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d58cb7c457
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2223
SUPPORT/CAP2.c
Normal file
2223
SUPPORT/CAP2.c
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load diff
149
SUPPORT/Flatio.c
Normal file
149
SUPPORT/Flatio.c
Normal file
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@ -0,0 +1,149 @@
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#include <malloc.h>
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#include <stdio.h>
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#include <stdlib.h>
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#include <string.h>
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#define TRUE 1
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#define FALSE 0
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||||||
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#define MAX(a, b) ((a) > (b) ? (a) : (b))
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#define MIN(a, b) ((a) < (b) ? (a) : (b))
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struct data_format {
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int length;
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char *nuc;
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int offset;
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char name[64];
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char type;
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};
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char *Realloc(char *block, int size);
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char *Calloc(int count, int size);
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int ErrorOut(int code, char *string);
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int Errorout(char *string);
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||||||
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int ReadFlat(FILE *file, struct data_format align[], int maxseqs);
|
||||||
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int WriteData(FILE *file, struct data_format data[], int count);
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||||||
|
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||||||
|
int ReadFlat(FILE *file, struct data_format align[], int maxseqs)
|
||||||
|
{
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int j, len = 0, count = -1, offset;
|
||||||
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unsigned maxlen = 1024;
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char cinline[1025];
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||||||
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extern char *Calloc(), *Realloc();
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||||||
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if (file == NULL) Errorout("Cannot open data file");
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||||||
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for (; fgets(cinline, 1024, file) != NULL;) {
|
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cinline[strlen(cinline) - 1] = '\0';
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||||||
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switch (cinline[0]) {
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case '>':
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case '#':
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case '%':
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case '"':
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case '@':
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offset = 0;
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||||||
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for (j = 0; j < strlen(cinline); j++) {
|
||||||
|
if (cinline[j] == '(') {
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||||||
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sscanf(
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||||||
|
(char *)(cinline + j + 1),
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"%d", &offset);
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cinline[j] = '\0';
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}
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}
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||||||
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||||||
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if (count != -1) {
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||||||
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align[count].length = len;
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align[count].nuc[len] = '\0';
|
||||||
|
maxlen = len;
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|
}
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count++;
|
||||||
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if (count > maxseqs)
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|
Errorout(
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|
"Sorry, alignment is too large");
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align[count].nuc = Calloc(maxlen, sizeof(char));
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||||||
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align[count].type = cinline[0];
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|
align[count].offset = offset;
|
||||||
|
if (align[count].nuc == NULL)
|
||||||
|
Errorout("Calloc problem");
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||||||
|
sscanf((char *)(cinline + 1), "%s",
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||||||
|
align[count].name);
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len = 0;
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break;
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default:
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if (len + strlen(cinline) > maxlen) {
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|
maxlen = (maxlen + strlen(cinline)) * 2;
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|
align[count].nuc =
|
||||||
|
Realloc(align[count].nuc, maxlen);
|
||||||
|
}
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||||||
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for (j = 0; j < strlen(cinline); j++)
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||||||
|
align[count].nuc[j + len] = cinline[j];
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|
len += strlen(cinline);
|
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|
break;
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}
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|
}
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|
if (count == -1) exit(1);
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|
align[count].length = len;
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|
align[count].nuc[len] = '\0';
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return (++count);
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|
}
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|
int Errorout(char *string)
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{
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|
fprintf(stderr, "%s\n", string);
|
||||||
|
exit(1);
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|
}
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|
int WriteData(FILE *file, struct data_format data[], int count)
|
||||||
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{
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|
int i, j;
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||||||
|
for (j = 0; j < count; j++) {
|
||||||
|
if (data[j].offset)
|
||||||
|
fprintf(file, "\n%c%s(%d)", data[j].type, data[j].name,
|
||||||
|
data[j].offset);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
fprintf(file, "\n%c%s", data[j].type, data[j].name);
|
||||||
|
|
||||||
|
for (i = 0; i < data[j].length; i++) {
|
||||||
|
if (i % 60 == 0) fputc('\n', file);
|
||||||
|
fputc(data[j].nuc[i], file);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
int ErrorOut(int code, char *string)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (code == 0) {
|
||||||
|
fprintf(stderr, "Error:%s\n", string);
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return 0;
|
||||||
|
}
|
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|
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|
char *Calloc(int count, int size)
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|
{
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||||||
|
char *temp;
|
||||||
|
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||||||
|
temp = (char *)calloc(count, size);
|
||||||
|
if (temp == NULL) {
|
||||||
|
fprintf(stdout, "Error in Calloc\n");
|
||||||
|
exit(-1);
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||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
return (temp);
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|
}
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||||||
|
char *Realloc(char *block, int size)
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||||||
|
{
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||||||
|
char *temp;
|
||||||
|
temp = (char *)realloc(block, size);
|
||||||
|
if (temp == NULL) {
|
||||||
|
fprintf(stdout, "Error in Calloc\n");
|
||||||
|
exit(-1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
return (temp);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
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||||||
21
SUPPORT/Makefile
Normal file
21
SUPPORT/Makefile
Normal file
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@ -0,0 +1,21 @@
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|
CC = cc
|
||||||
|
FLAGS = -lm
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|
all:CAP2 Restriction count findall varpos lsadt sho_helix Zuk_to_gen
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||||||
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CAP2: CAP2.c
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||||||
|
$(CC) CAP2.c -O -o CAP2
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||||||
|
Restriction: Restriction.c
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||||||
|
$(CC) Restriction.c -O -o Restriction
|
||||||
|
Zuk_to_gen: Zuk_to_gen.c
|
||||||
|
$(CC) Zuk_to_gen.c -O -o Zuk_to_gen
|
||||||
|
count: count.c
|
||||||
|
$(CC) count.c -O -o count $(FLAGS)
|
||||||
|
findall: findall.c
|
||||||
|
$(CC) findall.c -O -o findall
|
||||||
|
lsadt: lsadt.c
|
||||||
|
$(CC) lsadt.c -O -o lsadt $(FLAGS)
|
||||||
|
sho_helix: sho_helix.c
|
||||||
|
$(CC) sho_helix.c -O -o sho_helix
|
||||||
|
varpos: varpos.c
|
||||||
|
$(CC) varpos.c -O -o varpos
|
||||||
70
SUPPORT/PrintContig.c
Normal file
70
SUPPORT/PrintContig.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,70 @@
|
||||||
|
#include "Flatio.c"
|
||||||
|
#define WIDTH 50
|
||||||
|
|
||||||
|
main()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
struct data_format data[10000];
|
||||||
|
int i,j,k,numseqs,maxlen = 0,minlen=999999999;
|
||||||
|
int lines_printed;
|
||||||
|
int len[1000];
|
||||||
|
char a,b;
|
||||||
|
|
||||||
|
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||||
|
if(numseqs == 0)
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(k=0;k<numseqs;k++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
minlen = MIN(minlen,data[k].offset);
|
||||||
|
maxlen = MAX(maxlen,data[j].length+data[k].offset);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=minlen;j<maxlen;j+=WIDTH)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
lines_printed = FALSE;
|
||||||
|
for (i=0;i<numseqs;i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
data[i].name[19] = '\0';
|
||||||
|
if(((data[i].offset > j+WIDTH) ||
|
||||||
|
(data[i].offset+data[i].length<j)));
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
lines_printed = TRUE;
|
||||||
|
printf("\n%20s%5d ", data[i].name,
|
||||||
|
indx(j,&(data[i])));
|
||||||
|
for(k=j;k<j+WIDTH;k++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if((k<data[i].length+data[i].offset)
|
||||||
|
&& (k>=data[i].offset))
|
||||||
|
putchar(data[i].nuc[k-data[i].offset]);
|
||||||
|
else putchar(' ');
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if(lines_printed)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
printf("\n |---------|---------|---------|---------|---------\n");
|
||||||
|
printf(" %6d %6d %6d %6d %6d\n\n",j+1,j+11,j+21,j+31,j+41);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
putchar('\n');
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
int indx(pos,seq)
|
||||||
|
int pos;
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||||||
|
struct data_format *seq;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int j,count=0;
|
||||||
|
if(pos < seq->offset)
|
||||||
|
return (0);
|
||||||
|
if(pos>seq->offset+seq->length)
|
||||||
|
pos = seq->offset+seq->length;
|
||||||
|
pos -= seq->offset;
|
||||||
|
for(j=0;j<pos;j++)
|
||||||
|
if(seq->nuc[j] != '-')
|
||||||
|
if(seq->nuc[j] != '~')
|
||||||
|
count++;
|
||||||
|
return (count);
|
||||||
|
}
|
||||||
130
SUPPORT/Restriction.c
Normal file
130
SUPPORT/Restriction.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,130 @@
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Copyright 1991 Steven Smith at the Harvard Genome Lab.
|
||||||
|
* All rights reserved.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
#include "Flatio.c"
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
main(ac,av)
|
||||||
|
int ac;
|
||||||
|
char **av;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
struct data_format data[10000];
|
||||||
|
FILE *file;
|
||||||
|
int i,j,k,color,numseqs,numenzymes,nextpos,len;
|
||||||
|
char enzymes[80][80],dummy[80];
|
||||||
|
if(ac<3)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fprintf(stderr,"Usage: %s enzyme_file seq_file\n",av[0]);
|
||||||
|
exit(-1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
file = fopen(av[2],"r");
|
||||||
|
if(file == NULL)
|
||||||
|
exit(-1);
|
||||||
|
|
||||||
|
numseqs = ReadFlat(file,data,10000);
|
||||||
|
|
||||||
|
file = fopen(av[1],"r");
|
||||||
|
if(file == NULL)
|
||||||
|
exit(-1);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(numenzymes = 0;
|
||||||
|
fscanf(file,"%s %s",enzymes[numenzymes],dummy)>0;
|
||||||
|
numenzymes++);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(i=0;i<numseqs;i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
if(numseqs>1)
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
printf("name:%s\n",data[i].name);
|
||||||
|
printf("length:%d\n",strlen(data[i].nuc));
|
||||||
|
if(numseqs>1)
|
||||||
|
printf("nodash:\n");
|
||||||
|
printf("start:\n");
|
||||||
|
for(j=0;j<data[i].length;)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for(;data[i].nuc[j] == '-' && j<data[i].length;)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
printf("8\n");
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if((nextpos = FindNext(data[i].nuc,j,enzymes,numenzymes
|
||||||
|
,&len,&color)) != -1)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for(k=j;k<nextpos;k++)
|
||||||
|
printf("8\n");
|
||||||
|
for(k=j+nextpos;k<j+nextpos+len;k++)
|
||||||
|
printf("%d\n",color);
|
||||||
|
j=nextpos+len;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
for(;j<data[i].length;j++)
|
||||||
|
printf("8\n");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
FindNext(target,offset,enzymes,numenzymes,match_len,color)
|
||||||
|
char *target,enzymes[][80];
|
||||||
|
int numenzymes,*match_len,*color;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int i,j,k,closest,len1,dif,flag = FALSE;
|
||||||
|
closest = strlen(target);
|
||||||
|
*match_len = 0;
|
||||||
|
for(k=0;k<numenzymes;k++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
dif = (strlen(target)) - (len1 = strlen(enzymes[k])) +1;
|
||||||
|
|
||||||
|
if(len1>0)
|
||||||
|
for(flag = FALSE,j=offset;j<dif && flag == FALSE;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
flag = TRUE;
|
||||||
|
for(i=0;i<len1 && flag;i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
flag = Comp(enzymes[k][i],target[i+j])?
|
||||||
|
TRUE:FALSE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if(j-1<closest)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
closest = j-1;
|
||||||
|
*color = k%6+1;
|
||||||
|
*match_len = strlen(enzymes[k]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if(closest + *match_len < strlen(target))
|
||||||
|
return(closest);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
return(-1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
Comp(a,b)
|
||||||
|
char a,b;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
static int CtoB[128]={
|
||||||
|
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0x00,
|
||||||
|
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
|
||||||
|
0x01,0xe,0x02,0x0d,0,0,0x04,0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,
|
||||||
|
0x08,0x08,0x07,0,0x09,0xa,0,0,0,0,0,0,0,0x01,0x0e,0x02,0x0d,0,0,0x04,
|
||||||
|
0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,0x08,0x08,0x07,0,0x09,0x0a,
|
||||||
|
0,0,0,0,0x00,0
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
static int BtoC[128] =
|
||||||
|
{
|
||||||
|
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||||
|
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||||
|
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||||
|
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||||
|
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||||
|
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||||
|
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||||
|
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
return ((CtoB[a]) & (CtoB[b]));
|
||||||
|
}
|
||||||
88
SUPPORT/Zuk_to_gen.c
Executable file
88
SUPPORT/Zuk_to_gen.c
Executable file
|
|
@ -0,0 +1,88 @@
|
||||||
|
#include <stdio.h>
|
||||||
|
#include <string.h>
|
||||||
|
|
||||||
|
typedef struct Sequence {
|
||||||
|
int len;
|
||||||
|
char name[80];
|
||||||
|
char type[8];
|
||||||
|
char *nuc;
|
||||||
|
} Sequence;
|
||||||
|
|
||||||
|
main()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
char a[5000], b[5000], cinline[132];
|
||||||
|
int pos1, pos2, pos3, i, j, k, FLAG;
|
||||||
|
Sequence pair[2];
|
||||||
|
|
||||||
|
for (j = 0; j < 5000; j++) b[j] = '-';
|
||||||
|
FLAG = (int)gets(cinline);
|
||||||
|
for (j = 0; FLAG; j++) {
|
||||||
|
FLAG = (int)gets(cinline);
|
||||||
|
sscanf(cinline, "%d", &pos1);
|
||||||
|
if ((sscanf(cinline, "%*6c %c %d %d %d", &(a[j]), &k, &pos2,
|
||||||
|
&pos3) == 4) &&
|
||||||
|
(FLAG)) {
|
||||||
|
if (pos3 != 0) {
|
||||||
|
if (pos1 < pos3) {
|
||||||
|
b[pos1 - 1] = '[';
|
||||||
|
b[pos3 - 1] = ']';
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
b[pos3 - 1] = '[';
|
||||||
|
b[pos1 - 1] = ']';
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
pair[0].len = j;
|
||||||
|
strcpy(pair[0].name, "HELIX");
|
||||||
|
strcpy(pair[0].type, "TEXT");
|
||||||
|
|
||||||
|
pair[1].len = j;
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
sscanf(cinline,"%*24c
|
||||||
|
%s",pair[1].name);
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
strcpy(pair[1].name, "Sequence");
|
||||||
|
strcpy(pair[1].type, "RNA");
|
||||||
|
|
||||||
|
pair[0].nuc = b;
|
||||||
|
pair[1].nuc = a;
|
||||||
|
|
||||||
|
WriteGen(pair, stdout, 2);
|
||||||
|
for (j = 0; j < 5000; j++) b[j] = '-';
|
||||||
|
j = -1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
WriteGen(seq, file, numseq) Sequence *seq;
|
||||||
|
FILE *file;
|
||||||
|
int numseq;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
register i, j;
|
||||||
|
char temp[14];
|
||||||
|
|
||||||
|
for (j = 0; j < numseq; j++) fprintf(file, "%-.12s\n", seq[j].name);
|
||||||
|
|
||||||
|
fprintf(file, "ZZZZZZZZZZ\n");
|
||||||
|
|
||||||
|
for (j = 0; j < numseq; j++) {
|
||||||
|
strcpy(temp, seq[j].name);
|
||||||
|
for (i = strlen(temp); i < 13; i++) temp[i] = ' ';
|
||||||
|
temp[i] = '\0';
|
||||||
|
fprintf(file, "LOCUS %-.12s %s %d BP\n", temp,
|
||||||
|
seq[j].type, seq[j].len);
|
||||||
|
|
||||||
|
fprintf(file, "ORIGIN");
|
||||||
|
for (i = 0; i < seq[j].len; i++) {
|
||||||
|
if (i % 60 == 0) fprintf(file, "\n%9d", i + 1);
|
||||||
|
if (i % 10 == 0) fprintf(file, " ");
|
||||||
|
fprintf(file, "%c", seq[j].nuc[i]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
fprintf(file, "\n//\n");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
393
SUPPORT/count.c
Normal file
393
SUPPORT/count.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,393 @@
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Copyright 1991 Steven Smith at the Harvard Genome Lab.
|
||||||
|
* All rights reserved.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
#include <math.h>
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "Flatio.c"
|
||||||
|
|
||||||
|
#define FALSE 0
|
||||||
|
#define TRUE 1
|
||||||
|
|
||||||
|
#define JUKES 0
|
||||||
|
#define OLSEN 1
|
||||||
|
#define NONE 2
|
||||||
|
|
||||||
|
#define Min(a, b) (a) < (b) ? (a) : (b)
|
||||||
|
|
||||||
|
int width, start, jump, usecase, sim, correction;
|
||||||
|
int tbl, numseq, num, denom, special;
|
||||||
|
char argtyp[255], argval[255];
|
||||||
|
|
||||||
|
float acwt = 1.0, agwt = 1.0, auwt = 1.0, ucwt = 1.0, ugwt = 1.0, gcwt = 1.0;
|
||||||
|
|
||||||
|
float dist[200][200];
|
||||||
|
|
||||||
|
struct data_format data[10000];
|
||||||
|
float parta[200], partc[200], partg[200], partu[200], setdist();
|
||||||
|
|
||||||
|
main(ac, av) int ac;
|
||||||
|
char **av;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int i, j, k;
|
||||||
|
extern int ReadFlat();
|
||||||
|
FILE *file;
|
||||||
|
|
||||||
|
width = 1;
|
||||||
|
jump = 1;
|
||||||
|
if (ac == 1) {
|
||||||
|
fprintf(stderr,
|
||||||
|
"usage: %s [-sim] [-case] [-c=<none,olsen,jukes>] ",
|
||||||
|
av[0]);
|
||||||
|
fprintf(stderr, "[-t] alignment_flat_file\n");
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
for (j = 1; j < ac - 1; j++) {
|
||||||
|
getarg(av, j, argtyp, argval);
|
||||||
|
if (strcmp(argtyp, "-s=") == 0) {
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval, "%d", &start);
|
||||||
|
start--;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (strcmp(argtyp, "-m=") == 0) {
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval, "%d", &width);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (strcmp(argtyp, "-j=") == 0) {
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval, "%d", &jump);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (strcmp(argtyp, "-case") == 0)
|
||||||
|
usecase = TRUE;
|
||||||
|
|
||||||
|
else if (strcmp(argtyp, "-sim") == 0)
|
||||||
|
sim = TRUE;
|
||||||
|
|
||||||
|
else if (strcmp(argtyp, "-c=") == 0) {
|
||||||
|
if (strcmp(argval, "olsen") == 0)
|
||||||
|
correction = OLSEN;
|
||||||
|
|
||||||
|
else if (strcmp(argval, "none") == 0)
|
||||||
|
correction = NONE;
|
||||||
|
|
||||||
|
else if (strcmp(argval, "jukes") == 0)
|
||||||
|
correction = JUKES;
|
||||||
|
|
||||||
|
else
|
||||||
|
fprintf(stderr, "Correction type %s %s\n",
|
||||||
|
argval, "unknown, using JUKES");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (strcmp("-t", argtyp) == 0)
|
||||||
|
tbl = TRUE;
|
||||||
|
|
||||||
|
else if (strcmp("-ac=", argtyp) == 0 ||
|
||||||
|
strcmp("-ca=", argtyp) == 0) {
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval, "%f", &acwt);
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (strcmp("-au=", argtyp) == 0 ||
|
||||||
|
strcmp("-ua=", argtyp) == 0) {
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval, "%f", &auwt);
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (strcmp("-ag=", argtyp) == 0 ||
|
||||||
|
strcmp("-ga=", argtyp) == 0) {
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval, "%f", &agwt);
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (strcmp("-uc=", argtyp) == 0 ||
|
||||||
|
strcmp("-cu=", argtyp) == 0) {
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval, "%f", &ucwt);
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (strcmp("-ug=", argtyp) == 0 ||
|
||||||
|
strcmp("-gu=", argtyp) == 0) {
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval, "%f", &ugwt);
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (strcmp("-gc=", argtyp) == 0 ||
|
||||||
|
strcmp("-cg=", argtyp) == 0) {
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval, "%f", &gcwt);
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (strcmp("-transition=", argtyp) == 0) {
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval, "%f", &ucwt);
|
||||||
|
agwt = ucwt;
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (strcmp("-transversion=", argtyp) == 0) {
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval, "%f", &gcwt);
|
||||||
|
ugwt = gcwt;
|
||||||
|
acwt = gcwt;
|
||||||
|
auwt = gcwt;
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
file = fopen(av[ac - 1], "r");
|
||||||
|
if ((file == NULL) || (ac == 1)) {
|
||||||
|
fprintf(stderr, "Error opening input file %s\n", av[ac - 1]);
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
numseq = ReadFlat(file, data, 10000);
|
||||||
|
|
||||||
|
fclose(file);
|
||||||
|
SetPart();
|
||||||
|
|
||||||
|
for (j = 0; j < numseq - 1; j++)
|
||||||
|
for (k = j + 1; k < numseq; k++) {
|
||||||
|
Compare(j, k, &num, &denom);
|
||||||
|
dist[j][k] = setdist(num, denom, j, k);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
Report();
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
Compare(a, b, num, denom) int a, b, *num, *denom;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int mn, i, j, casefix, match, blank;
|
||||||
|
float fnum = 0.0;
|
||||||
|
struct data_format *da, *db;
|
||||||
|
char ac, bc;
|
||||||
|
|
||||||
|
casefix = (usecase) ? 0 : 32;
|
||||||
|
*num = 0;
|
||||||
|
*denom = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
da = &data[a];
|
||||||
|
db = &data[b];
|
||||||
|
mn = Min(da->length, db->length);
|
||||||
|
|
||||||
|
for (j = 0; j < mn; j += jump) {
|
||||||
|
match = TRUE;
|
||||||
|
blank = TRUE;
|
||||||
|
for (i = 0; i < width; i++) {
|
||||||
|
ac = da->nuc[j + i] | casefix;
|
||||||
|
bc = db->nuc[j + i] | casefix;
|
||||||
|
if (ac == 't') ac = 'u';
|
||||||
|
if (ac == 'T') ac = 'U';
|
||||||
|
if (bc == 't') bc = 'u';
|
||||||
|
if (bc == 'T') bc = 'U';
|
||||||
|
|
||||||
|
if ((ac == '-') || (ac | 32) == 'n' || (ac == ' ') ||
|
||||||
|
(bc == '-') || (bc | 32) == 'n' || (bc == ' '))
|
||||||
|
;
|
||||||
|
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
blank = FALSE;
|
||||||
|
if (ac != bc) {
|
||||||
|
match = FALSE;
|
||||||
|
switch (ac) {
|
||||||
|
case 'a':
|
||||||
|
if (bc == 'c')
|
||||||
|
fnum += acwt;
|
||||||
|
else if (bc == 'g')
|
||||||
|
fnum += agwt;
|
||||||
|
else if (bc == 'u')
|
||||||
|
fnum += auwt;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 'c':
|
||||||
|
if (bc == 'a')
|
||||||
|
fnum += acwt;
|
||||||
|
else if (bc == 'g')
|
||||||
|
fnum += gcwt;
|
||||||
|
else if (bc == 'u')
|
||||||
|
fnum += ucwt;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 'g':
|
||||||
|
if (bc == 'a')
|
||||||
|
fnum += agwt;
|
||||||
|
else if (bc == 'c')
|
||||||
|
fnum += gcwt;
|
||||||
|
else if (bc == 'u')
|
||||||
|
fnum += ugwt;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 'u':
|
||||||
|
if (bc == 'a')
|
||||||
|
fnum += auwt;
|
||||||
|
else if (bc == 'c')
|
||||||
|
fnum += ucwt;
|
||||||
|
else if (bc == 'g')
|
||||||
|
fnum += ugwt;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 't':
|
||||||
|
if (bc == 'a')
|
||||||
|
fnum += auwt;
|
||||||
|
else if (bc == 'c')
|
||||||
|
fnum += ucwt;
|
||||||
|
else if (bc == 'g')
|
||||||
|
fnum += ugwt;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
default:
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if ((blank == FALSE) && match) {
|
||||||
|
(*num)++;
|
||||||
|
(*denom)++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if (!blank)
|
||||||
|
(*denom)++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (special) (*num) = *denom - (int)fnum;
|
||||||
|
return 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
float setdist(num, denom, a, b)
|
||||||
|
int num, denom, a, b;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
float cor;
|
||||||
|
switch (correction) {
|
||||||
|
case OLSEN:
|
||||||
|
cor = parta[a] * parta[b] + partc[a] * partc[b] +
|
||||||
|
partg[a] * partg[b] + partu[a] * partu[b];
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case JUKES:
|
||||||
|
cor = 0.25;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case NONE:
|
||||||
|
cor = 0.0;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
default:
|
||||||
|
cor = 0.0;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
if (correction == NONE)
|
||||||
|
return (1.0 - (float)num / (float)denom);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
return (-(1.0 - cor) * log(1.0 / (1.0 - cor) *
|
||||||
|
((float)num / (float)denom - cor)));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
getarg(av, ndx, atype, aval) char **av, atype[], aval[];
|
||||||
|
int ndx;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int i, j;
|
||||||
|
char c;
|
||||||
|
for (j = 0; (c = av[ndx][j]) != ' ' && c != '=' && c != '\0'; j++)
|
||||||
|
atype[j] = c;
|
||||||
|
if (c == '=') {
|
||||||
|
atype[j++] = c;
|
||||||
|
atype[j] = '\0';
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
atype[j] = '\0';
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (c == '=') {
|
||||||
|
for (i = 0; (c = av[ndx][j]) != '\0' && c != ' '; i++, j++)
|
||||||
|
aval[i] = c;
|
||||||
|
aval[i] = '\0';
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
SetPart()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int a, c, g, u, tot, i, j;
|
||||||
|
char nuc;
|
||||||
|
|
||||||
|
for (j = 0; j < numseq; j++) {
|
||||||
|
a = 0;
|
||||||
|
c = 0;
|
||||||
|
g = 0;
|
||||||
|
u = 0;
|
||||||
|
tot = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
for (i = 0; i < data[j].length; i++) {
|
||||||
|
nuc = data[j].nuc[i] | 32;
|
||||||
|
switch (nuc) {
|
||||||
|
case 'a':
|
||||||
|
a++;
|
||||||
|
tot++;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 'c':
|
||||||
|
c++;
|
||||||
|
tot++;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 'g':
|
||||||
|
g++;
|
||||||
|
tot++;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 'u':
|
||||||
|
u++;
|
||||||
|
tot++;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 't':
|
||||||
|
u++;
|
||||||
|
tot++;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
parta[j] = (float)a / (float)tot;
|
||||||
|
partc[j] = (float)c / (float)tot;
|
||||||
|
partg[j] = (float)g / (float)tot;
|
||||||
|
partu[j] = (float)u / (float)tot;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
Report()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int i, ii, jj, j, k;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (tbl) printf("#\n#-\n#-\n#-\n#-\n");
|
||||||
|
for (jj = 0, j = 0; j < numseq; j++) {
|
||||||
|
if (tbl) printf("%2d: %-.15s|", jj + 1, data[j].name);
|
||||||
|
|
||||||
|
for (i = 0; i < j; i++) {
|
||||||
|
if (sim)
|
||||||
|
printf("%6.1f", 100 - dist[i][j] * 100.0);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
printf("%6.1f", dist[i][j] * 100.0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
printf("\n");
|
||||||
|
jj++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return 0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
int find(b, a)
|
||||||
|
char *a, *b;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int flag, lenb, lena;
|
||||||
|
register i, j;
|
||||||
|
|
||||||
|
flag = 0;
|
||||||
|
lenb = strlen(b);
|
||||||
|
lena = strlen(a);
|
||||||
|
for (i = 0; ((i < lena) && flag == 0); i++) {
|
||||||
|
for (j = 0; (j < lenb) && (a[i + j] == b[j]); j++)
|
||||||
|
;
|
||||||
|
flag = ((j == lenb) ? 1 : 0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return flag;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
114
SUPPORT/findall.c
Normal file
114
SUPPORT/findall.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,114 @@
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Copyright 1991 Steven Smith at the Harvard Genome Lab.
|
||||||
|
* All rights reserved.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
#include "Flatio.c"
|
||||||
|
|
||||||
|
int main(ac, av)
|
||||||
|
int ac;
|
||||||
|
char **av;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
struct data_format data[10000];
|
||||||
|
int Match = 2, Mismatch = 8;
|
||||||
|
int i, j, k, l, numseqs, mis, Case = 32;
|
||||||
|
int slen, pcnt, pos;
|
||||||
|
int UT = FALSE;
|
||||||
|
char c;
|
||||||
|
if (ac < 3) {
|
||||||
|
fprintf(stderr,
|
||||||
|
"usage: %s search_string %%mismatch [-case] [-match "
|
||||||
|
"color] [-mismatch color]\n",
|
||||||
|
av[0]);
|
||||||
|
fprintf(stderr, " [-u=t]\n");
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
for (j = 3; j < ac; j++) {
|
||||||
|
if (strcmp("-case", av[j]) == 0) Case = 0;
|
||||||
|
if (strcmp("-match", av[j]) == 0)
|
||||||
|
sscanf(av[j + 1], "%d", &Match);
|
||||||
|
if (strcmp("-u=t", av[j]) == 0) UT = TRUE;
|
||||||
|
if (strcmp("-mismatch", av[j]) == 0)
|
||||||
|
sscanf(av[j + 1], "%d", &Mismatch);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
numseqs = ReadFlat(stdin, data, 10000);
|
||||||
|
|
||||||
|
slen = strlen(av[1]);
|
||||||
|
sscanf(av[2], "%d", &pcnt);
|
||||||
|
pcnt *= slen;
|
||||||
|
pcnt /= 100;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (UT)
|
||||||
|
for (j = 0; j <= strlen(av[1]); j++) {
|
||||||
|
if (av[1][j] == 't') av[1][j] = 'u';
|
||||||
|
if (av[1][j] == 'T') av[1][j] = 'U';
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for (i = 0; i < numseqs; i++) {
|
||||||
|
if (UT)
|
||||||
|
for (j = 0; data[i].nuc[j] != '\0'; j++) {
|
||||||
|
if (data[i].nuc[j] == 't')
|
||||||
|
data[i].nuc[j] = 'u';
|
||||||
|
else if (data[i].nuc[j] == 'T')
|
||||||
|
data[i].nuc[j] = 'U';
|
||||||
|
}
|
||||||
|
printf("name:%s\n", data[i].name);
|
||||||
|
printf("length:%d\n", strlen(data[i].nuc));
|
||||||
|
printf("start:\n");
|
||||||
|
for (j = 0; j < data[i].length; j++) {
|
||||||
|
mis = 0;
|
||||||
|
for (k = 0, pos = j; k < slen && pos < data[i].length;
|
||||||
|
k++, pos++) {
|
||||||
|
c = data[i].nuc[pos];
|
||||||
|
for (; (c == ' ' || c == '-' || c == '~') &&
|
||||||
|
pos < data[i].length;)
|
||||||
|
c = data[i].nuc[++pos];
|
||||||
|
c |= Case;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (data[i].type == '#') {
|
||||||
|
if (CompIUP(c, (av[1][k] | Case)) ==
|
||||||
|
FALSE)
|
||||||
|
mis++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
if (c != (av[1][k] | Case)) mis++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (k == slen && mis <= pcnt) {
|
||||||
|
for (k = j; k < pos; k++) printf("%d\n", Match);
|
||||||
|
j = pos - 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
printf("%d\n", Mismatch);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
int CompIUP(a, b)
|
||||||
|
char a, b;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
static int tmatr[16] = {'-', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v',
|
||||||
|
't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n'};
|
||||||
|
|
||||||
|
static int matr[128] = {
|
||||||
|
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
|
||||||
|
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
|
||||||
|
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0x00, 0,
|
||||||
|
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
|
||||||
|
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
|
||||||
|
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0x01,
|
||||||
|
0xe, 0x02, 0x0d, 0, 0, 0x04, 0x0b, 0, 0, 0x0c, 0,
|
||||||
|
0x03, 0x0f, 0, 0, 0, 0x05, 0x06, 0x08, 0x08, 0x07, 0x09,
|
||||||
|
0x00, 0xa, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0x01, 0x0e,
|
||||||
|
0x02, 0x0d, 0, 0, 0x04, 0x0b, 0, 0, 0x0c, 0, 0x03,
|
||||||
|
0x0f, 0, 0, 0, 0x05, 0x06, 0x08, 0x08, 0x07, 0x09, 0x00,
|
||||||
|
0x0a, 0, 0, 0, 0, 0x00, 0};
|
||||||
|
|
||||||
|
int testa, testb;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (a & 32 != b & 32) return (FALSE);
|
||||||
|
|
||||||
|
testa = matr[(int)a];
|
||||||
|
testb = matr[(int)b];
|
||||||
|
return (testa & testb);
|
||||||
|
}
|
||||||
1305
SUPPORT/lsadt.c
Normal file
1305
SUPPORT/lsadt.c
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load diff
87
SUPPORT/sho_helix.c
Normal file
87
SUPPORT/sho_helix.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,87 @@
|
||||||
|
#include "Flatio.c"
|
||||||
|
#define BLACK 8
|
||||||
|
#define RED 3
|
||||||
|
#define BLUE 6
|
||||||
|
#define YELLOW 1
|
||||||
|
#define AQUA 4
|
||||||
|
main()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
struct data_format data[10000];
|
||||||
|
int i,j,k,numseqs,mask = -1;
|
||||||
|
int pair[20000],stack[20000],spt = 0;
|
||||||
|
char ch;
|
||||||
|
|
||||||
|
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||||
|
if(numseqs == 0)
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
for(j=0;j<numseqs;j++)
|
||||||
|
if(data[j].type == '"')
|
||||||
|
mask = j;
|
||||||
|
if(mask == -1)
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=0;j<data[mask].length;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(data[mask].nuc[j] == '[')
|
||||||
|
stack[spt++] = j;
|
||||||
|
else if(data[mask].nuc[j] == ']')
|
||||||
|
{
|
||||||
|
i = stack[--spt];
|
||||||
|
pair[j] = i;
|
||||||
|
pair[i] = j;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
pair[j] = -1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=0;j<numseqs;j++)
|
||||||
|
if(j!=mask)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
printf("name:%s\nlength:%d\nstart:\n",
|
||||||
|
data[j].name,data[j].length);
|
||||||
|
i = MIN(data[mask].length,data[j].length);
|
||||||
|
for(k=0;k<i;k++)
|
||||||
|
if(pair[k] != -1)
|
||||||
|
printf("%d\n",match(data[j].nuc[k],
|
||||||
|
data[j].nuc[pair[k]]));
|
||||||
|
else
|
||||||
|
printf("8\n");
|
||||||
|
for(k=0;k<data[j].length - data[mask].length;k++)
|
||||||
|
printf("8\n");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
int match(a,b)
|
||||||
|
char a,b;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
char aa,bb;
|
||||||
|
aa=a|32;
|
||||||
|
bb=b|32;
|
||||||
|
|
||||||
|
printf(stderr,"%c %c\n",aa,bb);
|
||||||
|
|
||||||
|
if(a=='-' || a=='~')
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if((b=='-') || (b=='~'))
|
||||||
|
return(BLACK);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
return(RED);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(aa=='a' && (bb=='t' || bb=='u'))
|
||||||
|
return(BLUE);
|
||||||
|
else if(bb=='a' && (aa=='t' || aa=='u'))
|
||||||
|
return(BLUE);
|
||||||
|
else if(bb=='c' && aa=='g' )
|
||||||
|
return(BLUE);
|
||||||
|
else if(bb=='g' && aa=='c' )
|
||||||
|
return(BLUE);
|
||||||
|
else if(aa=='g' && (bb=='t' || bb=='u'))
|
||||||
|
return(AQUA);
|
||||||
|
else if(bb=='g' && (aa=='t' || aa=='u'))
|
||||||
|
return(AQUA);
|
||||||
|
else return(YELLOW);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
85
SUPPORT/varpos.c
Normal file
85
SUPPORT/varpos.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,85 @@
|
||||||
|
#include "Flatio.c"
|
||||||
|
#define MAX(a,b) ((a)>(b)?(a):(b))
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Varpos.c- An extremely simple program for showing which positions
|
||||||
|
* are varying in an alignment. Use this as a model for other
|
||||||
|
* external functions.
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* Read in a flat file alignment, pass back an alignment color
|
||||||
|
* mask.
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* Copyright 1991/1992 Steven Smith, Harvard Genome lab.
|
||||||
|
*
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
|
||||||
|
main(ac,av)
|
||||||
|
int ac;
|
||||||
|
char **av;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
struct data_format data[10000];
|
||||||
|
int i,j,k,numseqs,rev = FALSE;
|
||||||
|
int maxlen = -99999,
|
||||||
|
score = 0,
|
||||||
|
minoffset = 99999;
|
||||||
|
char ch;
|
||||||
|
if(ac>2)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fprintf(stderr,"Usage %s [-rev]<gde_flat_file>gde_color_mask\n", av[0]);
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if(ac == 2)
|
||||||
|
if(strcmp(av[1],"-rev") == 0)
|
||||||
|
rev = TRUE;
|
||||||
|
|
||||||
|
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||||
|
|
||||||
|
if(numseqs == 0)
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=0;j<numseqs;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(data[j].length+data[j].offset > maxlen)
|
||||||
|
maxlen = data[j].length+data[j].offset;
|
||||||
|
if(data[j].offset < minoffset)
|
||||||
|
minoffset = data[j].offset;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
printf("length:%d\n",maxlen);
|
||||||
|
printf("offset:%d\n",minoffset);
|
||||||
|
printf("start:\n");
|
||||||
|
for(j=0;j<maxlen;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int a=0,c=0,g=0,u=0;
|
||||||
|
|
||||||
|
for(k=0;k<numseqs;k++)
|
||||||
|
if(data[k].length+data[k].offset > j)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(j>data[k].offset)
|
||||||
|
ch=data[k].nuc[j-data[k].offset] | 32;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
ch = '-';
|
||||||
|
|
||||||
|
if(ch=='a')a++;
|
||||||
|
if(ch=='c')c++;
|
||||||
|
if(ch=='g')g++;
|
||||||
|
if(ch=='u')u++;
|
||||||
|
if(ch=='t')u++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
score=MAX(a,c);
|
||||||
|
score=MAX(score,g);
|
||||||
|
score=MAX(score,u);
|
||||||
|
if(a+c+g+u)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(rev)
|
||||||
|
score=(score*6/(a+c+g+u)+8);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
score=((8-score*6/(a+c+g+u))+8);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
score=8;
|
||||||
|
printf("%d\n",score);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
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