR_SRC/bap/osp-bits
|
|
||||||
set DIR_CONVERT = $DIR_SRC/convert
|
|
||||||
set DIR_COP = $DIR_SRC/cop
|
|
||||||
set DIR_FROG = $DIR_SRC/frog
|
|
||||||
set DIR_GETMCH = $DIR_SRC/getMCH
|
|
||||||
set DIR_SCF = $DIR_SRC/scf
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
main:
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
preamble:
|
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||||||
echo ""
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "* Please answer the following questions."
|
|
||||||
echo " Default answers to questions are given in square brackets."
|
|
||||||
echo " If you require help at any stage respond with a ? to the question."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_staden_root:
|
|
||||||
set ANS_STADEN_ROOT = $DEF_STADEN_ROOT
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_nonx_progs:
|
|
||||||
echo -n "Compile all the non-X programs in the Staden Package [$DEF_REQ_NONX]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" == "?") then
|
|
||||||
echo "* If you do not have X windows on your system you will require"
|
|
||||||
echo " these. However, you will require Tektronics terminal emulation."
|
|
||||||
echo " If you do not require all of the non-X programs, you should abort"
|
|
||||||
echo " and manually make the ones you require."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_nonx_progs
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_NONX" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_NONX" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_nonx_progs
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_NONX=$DEF_REQ_NONX
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_x_progs:
|
|
||||||
echo -n "Compile all the X programs in the Staden Package [$DEF_REQ_X]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_X = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" == "?") then
|
|
||||||
echo "* These are the programs that require X windows."
|
|
||||||
echo " If you do not require all of the X programs, you should abort"
|
|
||||||
echo " and manually make the ones you require."
|
|
||||||
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_x_progs
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_X" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_X=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_X" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_X=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_nonx_progs
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_X=$DEF_REQ_X
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_ted:
|
|
||||||
echo -n "Compile the trace editing program ted [$DEF_REQ_TED]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" == "?") then
|
|
||||||
echo "* This is the trace editor program. It allows you to look at"
|
|
||||||
echo " traces obtained from automated fluorescent sequencing machines."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_ted
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_TED" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_TED" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_ted
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_TED=$DEF_REQ_TED
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_require_misc:
|
|
||||||
echo -n "Compile other programs [$DEF_REQ_MISC]? "
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC = $<
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "?") then
|
|
||||||
echo "* Other programs include:"
|
|
||||||
echo " alfsplit"
|
|
||||||
echo " getABISampleName"
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_require_misc
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_MISC" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" =~ [yY]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$YES
|
|
||||||
else if ("$ANS_REQ_MISC" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$NO
|
|
||||||
else
|
|
||||||
goto ask_require_misc
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set ANS_REQ_MISC=$DEF_REQ_MISC
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
time_taken_warning:
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "The installation procedure is now ready to start."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "**** Warning:"
|
|
||||||
echo " The installation will take considerable time to complete. If you"
|
|
||||||
echo " are installing the whole Staden Package from scratch it could"
|
|
||||||
echo " take as long as an hour for all exectuables to be compiled and"
|
|
||||||
echo " installed."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
|
|
||||||
ask_goahead:
|
|
||||||
echo -n "Proceed with the installation [YES]? "
|
|
||||||
set ANSWER=$<
|
|
||||||
if ("$ANSWER" == "?") then
|
|
||||||
echo "* Final confirmation to proceed with the installation. Answer"
|
|
||||||
echo " YES to proceed; otherwise, answer NO to abort the installation."
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
goto ask_goahead
|
|
||||||
else if ("$ANSWER" != "") then
|
|
||||||
if ("$ANSWER" =~ [nN]*) then
|
|
||||||
goto chickens_exit
|
|
||||||
else if ("$ANSWER" !~ [yY]*) then
|
|
||||||
goto ask_goahead
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
installation_proper:
|
|
||||||
|
|
||||||
# make binaries directory if it doesn't exist
|
|
||||||
|
|
||||||
if (! -d $DIR_BIN) then
|
|
||||||
$MKDIR $DIR_BIN
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "$YES" || "$ANS_REQ_X" == "$YES" || "$ANS_REQ_NONX" == "$YES" ) then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Compiling miscellaneous library"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_MISC > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_NONX" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing non X programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_STADEN > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE nprogs lprogs
|
|
||||||
$INSTALL mep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL pip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sapf $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp1 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp2 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL splitp3 $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sethelp $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL gip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL pipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL sipl $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL dap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL nipf $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL vep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL rep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL lip $DIR_BIN
|
|
||||||
#$INSTALL convert_project $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_OSP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_BAP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE bap
|
|
||||||
$INSTALL bap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_TED" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing Trace editor"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_TED > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE ted
|
|
||||||
$INSTALL ted $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_X" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing X programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_STADEN > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE xprogs
|
|
||||||
$INSTALL xmep $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xnip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xpip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xsap $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xsip $DIR_BIN
|
|
||||||
$INSTALL xdap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_OSP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_BAP > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE xbap
|
|
||||||
$INSTALL xbap $DIR_BIN
|
|
||||||
popd > /dev/null
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
|
|
||||||
if ("$ANS_REQ_MISC" == "$YES") then
|
|
||||||
echo ""
|
|
||||||
echo "+ Installing miscellaneous programs"
|
|
||||||
|
|
||||||
pushd $DIR_ABI > /dev/null
|
|
||||||
cd $DIR_BINARIES
|
|
||||||
$MAKE all
|
|
||||||
$INSTALL getABISampleName $DIR_BIN
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popd > /dev/null
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pushd $DIR_ALF > /dev/null
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cd $DIR_BINARIES
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$MAKE alfsplit
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$INSTALL alfsplit $DIR_BIN
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||||||
popd > /dev/null
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||||||
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pushd $DIR_CONVERT > /dev/null
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cd $DIR_BINARIES
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$MAKE convert
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$INSTALL convert $DIR_BIN
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||||||
popd > /dev/null
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||||||
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||||||
pushd $DIR_COP > /dev/null
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cd $DIR_BINARIES
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$MAKE all
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$INSTALL cop $DIR_BIN
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$INSTALL cop-bap $DIR_BIN
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||||||
popd > /dev/null
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||||||
|
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pushd $DIR_FROG > /dev/null
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||||||
cd $DIR_BINARIES
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$MAKE frog
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$INSTALL frog $DIR_BIN
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popd > /dev/null
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||||||
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pushd $DIR_GETMCH > /dev/null
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cd $DIR_BINARIES
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$MAKE trace2seq
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$INSTALL trace2seq $DIR_BIN
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popd > /dev/null
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||||||
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pushd $DIR_SCF > /dev/null
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cd $DIR_BINARIES
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$MAKE makeSCF
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$INSTALL makeSCF $DIR_BIN
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popd > /dev/null
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||||||
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endif
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installation_done:
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echo ""
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echo "+ Installation completed"
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echo ""
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echo " Some further initialisation is required in order to use the"
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echo " package. csh users should insert the following in their .login"
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echo " files:"
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echo " "
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echo " setenv STADENROOT $ANS_STADEN_ROOT"
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echo ' source $STADENROOT/staden.login'
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echo " "
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echo " Users of the Bourne shell, sh, should insert the following in"
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echo " their .profile:"
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echo " "
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echo " STADENROOT=$ANS_STADEN_ROOT"
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echo " export STADENROOT"
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echo ' . $STADENROOT/staden.profile'
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echo " "
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echo " These initialisations will alter the shell's search path so that"
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echo " it can find the programs in the STADEN Package"
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echo " "
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normal_exit:
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exit 0
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chickens_exit:
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echo ""
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echo "+ Installation cancelled"
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echo ""
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exit 0
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end_failure:
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unset noglob
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echo ""
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echo "Aborted STADEN Package installation on `date`"
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echo ""
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exit 1
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