add: original GDE support
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d58cb7c457
11 changed files with 4665 additions and 0 deletions
2223
SUPPORT/CAP2.c
Normal file
2223
SUPPORT/CAP2.c
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load diff
149
SUPPORT/Flatio.c
Normal file
149
SUPPORT/Flatio.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,149 @@
|
|||
#include <malloc.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include <string.h>
|
||||
#define TRUE 1
|
||||
#define FALSE 0
|
||||
#define MAX(a, b) ((a) > (b) ? (a) : (b))
|
||||
#define MIN(a, b) ((a) < (b) ? (a) : (b))
|
||||
|
||||
struct data_format {
|
||||
int length;
|
||||
char *nuc;
|
||||
int offset;
|
||||
char name[64];
|
||||
char type;
|
||||
};
|
||||
|
||||
char *Realloc(char *block, int size);
|
||||
char *Calloc(int count, int size);
|
||||
int ErrorOut(int code, char *string);
|
||||
int Errorout(char *string);
|
||||
int ReadFlat(FILE *file, struct data_format align[], int maxseqs);
|
||||
int WriteData(FILE *file, struct data_format data[], int count);
|
||||
|
||||
int ReadFlat(FILE *file, struct data_format align[], int maxseqs)
|
||||
{
|
||||
int j, len = 0, count = -1, offset;
|
||||
unsigned maxlen = 1024;
|
||||
char cinline[1025];
|
||||
extern char *Calloc(), *Realloc();
|
||||
|
||||
if (file == NULL) Errorout("Cannot open data file");
|
||||
|
||||
for (; fgets(cinline, 1024, file) != NULL;) {
|
||||
cinline[strlen(cinline) - 1] = '\0';
|
||||
switch (cinline[0]) {
|
||||
case '>':
|
||||
case '#':
|
||||
case '%':
|
||||
case '"':
|
||||
case '@':
|
||||
offset = 0;
|
||||
for (j = 0; j < strlen(cinline); j++) {
|
||||
if (cinline[j] == '(') {
|
||||
sscanf(
|
||||
(char *)(cinline + j + 1),
|
||||
"%d", &offset);
|
||||
cinline[j] = '\0';
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (count != -1) {
|
||||
align[count].length = len;
|
||||
align[count].nuc[len] = '\0';
|
||||
maxlen = len;
|
||||
}
|
||||
|
||||
count++;
|
||||
if (count > maxseqs)
|
||||
Errorout(
|
||||
"Sorry, alignment is too large");
|
||||
|
||||
align[count].nuc = Calloc(maxlen, sizeof(char));
|
||||
align[count].type = cinline[0];
|
||||
align[count].offset = offset;
|
||||
if (align[count].nuc == NULL)
|
||||
Errorout("Calloc problem");
|
||||
|
||||
sscanf((char *)(cinline + 1), "%s",
|
||||
align[count].name);
|
||||
len = 0;
|
||||
break;
|
||||
default:
|
||||
if (len + strlen(cinline) > maxlen) {
|
||||
maxlen = (maxlen + strlen(cinline)) * 2;
|
||||
align[count].nuc =
|
||||
Realloc(align[count].nuc, maxlen);
|
||||
}
|
||||
for (j = 0; j < strlen(cinline); j++)
|
||||
align[count].nuc[j + len] = cinline[j];
|
||||
len += strlen(cinline);
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if (count == -1) exit(1);
|
||||
|
||||
align[count].length = len;
|
||||
align[count].nuc[len] = '\0';
|
||||
return (++count);
|
||||
}
|
||||
|
||||
int Errorout(char *string)
|
||||
{
|
||||
fprintf(stderr, "%s\n", string);
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
int WriteData(FILE *file, struct data_format data[], int count)
|
||||
{
|
||||
int i, j;
|
||||
for (j = 0; j < count; j++) {
|
||||
if (data[j].offset)
|
||||
fprintf(file, "\n%c%s(%d)", data[j].type, data[j].name,
|
||||
data[j].offset);
|
||||
else
|
||||
fprintf(file, "\n%c%s", data[j].type, data[j].name);
|
||||
|
||||
for (i = 0; i < data[j].length; i++) {
|
||||
if (i % 60 == 0) fputc('\n', file);
|
||||
fputc(data[j].nuc[i], file);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
int ErrorOut(int code, char *string)
|
||||
{
|
||||
if (code == 0) {
|
||||
fprintf(stderr, "Error:%s\n", string);
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
char *Calloc(int count, int size)
|
||||
{
|
||||
char *temp;
|
||||
|
||||
temp = (char *)calloc(count, size);
|
||||
if (temp == NULL) {
|
||||
fprintf(stdout, "Error in Calloc\n");
|
||||
exit(-1);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
return (temp);
|
||||
}
|
||||
|
||||
char *Realloc(char *block, int size)
|
||||
{
|
||||
char *temp;
|
||||
temp = (char *)realloc(block, size);
|
||||
if (temp == NULL) {
|
||||
fprintf(stdout, "Error in Calloc\n");
|
||||
exit(-1);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
return (temp);
|
||||
}
|
||||
|
||||
21
SUPPORT/Makefile
Normal file
21
SUPPORT/Makefile
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,21 @@
|
|||
CC = cc
|
||||
FLAGS = -lm
|
||||
|
||||
all:CAP2 Restriction count findall varpos lsadt sho_helix Zuk_to_gen
|
||||
|
||||
CAP2: CAP2.c
|
||||
$(CC) CAP2.c -O -o CAP2
|
||||
Restriction: Restriction.c
|
||||
$(CC) Restriction.c -O -o Restriction
|
||||
Zuk_to_gen: Zuk_to_gen.c
|
||||
$(CC) Zuk_to_gen.c -O -o Zuk_to_gen
|
||||
count: count.c
|
||||
$(CC) count.c -O -o count $(FLAGS)
|
||||
findall: findall.c
|
||||
$(CC) findall.c -O -o findall
|
||||
lsadt: lsadt.c
|
||||
$(CC) lsadt.c -O -o lsadt $(FLAGS)
|
||||
sho_helix: sho_helix.c
|
||||
$(CC) sho_helix.c -O -o sho_helix
|
||||
varpos: varpos.c
|
||||
$(CC) varpos.c -O -o varpos
|
||||
70
SUPPORT/PrintContig.c
Normal file
70
SUPPORT/PrintContig.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,70 @@
|
|||
#include "Flatio.c"
|
||||
#define WIDTH 50
|
||||
|
||||
main()
|
||||
{
|
||||
struct data_format data[10000];
|
||||
int i,j,k,numseqs,maxlen = 0,minlen=999999999;
|
||||
int lines_printed;
|
||||
int len[1000];
|
||||
char a,b;
|
||||
|
||||
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||
if(numseqs == 0)
|
||||
exit(1);
|
||||
|
||||
for(k=0;k<numseqs;k++)
|
||||
{
|
||||
minlen = MIN(minlen,data[k].offset);
|
||||
maxlen = MAX(maxlen,data[j].length+data[k].offset);
|
||||
}
|
||||
|
||||
for(j=minlen;j<maxlen;j+=WIDTH)
|
||||
{
|
||||
lines_printed = FALSE;
|
||||
for (i=0;i<numseqs;i++)
|
||||
{
|
||||
data[i].name[19] = '\0';
|
||||
if(((data[i].offset > j+WIDTH) ||
|
||||
(data[i].offset+data[i].length<j)));
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
lines_printed = TRUE;
|
||||
printf("\n%20s%5d ", data[i].name,
|
||||
indx(j,&(data[i])));
|
||||
for(k=j;k<j+WIDTH;k++)
|
||||
{
|
||||
if((k<data[i].length+data[i].offset)
|
||||
&& (k>=data[i].offset))
|
||||
putchar(data[i].nuc[k-data[i].offset]);
|
||||
else putchar(' ');
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if(lines_printed)
|
||||
{
|
||||
printf("\n |---------|---------|---------|---------|---------\n");
|
||||
printf(" %6d %6d %6d %6d %6d\n\n",j+1,j+11,j+21,j+31,j+41);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
putchar('\n');
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
int indx(pos,seq)
|
||||
int pos;
|
||||
struct data_format *seq;
|
||||
{
|
||||
int j,count=0;
|
||||
if(pos < seq->offset)
|
||||
return (0);
|
||||
if(pos>seq->offset+seq->length)
|
||||
pos = seq->offset+seq->length;
|
||||
pos -= seq->offset;
|
||||
for(j=0;j<pos;j++)
|
||||
if(seq->nuc[j] != '-')
|
||||
if(seq->nuc[j] != '~')
|
||||
count++;
|
||||
return (count);
|
||||
}
|
||||
130
SUPPORT/Restriction.c
Normal file
130
SUPPORT/Restriction.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,130 @@
|
|||
/*
|
||||
* Copyright 1991 Steven Smith at the Harvard Genome Lab.
|
||||
* All rights reserved.
|
||||
*/
|
||||
#include "Flatio.c"
|
||||
|
||||
|
||||
main(ac,av)
|
||||
int ac;
|
||||
char **av;
|
||||
{
|
||||
struct data_format data[10000];
|
||||
FILE *file;
|
||||
int i,j,k,color,numseqs,numenzymes,nextpos,len;
|
||||
char enzymes[80][80],dummy[80];
|
||||
if(ac<3)
|
||||
{
|
||||
fprintf(stderr,"Usage: %s enzyme_file seq_file\n",av[0]);
|
||||
exit(-1);
|
||||
}
|
||||
file = fopen(av[2],"r");
|
||||
if(file == NULL)
|
||||
exit(-1);
|
||||
|
||||
numseqs = ReadFlat(file,data,10000);
|
||||
|
||||
file = fopen(av[1],"r");
|
||||
if(file == NULL)
|
||||
exit(-1);
|
||||
|
||||
for(numenzymes = 0;
|
||||
fscanf(file,"%s %s",enzymes[numenzymes],dummy)>0;
|
||||
numenzymes++);
|
||||
|
||||
for(i=0;i<numseqs;i++)
|
||||
{
|
||||
/*
|
||||
if(numseqs>1)
|
||||
*/
|
||||
printf("name:%s\n",data[i].name);
|
||||
printf("length:%d\n",strlen(data[i].nuc));
|
||||
if(numseqs>1)
|
||||
printf("nodash:\n");
|
||||
printf("start:\n");
|
||||
for(j=0;j<data[i].length;)
|
||||
{
|
||||
for(;data[i].nuc[j] == '-' && j<data[i].length;)
|
||||
{
|
||||
printf("8\n");
|
||||
j++;
|
||||
}
|
||||
if((nextpos = FindNext(data[i].nuc,j,enzymes,numenzymes
|
||||
,&len,&color)) != -1)
|
||||
{
|
||||
for(k=j;k<nextpos;k++)
|
||||
printf("8\n");
|
||||
for(k=j+nextpos;k<j+nextpos+len;k++)
|
||||
printf("%d\n",color);
|
||||
j=nextpos+len;
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
for(;j<data[i].length;j++)
|
||||
printf("8\n");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
FindNext(target,offset,enzymes,numenzymes,match_len,color)
|
||||
char *target,enzymes[][80];
|
||||
int numenzymes,*match_len,*color;
|
||||
{
|
||||
int i,j,k,closest,len1,dif,flag = FALSE;
|
||||
closest = strlen(target);
|
||||
*match_len = 0;
|
||||
for(k=0;k<numenzymes;k++)
|
||||
{
|
||||
dif = (strlen(target)) - (len1 = strlen(enzymes[k])) +1;
|
||||
|
||||
if(len1>0)
|
||||
for(flag = FALSE,j=offset;j<dif && flag == FALSE;j++)
|
||||
{
|
||||
flag = TRUE;
|
||||
for(i=0;i<len1 && flag;i++)
|
||||
{
|
||||
flag = Comp(enzymes[k][i],target[i+j])?
|
||||
TRUE:FALSE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if(j-1<closest)
|
||||
{
|
||||
closest = j-1;
|
||||
*color = k%6+1;
|
||||
*match_len = strlen(enzymes[k]);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if(closest + *match_len < strlen(target))
|
||||
return(closest);
|
||||
else
|
||||
return(-1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
Comp(a,b)
|
||||
char a,b;
|
||||
{
|
||||
static int CtoB[128]={
|
||||
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0x00,
|
||||
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
|
||||
0x01,0xe,0x02,0x0d,0,0,0x04,0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,
|
||||
0x08,0x08,0x07,0,0x09,0xa,0,0,0,0,0,0,0,0x01,0x0e,0x02,0x0d,0,0,0x04,
|
||||
0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,0x08,0x08,0x07,0,0x09,0x0a,
|
||||
0,0,0,0,0x00,0
|
||||
};
|
||||
|
||||
static int BtoC[128] =
|
||||
{
|
||||
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
return ((CtoB[a]) & (CtoB[b]));
|
||||
}
|
||||
88
SUPPORT/Zuk_to_gen.c
Executable file
88
SUPPORT/Zuk_to_gen.c
Executable file
|
|
@ -0,0 +1,88 @@
|
|||
#include <stdio.h>
|
||||
#include <string.h>
|
||||
|
||||
typedef struct Sequence {
|
||||
int len;
|
||||
char name[80];
|
||||
char type[8];
|
||||
char *nuc;
|
||||
} Sequence;
|
||||
|
||||
main()
|
||||
{
|
||||
char a[5000], b[5000], cinline[132];
|
||||
int pos1, pos2, pos3, i, j, k, FLAG;
|
||||
Sequence pair[2];
|
||||
|
||||
for (j = 0; j < 5000; j++) b[j] = '-';
|
||||
FLAG = (int)gets(cinline);
|
||||
for (j = 0; FLAG; j++) {
|
||||
FLAG = (int)gets(cinline);
|
||||
sscanf(cinline, "%d", &pos1);
|
||||
if ((sscanf(cinline, "%*6c %c %d %d %d", &(a[j]), &k, &pos2,
|
||||
&pos3) == 4) &&
|
||||
(FLAG)) {
|
||||
if (pos3 != 0) {
|
||||
if (pos1 < pos3) {
|
||||
b[pos1 - 1] = '[';
|
||||
b[pos3 - 1] = ']';
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
b[pos3 - 1] = '[';
|
||||
b[pos1 - 1] = ']';
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
pair[0].len = j;
|
||||
strcpy(pair[0].name, "HELIX");
|
||||
strcpy(pair[0].type, "TEXT");
|
||||
|
||||
pair[1].len = j;
|
||||
/*
|
||||
sscanf(cinline,"%*24c
|
||||
%s",pair[1].name);
|
||||
*/
|
||||
strcpy(pair[1].name, "Sequence");
|
||||
strcpy(pair[1].type, "RNA");
|
||||
|
||||
pair[0].nuc = b;
|
||||
pair[1].nuc = a;
|
||||
|
||||
WriteGen(pair, stdout, 2);
|
||||
for (j = 0; j < 5000; j++) b[j] = '-';
|
||||
j = -1;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
WriteGen(seq, file, numseq) Sequence *seq;
|
||||
FILE *file;
|
||||
int numseq;
|
||||
{
|
||||
register i, j;
|
||||
char temp[14];
|
||||
|
||||
for (j = 0; j < numseq; j++) fprintf(file, "%-.12s\n", seq[j].name);
|
||||
|
||||
fprintf(file, "ZZZZZZZZZZ\n");
|
||||
|
||||
for (j = 0; j < numseq; j++) {
|
||||
strcpy(temp, seq[j].name);
|
||||
for (i = strlen(temp); i < 13; i++) temp[i] = ' ';
|
||||
temp[i] = '\0';
|
||||
fprintf(file, "LOCUS %-.12s %s %d BP\n", temp,
|
||||
seq[j].type, seq[j].len);
|
||||
|
||||
fprintf(file, "ORIGIN");
|
||||
for (i = 0; i < seq[j].len; i++) {
|
||||
if (i % 60 == 0) fprintf(file, "\n%9d", i + 1);
|
||||
if (i % 10 == 0) fprintf(file, " ");
|
||||
fprintf(file, "%c", seq[j].nuc[i]);
|
||||
}
|
||||
fprintf(file, "\n//\n");
|
||||
}
|
||||
return;
|
||||
}
|
||||
|
||||
393
SUPPORT/count.c
Normal file
393
SUPPORT/count.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,393 @@
|
|||
/*
|
||||
* Copyright 1991 Steven Smith at the Harvard Genome Lab.
|
||||
* All rights reserved.
|
||||
*/
|
||||
#include <math.h>
|
||||
|
||||
#include "Flatio.c"
|
||||
|
||||
#define FALSE 0
|
||||
#define TRUE 1
|
||||
|
||||
#define JUKES 0
|
||||
#define OLSEN 1
|
||||
#define NONE 2
|
||||
|
||||
#define Min(a, b) (a) < (b) ? (a) : (b)
|
||||
|
||||
int width, start, jump, usecase, sim, correction;
|
||||
int tbl, numseq, num, denom, special;
|
||||
char argtyp[255], argval[255];
|
||||
|
||||
float acwt = 1.0, agwt = 1.0, auwt = 1.0, ucwt = 1.0, ugwt = 1.0, gcwt = 1.0;
|
||||
|
||||
float dist[200][200];
|
||||
|
||||
struct data_format data[10000];
|
||||
float parta[200], partc[200], partg[200], partu[200], setdist();
|
||||
|
||||
main(ac, av) int ac;
|
||||
char **av;
|
||||
{
|
||||
int i, j, k;
|
||||
extern int ReadFlat();
|
||||
FILE *file;
|
||||
|
||||
width = 1;
|
||||
jump = 1;
|
||||
if (ac == 1) {
|
||||
fprintf(stderr,
|
||||
"usage: %s [-sim] [-case] [-c=<none,olsen,jukes>] ",
|
||||
av[0]);
|
||||
fprintf(stderr, "[-t] alignment_flat_file\n");
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
for (j = 1; j < ac - 1; j++) {
|
||||
getarg(av, j, argtyp, argval);
|
||||
if (strcmp(argtyp, "-s=") == 0) {
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval, "%d", &start);
|
||||
start--;
|
||||
}
|
||||
else if (strcmp(argtyp, "-m=") == 0) {
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval, "%d", &width);
|
||||
}
|
||||
else if (strcmp(argtyp, "-j=") == 0) {
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval, "%d", &jump);
|
||||
}
|
||||
else if (strcmp(argtyp, "-case") == 0)
|
||||
usecase = TRUE;
|
||||
|
||||
else if (strcmp(argtyp, "-sim") == 0)
|
||||
sim = TRUE;
|
||||
|
||||
else if (strcmp(argtyp, "-c=") == 0) {
|
||||
if (strcmp(argval, "olsen") == 0)
|
||||
correction = OLSEN;
|
||||
|
||||
else if (strcmp(argval, "none") == 0)
|
||||
correction = NONE;
|
||||
|
||||
else if (strcmp(argval, "jukes") == 0)
|
||||
correction = JUKES;
|
||||
|
||||
else
|
||||
fprintf(stderr, "Correction type %s %s\n",
|
||||
argval, "unknown, using JUKES");
|
||||
}
|
||||
else if (strcmp("-t", argtyp) == 0)
|
||||
tbl = TRUE;
|
||||
|
||||
else if (strcmp("-ac=", argtyp) == 0 ||
|
||||
strcmp("-ca=", argtyp) == 0) {
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval, "%f", &acwt);
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if (strcmp("-au=", argtyp) == 0 ||
|
||||
strcmp("-ua=", argtyp) == 0) {
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval, "%f", &auwt);
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if (strcmp("-ag=", argtyp) == 0 ||
|
||||
strcmp("-ga=", argtyp) == 0) {
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval, "%f", &agwt);
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if (strcmp("-uc=", argtyp) == 0 ||
|
||||
strcmp("-cu=", argtyp) == 0) {
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval, "%f", &ucwt);
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if (strcmp("-ug=", argtyp) == 0 ||
|
||||
strcmp("-gu=", argtyp) == 0) {
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval, "%f", &ugwt);
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if (strcmp("-gc=", argtyp) == 0 ||
|
||||
strcmp("-cg=", argtyp) == 0) {
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval, "%f", &gcwt);
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if (strcmp("-transition=", argtyp) == 0) {
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval, "%f", &ucwt);
|
||||
agwt = ucwt;
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if (strcmp("-transversion=", argtyp) == 0) {
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval, "%f", &gcwt);
|
||||
ugwt = gcwt;
|
||||
acwt = gcwt;
|
||||
auwt = gcwt;
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
file = fopen(av[ac - 1], "r");
|
||||
if ((file == NULL) || (ac == 1)) {
|
||||
fprintf(stderr, "Error opening input file %s\n", av[ac - 1]);
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
numseq = ReadFlat(file, data, 10000);
|
||||
|
||||
fclose(file);
|
||||
SetPart();
|
||||
|
||||
for (j = 0; j < numseq - 1; j++)
|
||||
for (k = j + 1; k < numseq; k++) {
|
||||
Compare(j, k, &num, &denom);
|
||||
dist[j][k] = setdist(num, denom, j, k);
|
||||
}
|
||||
|
||||
Report();
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
Compare(a, b, num, denom) int a, b, *num, *denom;
|
||||
{
|
||||
int mn, i, j, casefix, match, blank;
|
||||
float fnum = 0.0;
|
||||
struct data_format *da, *db;
|
||||
char ac, bc;
|
||||
|
||||
casefix = (usecase) ? 0 : 32;
|
||||
*num = 0;
|
||||
*denom = 0;
|
||||
|
||||
da = &data[a];
|
||||
db = &data[b];
|
||||
mn = Min(da->length, db->length);
|
||||
|
||||
for (j = 0; j < mn; j += jump) {
|
||||
match = TRUE;
|
||||
blank = TRUE;
|
||||
for (i = 0; i < width; i++) {
|
||||
ac = da->nuc[j + i] | casefix;
|
||||
bc = db->nuc[j + i] | casefix;
|
||||
if (ac == 't') ac = 'u';
|
||||
if (ac == 'T') ac = 'U';
|
||||
if (bc == 't') bc = 'u';
|
||||
if (bc == 'T') bc = 'U';
|
||||
|
||||
if ((ac == '-') || (ac | 32) == 'n' || (ac == ' ') ||
|
||||
(bc == '-') || (bc | 32) == 'n' || (bc == ' '))
|
||||
;
|
||||
|
||||
else {
|
||||
blank = FALSE;
|
||||
if (ac != bc) {
|
||||
match = FALSE;
|
||||
switch (ac) {
|
||||
case 'a':
|
||||
if (bc == 'c')
|
||||
fnum += acwt;
|
||||
else if (bc == 'g')
|
||||
fnum += agwt;
|
||||
else if (bc == 'u')
|
||||
fnum += auwt;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 'c':
|
||||
if (bc == 'a')
|
||||
fnum += acwt;
|
||||
else if (bc == 'g')
|
||||
fnum += gcwt;
|
||||
else if (bc == 'u')
|
||||
fnum += ucwt;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 'g':
|
||||
if (bc == 'a')
|
||||
fnum += agwt;
|
||||
else if (bc == 'c')
|
||||
fnum += gcwt;
|
||||
else if (bc == 'u')
|
||||
fnum += ugwt;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 'u':
|
||||
if (bc == 'a')
|
||||
fnum += auwt;
|
||||
else if (bc == 'c')
|
||||
fnum += ucwt;
|
||||
else if (bc == 'g')
|
||||
fnum += ugwt;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 't':
|
||||
if (bc == 'a')
|
||||
fnum += auwt;
|
||||
else if (bc == 'c')
|
||||
fnum += ucwt;
|
||||
else if (bc == 'g')
|
||||
fnum += ugwt;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
default:
|
||||
break;
|
||||
};
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if ((blank == FALSE) && match) {
|
||||
(*num)++;
|
||||
(*denom)++;
|
||||
}
|
||||
else if (!blank)
|
||||
(*denom)++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if (special) (*num) = *denom - (int)fnum;
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
float setdist(num, denom, a, b)
|
||||
int num, denom, a, b;
|
||||
{
|
||||
float cor;
|
||||
switch (correction) {
|
||||
case OLSEN:
|
||||
cor = parta[a] * parta[b] + partc[a] * partc[b] +
|
||||
partg[a] * partg[b] + partu[a] * partu[b];
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case JUKES:
|
||||
cor = 0.25;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case NONE:
|
||||
cor = 0.0;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
default:
|
||||
cor = 0.0;
|
||||
break;
|
||||
};
|
||||
|
||||
if (correction == NONE)
|
||||
return (1.0 - (float)num / (float)denom);
|
||||
else
|
||||
return (-(1.0 - cor) * log(1.0 / (1.0 - cor) *
|
||||
((float)num / (float)denom - cor)));
|
||||
}
|
||||
|
||||
getarg(av, ndx, atype, aval) char **av, atype[], aval[];
|
||||
int ndx;
|
||||
{
|
||||
int i, j;
|
||||
char c;
|
||||
for (j = 0; (c = av[ndx][j]) != ' ' && c != '=' && c != '\0'; j++)
|
||||
atype[j] = c;
|
||||
if (c == '=') {
|
||||
atype[j++] = c;
|
||||
atype[j] = '\0';
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
atype[j] = '\0';
|
||||
j++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (c == '=') {
|
||||
for (i = 0; (c = av[ndx][j]) != '\0' && c != ' '; i++, j++)
|
||||
aval[i] = c;
|
||||
aval[i] = '\0';
|
||||
}
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
SetPart()
|
||||
{
|
||||
int a, c, g, u, tot, i, j;
|
||||
char nuc;
|
||||
|
||||
for (j = 0; j < numseq; j++) {
|
||||
a = 0;
|
||||
c = 0;
|
||||
g = 0;
|
||||
u = 0;
|
||||
tot = 0;
|
||||
|
||||
for (i = 0; i < data[j].length; i++) {
|
||||
nuc = data[j].nuc[i] | 32;
|
||||
switch (nuc) {
|
||||
case 'a':
|
||||
a++;
|
||||
tot++;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 'c':
|
||||
c++;
|
||||
tot++;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 'g':
|
||||
g++;
|
||||
tot++;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 'u':
|
||||
u++;
|
||||
tot++;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 't':
|
||||
u++;
|
||||
tot++;
|
||||
break;
|
||||
};
|
||||
}
|
||||
parta[j] = (float)a / (float)tot;
|
||||
partc[j] = (float)c / (float)tot;
|
||||
partg[j] = (float)g / (float)tot;
|
||||
partu[j] = (float)u / (float)tot;
|
||||
}
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
Report()
|
||||
{
|
||||
int i, ii, jj, j, k;
|
||||
|
||||
if (tbl) printf("#\n#-\n#-\n#-\n#-\n");
|
||||
for (jj = 0, j = 0; j < numseq; j++) {
|
||||
if (tbl) printf("%2d: %-.15s|", jj + 1, data[j].name);
|
||||
|
||||
for (i = 0; i < j; i++) {
|
||||
if (sim)
|
||||
printf("%6.1f", 100 - dist[i][j] * 100.0);
|
||||
else
|
||||
printf("%6.1f", dist[i][j] * 100.0);
|
||||
}
|
||||
printf("\n");
|
||||
jj++;
|
||||
}
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
int find(b, a)
|
||||
char *a, *b;
|
||||
{
|
||||
int flag, lenb, lena;
|
||||
register i, j;
|
||||
|
||||
flag = 0;
|
||||
lenb = strlen(b);
|
||||
lena = strlen(a);
|
||||
for (i = 0; ((i < lena) && flag == 0); i++) {
|
||||
for (j = 0; (j < lenb) && (a[i + j] == b[j]); j++)
|
||||
;
|
||||
flag = ((j == lenb) ? 1 : 0);
|
||||
}
|
||||
return flag;
|
||||
}
|
||||
|
||||
114
SUPPORT/findall.c
Normal file
114
SUPPORT/findall.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,114 @@
|
|||
/*
|
||||
* Copyright 1991 Steven Smith at the Harvard Genome Lab.
|
||||
* All rights reserved.
|
||||
*/
|
||||
#include "Flatio.c"
|
||||
|
||||
int main(ac, av)
|
||||
int ac;
|
||||
char **av;
|
||||
{
|
||||
struct data_format data[10000];
|
||||
int Match = 2, Mismatch = 8;
|
||||
int i, j, k, l, numseqs, mis, Case = 32;
|
||||
int slen, pcnt, pos;
|
||||
int UT = FALSE;
|
||||
char c;
|
||||
if (ac < 3) {
|
||||
fprintf(stderr,
|
||||
"usage: %s search_string %%mismatch [-case] [-match "
|
||||
"color] [-mismatch color]\n",
|
||||
av[0]);
|
||||
fprintf(stderr, " [-u=t]\n");
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
for (j = 3; j < ac; j++) {
|
||||
if (strcmp("-case", av[j]) == 0) Case = 0;
|
||||
if (strcmp("-match", av[j]) == 0)
|
||||
sscanf(av[j + 1], "%d", &Match);
|
||||
if (strcmp("-u=t", av[j]) == 0) UT = TRUE;
|
||||
if (strcmp("-mismatch", av[j]) == 0)
|
||||
sscanf(av[j + 1], "%d", &Mismatch);
|
||||
}
|
||||
numseqs = ReadFlat(stdin, data, 10000);
|
||||
|
||||
slen = strlen(av[1]);
|
||||
sscanf(av[2], "%d", &pcnt);
|
||||
pcnt *= slen;
|
||||
pcnt /= 100;
|
||||
|
||||
if (UT)
|
||||
for (j = 0; j <= strlen(av[1]); j++) {
|
||||
if (av[1][j] == 't') av[1][j] = 'u';
|
||||
if (av[1][j] == 'T') av[1][j] = 'U';
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (i = 0; i < numseqs; i++) {
|
||||
if (UT)
|
||||
for (j = 0; data[i].nuc[j] != '\0'; j++) {
|
||||
if (data[i].nuc[j] == 't')
|
||||
data[i].nuc[j] = 'u';
|
||||
else if (data[i].nuc[j] == 'T')
|
||||
data[i].nuc[j] = 'U';
|
||||
}
|
||||
printf("name:%s\n", data[i].name);
|
||||
printf("length:%d\n", strlen(data[i].nuc));
|
||||
printf("start:\n");
|
||||
for (j = 0; j < data[i].length; j++) {
|
||||
mis = 0;
|
||||
for (k = 0, pos = j; k < slen && pos < data[i].length;
|
||||
k++, pos++) {
|
||||
c = data[i].nuc[pos];
|
||||
for (; (c == ' ' || c == '-' || c == '~') &&
|
||||
pos < data[i].length;)
|
||||
c = data[i].nuc[++pos];
|
||||
c |= Case;
|
||||
|
||||
if (data[i].type == '#') {
|
||||
if (CompIUP(c, (av[1][k] | Case)) ==
|
||||
FALSE)
|
||||
mis++;
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
if (c != (av[1][k] | Case)) mis++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if (k == slen && mis <= pcnt) {
|
||||
for (k = j; k < pos; k++) printf("%d\n", Match);
|
||||
j = pos - 1;
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
printf("%d\n", Mismatch);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
int CompIUP(a, b)
|
||||
char a, b;
|
||||
{
|
||||
static int tmatr[16] = {'-', 'a', 'c', 'm', 'g', 'r', 's', 'v',
|
||||
't', 'w', 'y', 'h', 'k', 'd', 'b', 'n'};
|
||||
|
||||
static int matr[128] = {
|
||||
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
|
||||
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
|
||||
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0x00, 0,
|
||||
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
|
||||
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
|
||||
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0x01,
|
||||
0xe, 0x02, 0x0d, 0, 0, 0x04, 0x0b, 0, 0, 0x0c, 0,
|
||||
0x03, 0x0f, 0, 0, 0, 0x05, 0x06, 0x08, 0x08, 0x07, 0x09,
|
||||
0x00, 0xa, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0x01, 0x0e,
|
||||
0x02, 0x0d, 0, 0, 0x04, 0x0b, 0, 0, 0x0c, 0, 0x03,
|
||||
0x0f, 0, 0, 0, 0x05, 0x06, 0x08, 0x08, 0x07, 0x09, 0x00,
|
||||
0x0a, 0, 0, 0, 0, 0x00, 0};
|
||||
|
||||
int testa, testb;
|
||||
|
||||
if (a & 32 != b & 32) return (FALSE);
|
||||
|
||||
testa = matr[(int)a];
|
||||
testb = matr[(int)b];
|
||||
return (testa & testb);
|
||||
}
|
||||
1305
SUPPORT/lsadt.c
Normal file
1305
SUPPORT/lsadt.c
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load diff
87
SUPPORT/sho_helix.c
Normal file
87
SUPPORT/sho_helix.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,87 @@
|
|||
#include "Flatio.c"
|
||||
#define BLACK 8
|
||||
#define RED 3
|
||||
#define BLUE 6
|
||||
#define YELLOW 1
|
||||
#define AQUA 4
|
||||
main()
|
||||
{
|
||||
struct data_format data[10000];
|
||||
int i,j,k,numseqs,mask = -1;
|
||||
int pair[20000],stack[20000],spt = 0;
|
||||
char ch;
|
||||
|
||||
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||
if(numseqs == 0)
|
||||
exit(1);
|
||||
for(j=0;j<numseqs;j++)
|
||||
if(data[j].type == '"')
|
||||
mask = j;
|
||||
if(mask == -1)
|
||||
exit(1);
|
||||
|
||||
for(j=0;j<data[mask].length;j++)
|
||||
{
|
||||
if(data[mask].nuc[j] == '[')
|
||||
stack[spt++] = j;
|
||||
else if(data[mask].nuc[j] == ']')
|
||||
{
|
||||
i = stack[--spt];
|
||||
pair[j] = i;
|
||||
pair[i] = j;
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
pair[j] = -1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
for(j=0;j<numseqs;j++)
|
||||
if(j!=mask)
|
||||
{
|
||||
printf("name:%s\nlength:%d\nstart:\n",
|
||||
data[j].name,data[j].length);
|
||||
i = MIN(data[mask].length,data[j].length);
|
||||
for(k=0;k<i;k++)
|
||||
if(pair[k] != -1)
|
||||
printf("%d\n",match(data[j].nuc[k],
|
||||
data[j].nuc[pair[k]]));
|
||||
else
|
||||
printf("8\n");
|
||||
for(k=0;k<data[j].length - data[mask].length;k++)
|
||||
printf("8\n");
|
||||
}
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
int match(a,b)
|
||||
char a,b;
|
||||
{
|
||||
char aa,bb;
|
||||
aa=a|32;
|
||||
bb=b|32;
|
||||
|
||||
printf(stderr,"%c %c\n",aa,bb);
|
||||
|
||||
if(a=='-' || a=='~')
|
||||
{
|
||||
if((b=='-') || (b=='~'))
|
||||
return(BLACK);
|
||||
else
|
||||
return(RED);
|
||||
}
|
||||
else if(aa=='a' && (bb=='t' || bb=='u'))
|
||||
return(BLUE);
|
||||
else if(bb=='a' && (aa=='t' || aa=='u'))
|
||||
return(BLUE);
|
||||
else if(bb=='c' && aa=='g' )
|
||||
return(BLUE);
|
||||
else if(bb=='g' && aa=='c' )
|
||||
return(BLUE);
|
||||
else if(aa=='g' && (bb=='t' || bb=='u'))
|
||||
return(AQUA);
|
||||
else if(bb=='g' && (aa=='t' || aa=='u'))
|
||||
return(AQUA);
|
||||
else return(YELLOW);
|
||||
}
|
||||
|
||||
85
SUPPORT/varpos.c
Normal file
85
SUPPORT/varpos.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,85 @@
|
|||
#include "Flatio.c"
|
||||
#define MAX(a,b) ((a)>(b)?(a):(b))
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Varpos.c- An extremely simple program for showing which positions
|
||||
* are varying in an alignment. Use this as a model for other
|
||||
* external functions.
|
||||
*
|
||||
* Read in a flat file alignment, pass back an alignment color
|
||||
* mask.
|
||||
*
|
||||
* Copyright 1991/1992 Steven Smith, Harvard Genome lab.
|
||||
*
|
||||
*/
|
||||
|
||||
main(ac,av)
|
||||
int ac;
|
||||
char **av;
|
||||
{
|
||||
struct data_format data[10000];
|
||||
int i,j,k,numseqs,rev = FALSE;
|
||||
int maxlen = -99999,
|
||||
score = 0,
|
||||
minoffset = 99999;
|
||||
char ch;
|
||||
if(ac>2)
|
||||
{
|
||||
fprintf(stderr,"Usage %s [-rev]<gde_flat_file>gde_color_mask\n", av[0]);
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
if(ac == 2)
|
||||
if(strcmp(av[1],"-rev") == 0)
|
||||
rev = TRUE;
|
||||
|
||||
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||
|
||||
if(numseqs == 0)
|
||||
exit(1);
|
||||
|
||||
for(j=0;j<numseqs;j++)
|
||||
{
|
||||
if(data[j].length+data[j].offset > maxlen)
|
||||
maxlen = data[j].length+data[j].offset;
|
||||
if(data[j].offset < minoffset)
|
||||
minoffset = data[j].offset;
|
||||
}
|
||||
|
||||
printf("length:%d\n",maxlen);
|
||||
printf("offset:%d\n",minoffset);
|
||||
printf("start:\n");
|
||||
for(j=0;j<maxlen;j++)
|
||||
{
|
||||
int a=0,c=0,g=0,u=0;
|
||||
|
||||
for(k=0;k<numseqs;k++)
|
||||
if(data[k].length+data[k].offset > j)
|
||||
{
|
||||
if(j>data[k].offset)
|
||||
ch=data[k].nuc[j-data[k].offset] | 32;
|
||||
else
|
||||
ch = '-';
|
||||
|
||||
if(ch=='a')a++;
|
||||
if(ch=='c')c++;
|
||||
if(ch=='g')g++;
|
||||
if(ch=='u')u++;
|
||||
if(ch=='t')u++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
score=MAX(a,c);
|
||||
score=MAX(score,g);
|
||||
score=MAX(score,u);
|
||||
if(a+c+g+u)
|
||||
{
|
||||
if(rev)
|
||||
score=(score*6/(a+c+g+u)+8);
|
||||
else
|
||||
score=((8-score*6/(a+c+g+u))+8);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
score=8;
|
||||
printf("%d\n",score);
|
||||
}
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
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