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30b16b2a1e
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2302
SUPPORT/CAP2.c
Normal file
2302
SUPPORT/CAP2.c
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load diff
168
SUPPORT/Flatio.c
Normal file
168
SUPPORT/Flatio.c
Normal file
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@ -0,0 +1,168 @@
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||||||
|
#include <malloc.h>
|
||||||
|
#include <stdio.h>
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||||||
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#define TRUE 1
|
||||||
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#define FALSE 0
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||||||
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#define MAX(a,b) ((a)>(b)?(a):(b))
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||||||
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#define MIN(a,b) ((a)<(b)?(a):(b))
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struct data_format
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||||||
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{
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||||||
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int length;
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||||||
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char *nuc;
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int offset;
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char name[64];
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||||||
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char type;
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||||||
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};
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int ReadFlat(file,align,maxseqs)
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FILE *file;
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struct data_format align[];
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||||||
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int maxseqs;
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||||||
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{
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||||||
|
int j,len=0, count=-1,offset;
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||||||
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unsigned maxlen = 1024;
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||||||
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char inline[1025];
|
||||||
|
extern char *Calloc(),*Realloc();
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||||||
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if(file == NULL)
|
||||||
|
Errorout("Cannot open data file");
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||||||
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||||||
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for(;fgets(inline,1024,file) != NULL;)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
inline[strlen(inline)-1] = '\0';
|
||||||
|
switch(inline[0])
|
||||||
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{
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||||||
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case '>':
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||||||
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case '#':
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||||||
|
case '%':
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||||||
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case '"':
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|
case '@':
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||||||
|
offset = 0;
|
||||||
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for(j=0;j<strlen(inline);j++)
|
||||||
|
{
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||||||
|
if(inline[j] == '(')
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||||||
|
{
|
||||||
|
sscanf((char*)
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||||||
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(inline+j+1),"%d",
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&offset);
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||||||
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inline[j] = '\0';
|
||||||
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}
|
||||||
|
}
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||||||
|
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||||||
|
if(count != -1)
|
||||||
|
{
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||||||
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align[count].length = len;
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||||||
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align[count].nuc[len] = '\0';
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||||||
|
maxlen = len;
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||||||
|
}
|
||||||
|
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||||||
|
count++;
|
||||||
|
if(count > maxseqs)
|
||||||
|
Errorout("Sorry, alignment is too large");
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|
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||||||
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align[count].nuc = Calloc(maxlen,sizeof(char));
|
||||||
|
align[count].type = inline[0];
|
||||||
|
align[count].offset = offset;
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||||||
|
if( align[count].nuc == NULL)
|
||||||
|
Errorout("Calloc problem");
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||||||
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sscanf((char*)(inline+1),"%s",
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||||||
|
align[count].name);
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||||||
|
len = 0;
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|
break;
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||||||
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default:
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||||||
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if(len+strlen(inline) > maxlen)
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||||||
|
{
|
||||||
|
maxlen = (maxlen+strlen(inline))*2;
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||||||
|
align[count].nuc =
|
||||||
|
Realloc(align[count].nuc, maxlen);
|
||||||
|
}
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||||||
|
for(j=0;j<strlen(inline);j++)
|
||||||
|
align[count].nuc[j+len] = inline[j];
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||||||
|
len += strlen(inline);
|
||||||
|
break;
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|
}
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||||||
|
}
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|
if(count == -1) exit(1);
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||||||
|
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||||||
|
align[count].length = len;
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||||||
|
align[count].nuc[len] = '\0';
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||||||
|
return(++count);
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|
}
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|
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||||||
|
Errorout(string)
|
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|
char *string;
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{
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|
fprintf(stderr,"%s\n",string);
|
||||||
|
exit(1);
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||||||
|
}
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||||||
|
WriteData(file,data,count)
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|
FILE *file;
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struct data_format data[];
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||||||
|
int count;
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||||||
|
{
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||||||
|
int i,j;
|
||||||
|
for(j = 0 ; j<count;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(data[j].offset)
|
||||||
|
fprintf(file,"\n%c%s(%d)",data[j].type,data[j].name,
|
||||||
|
data[j].offset);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
fprintf(file,"\n%c%s",data[j].type,data[j].name);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(i=0;i<data[j].length;i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(i%60 == 0)
|
||||||
|
fputc('\n',file);
|
||||||
|
fputc(data[j].nuc[i],file);
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||||||
|
}
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||||||
|
}
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
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||||||
|
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|
ErrorOut(code,string)
|
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|
int code;
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|
char *string;
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||||||
|
{
|
||||||
|
if (code == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fprintf(stderr,"Error:%s\n",string);
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
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|
char *Calloc(count,size)
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int count,size;
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{
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||||||
|
char *temp;
|
||||||
|
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||||||
|
temp = (char*)calloc(count,size);
|
||||||
|
if(temp == NULL)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fprintf(stdout,"Error in Calloc\n");
|
||||||
|
exit(-1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
return(temp);
|
||||||
|
}
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||||||
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|
char *Realloc(block,size)
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|
char *block;
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|
int size;
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||||||
|
{
|
||||||
|
char *temp;
|
||||||
|
temp =(char*)realloc(block,size);
|
||||||
|
if(temp == NULL)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fprintf(stdout,"Error in Calloc\n");
|
||||||
|
exit(-1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
return(temp);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
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||||||
18
SUPPORT/Makefile
Normal file
18
SUPPORT/Makefile
Normal file
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@ -0,0 +1,18 @@
|
||||||
|
all:CAP2 Restriction count findall varpos lsadt sho_helix Zuk_to_gen
|
||||||
|
mv lsadt sho_helix Zuk_to_gen CAP2 Restriction count findall varpos ../bin
|
||||||
|
CAP2: CAP2.c
|
||||||
|
cc CAP2.c -O -o CAP2
|
||||||
|
Restriction: Restriction.c
|
||||||
|
cc Restriction.c -O -o Restriction
|
||||||
|
Zuk_to_gen: Zuk_to_gen.c
|
||||||
|
cc Zuk_to_gen.c -O -o Zuk_to_gen
|
||||||
|
count: count.c
|
||||||
|
cc count.c -O -o count -lm
|
||||||
|
findall: findall.c
|
||||||
|
cc findall.c -O -o findall
|
||||||
|
lsadt: lsadt.c
|
||||||
|
cc lsadt.c -O -o lsadt -lm
|
||||||
|
sho_helix: sho_helix.c
|
||||||
|
cc sho_helix.c -O -o sho_helix
|
||||||
|
varpos: varpos.c
|
||||||
|
cc varpos.c -O -o varpos
|
||||||
70
SUPPORT/PrintContig.c
Normal file
70
SUPPORT/PrintContig.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,70 @@
|
||||||
|
#include "Flatio.c"
|
||||||
|
#define WIDTH 50
|
||||||
|
|
||||||
|
main()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
struct data_format data[10000];
|
||||||
|
int i,j,k,numseqs,maxlen = 0,minlen=999999999;
|
||||||
|
int lines_printed;
|
||||||
|
int len[1000];
|
||||||
|
char a,b;
|
||||||
|
|
||||||
|
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||||
|
if(numseqs == 0)
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(k=0;k<numseqs;k++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
minlen = MIN(minlen,data[k].offset);
|
||||||
|
maxlen = MAX(maxlen,data[j].length+data[k].offset);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=minlen;j<maxlen;j+=WIDTH)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
lines_printed = FALSE;
|
||||||
|
for (i=0;i<numseqs;i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
data[i].name[19] = '\0';
|
||||||
|
if(((data[i].offset > j+WIDTH) ||
|
||||||
|
(data[i].offset+data[i].length<j)));
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
lines_printed = TRUE;
|
||||||
|
printf("\n%20s%5d ", data[i].name,
|
||||||
|
indx(j,&(data[i])));
|
||||||
|
for(k=j;k<j+WIDTH;k++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if((k<data[i].length+data[i].offset)
|
||||||
|
&& (k>=data[i].offset))
|
||||||
|
putchar(data[i].nuc[k-data[i].offset]);
|
||||||
|
else putchar(' ');
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if(lines_printed)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
printf("\n |---------|---------|---------|---------|---------\n");
|
||||||
|
printf(" %6d %6d %6d %6d %6d\n\n",j+1,j+11,j+21,j+31,j+41);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
putchar('\n');
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
int indx(pos,seq)
|
||||||
|
int pos;
|
||||||
|
struct data_format *seq;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int j,count=0;
|
||||||
|
if(pos < seq->offset)
|
||||||
|
return (0);
|
||||||
|
if(pos>seq->offset+seq->length)
|
||||||
|
pos = seq->offset+seq->length;
|
||||||
|
pos -= seq->offset;
|
||||||
|
for(j=0;j<pos;j++)
|
||||||
|
if(seq->nuc[j] != '-')
|
||||||
|
if(seq->nuc[j] != '~')
|
||||||
|
count++;
|
||||||
|
return (count);
|
||||||
|
}
|
||||||
130
SUPPORT/Restriction.c
Normal file
130
SUPPORT/Restriction.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,130 @@
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Copyright 1991 Steven Smith at the Harvard Genome Lab.
|
||||||
|
* All rights reserved.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
#include "Flatio.c"
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
main(ac,av)
|
||||||
|
int ac;
|
||||||
|
char **av;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
struct data_format data[10000];
|
||||||
|
FILE *file;
|
||||||
|
int i,j,k,color,numseqs,numenzymes,nextpos,len;
|
||||||
|
char enzymes[80][80],dummy[80];
|
||||||
|
if(ac<3)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fprintf(stderr,"Usage: %s enzyme_file seq_file\n",av[0]);
|
||||||
|
exit(-1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
file = fopen(av[2],"r");
|
||||||
|
if(file == NULL)
|
||||||
|
exit(-1);
|
||||||
|
|
||||||
|
numseqs = ReadFlat(file,data,10000);
|
||||||
|
|
||||||
|
file = fopen(av[1],"r");
|
||||||
|
if(file == NULL)
|
||||||
|
exit(-1);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(numenzymes = 0;
|
||||||
|
fscanf(file,"%s %s",enzymes[numenzymes],dummy)>0;
|
||||||
|
numenzymes++);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(i=0;i<numseqs;i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
if(numseqs>1)
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
printf("name:%s\n",data[i].name);
|
||||||
|
printf("length:%d\n",strlen(data[i].nuc));
|
||||||
|
if(numseqs>1)
|
||||||
|
printf("nodash:\n");
|
||||||
|
printf("start:\n");
|
||||||
|
for(j=0;j<data[i].length;)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for(;data[i].nuc[j] == '-' && j<data[i].length;)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
printf("8\n");
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if((nextpos = FindNext(data[i].nuc,j,enzymes,numenzymes
|
||||||
|
,&len,&color)) != -1)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for(k=j;k<nextpos;k++)
|
||||||
|
printf("8\n");
|
||||||
|
for(k=j+nextpos;k<j+nextpos+len;k++)
|
||||||
|
printf("%d\n",color);
|
||||||
|
j=nextpos+len;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
for(;j<data[i].length;j++)
|
||||||
|
printf("8\n");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
FindNext(target,offset,enzymes,numenzymes,match_len,color)
|
||||||
|
char *target,enzymes[][80];
|
||||||
|
int numenzymes,*match_len,*color;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int i,j,k,closest,len1,dif,flag = FALSE;
|
||||||
|
closest = strlen(target);
|
||||||
|
*match_len = 0;
|
||||||
|
for(k=0;k<numenzymes;k++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
dif = (strlen(target)) - (len1 = strlen(enzymes[k])) +1;
|
||||||
|
|
||||||
|
if(len1>0)
|
||||||
|
for(flag = FALSE,j=offset;j<dif && flag == FALSE;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
flag = TRUE;
|
||||||
|
for(i=0;i<len1 && flag;i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
flag = Comp(enzymes[k][i],target[i+j])?
|
||||||
|
TRUE:FALSE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if(j-1<closest)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
closest = j-1;
|
||||||
|
*color = k%6+1;
|
||||||
|
*match_len = strlen(enzymes[k]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if(closest + *match_len < strlen(target))
|
||||||
|
return(closest);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
return(-1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
Comp(a,b)
|
||||||
|
char a,b;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
static int CtoB[128]={
|
||||||
|
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0x00,
|
||||||
|
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
|
||||||
|
0x01,0xe,0x02,0x0d,0,0,0x04,0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,
|
||||||
|
0x08,0x08,0x07,0,0x09,0xa,0,0,0,0,0,0,0,0x01,0x0e,0x02,0x0d,0,0,0x04,
|
||||||
|
0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,0x08,0x08,0x07,0,0x09,0x0a,
|
||||||
|
0,0,0,0,0x00,0
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
static int BtoC[128] =
|
||||||
|
{
|
||||||
|
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||||
|
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||||
|
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||||
|
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||||
|
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||||
|
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||||
|
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||||
|
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
return ((CtoB[a]) & (CtoB[b]));
|
||||||
|
}
|
||||||
104
SUPPORT/Zuk_to_gen.c
Executable file
104
SUPPORT/Zuk_to_gen.c
Executable file
|
|
@ -0,0 +1,104 @@
|
||||||
|
#include <stdio.h>
|
||||||
|
|
||||||
|
typedef struct Sequence
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int len;
|
||||||
|
char name[80];
|
||||||
|
char type[8];
|
||||||
|
char *nuc;
|
||||||
|
} Sequence;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
main()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
char a[5000],b[5000],inline[132];
|
||||||
|
int pos1,pos2,pos3,i,j,k,FLAG;
|
||||||
|
Sequence pair[2];
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=0;j<5000;j++)
|
||||||
|
b[j]='-';
|
||||||
|
FLAG = (int)gets(inline);
|
||||||
|
for(j=0;FLAG;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
FLAG = (int)gets(inline);
|
||||||
|
sscanf(inline,"%d",&pos1);
|
||||||
|
if((sscanf(inline,"%*6c %c %d %d %d",&(a[j]),&k,&pos2,&pos3)
|
||||||
|
== 4) && (FLAG))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(pos3!=0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(pos1<pos3)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
b[pos1-1] = '[';
|
||||||
|
b[pos3-1] = ']';
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
b[pos3-1] = '[';
|
||||||
|
b[pos1-1] = ']';
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
pair[0].len = j;
|
||||||
|
strcpy(pair[0].name,"HELIX");
|
||||||
|
strcpy(pair[0].type,"TEXT");
|
||||||
|
|
||||||
|
pair[1].len = j;
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
sscanf(inline,"%*24c %s",pair[1].name);
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
strcpy(pair[1].name,"Sequence");
|
||||||
|
strcpy(pair[1].type,"RNA");
|
||||||
|
|
||||||
|
pair[0].nuc = b;
|
||||||
|
pair[1].nuc = a;
|
||||||
|
|
||||||
|
WriteGen(pair,stdout,2);
|
||||||
|
for(j=0;j<5000;j++) b[j]='-';
|
||||||
|
j = -1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
WriteGen(seq,file,numseq)
|
||||||
|
Sequence *seq;
|
||||||
|
FILE *file;
|
||||||
|
int numseq;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
register i,j;
|
||||||
|
char temp[14];
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=0;j<numseq;j++)
|
||||||
|
fprintf(file,"%-.12s\n",seq[j].name);
|
||||||
|
|
||||||
|
fprintf(file,"ZZZZZZZZZZ\n");
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=0;j<numseq;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
strcpy(temp,seq[j].name);
|
||||||
|
for(i=strlen(temp);i<13;i++)
|
||||||
|
temp[i] = ' ';
|
||||||
|
temp[i] = '\0';
|
||||||
|
fprintf(file,"LOCUS %-.12s %s %d BP\n",temp,
|
||||||
|
seq[j].type,seq[j].len);
|
||||||
|
|
||||||
|
fprintf(file,"ORIGIN");
|
||||||
|
for(i=0;i<seq[j].len;i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(i%60 == 0)
|
||||||
|
fprintf(file,"\n%9d",i+1);
|
||||||
|
if(i%10 == 0)
|
||||||
|
fprintf(file," ");
|
||||||
|
fprintf(file,"%c",seq[j].nuc[i]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
fprintf(file,"\n//\n");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
417
SUPPORT/count.c
Normal file
417
SUPPORT/count.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,417 @@
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Copyright 1991 Steven Smith at the Harvard Genome Lab.
|
||||||
|
* All rights reserved.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
#include "Flatio.c"
|
||||||
|
#include <math.h>
|
||||||
|
|
||||||
|
#define FALSE 0
|
||||||
|
#define TRUE 1
|
||||||
|
|
||||||
|
#define JUKES 0
|
||||||
|
#define OLSEN 1
|
||||||
|
#define NONE 2
|
||||||
|
|
||||||
|
#define Min(a,b) (a)<(b)?(a):(b)
|
||||||
|
|
||||||
|
int width,start,jump,usecase,sim,correction;
|
||||||
|
int tbl,numseq,num,denom,special;
|
||||||
|
char argtyp[255],argval[255];
|
||||||
|
|
||||||
|
float acwt=1.0, agwt=1.0, auwt=1.0, ucwt=1.0, ugwt=1.0, gcwt=1.0;
|
||||||
|
|
||||||
|
float dist[200][200];
|
||||||
|
|
||||||
|
struct data_format data[10000];
|
||||||
|
float parta[200], partc[200], partg[200], partu[200], setdist();
|
||||||
|
|
||||||
|
main(ac,av)
|
||||||
|
int ac;
|
||||||
|
char **av;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int i,j,k;
|
||||||
|
extern int ReadFlat();
|
||||||
|
FILE *file;
|
||||||
|
|
||||||
|
width = 1;
|
||||||
|
jump = 1;
|
||||||
|
if(ac==1)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fprintf(stderr,
|
||||||
|
"usage: %s [-sim] [-case] [-c=<none,olsen,jukes>] ",av[0]);
|
||||||
|
fprintf(stderr,"[-t] alignment_flat_file\n");
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
for(j=1;j<ac-1;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
getarg(av,j,argtyp,argval);
|
||||||
|
if(strcmp(argtyp,"-s=") == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval,"%d",&start);
|
||||||
|
start --;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(strcmp(argtyp,"-m=") == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval,"%d",&width);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(strcmp(argtyp,"-j=") == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval,"%d",&jump);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(strcmp(argtyp,"-case") == 0)
|
||||||
|
usecase = TRUE;
|
||||||
|
|
||||||
|
else if(strcmp(argtyp,"-sim") == 0)
|
||||||
|
sim = TRUE;
|
||||||
|
|
||||||
|
else if(strcmp(argtyp,"-c=") == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(strcmp(argval,"olsen") == 0)
|
||||||
|
correction = OLSEN;
|
||||||
|
|
||||||
|
else if(strcmp(argval,"none") == 0)
|
||||||
|
correction = NONE;
|
||||||
|
|
||||||
|
else if(strcmp(argval,"jukes") == 0)
|
||||||
|
correction = JUKES;
|
||||||
|
|
||||||
|
else
|
||||||
|
fprintf(stderr,"Correction type %s %s\n",
|
||||||
|
argval,"unknown, using JUKES");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(strcmp("-t",argtyp) == 0)
|
||||||
|
tbl = TRUE;
|
||||||
|
|
||||||
|
else if(strcmp("-ac=",argtyp) == 0 || strcmp("-ca=",argtyp)== 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval,"%f",&acwt);
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(strcmp("-au=",argtyp) == 0 || strcmp("-ua=",argtyp)== 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval,"%f",&auwt);
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(strcmp("-ag=",argtyp) == 0 || strcmp("-ga=",argtyp)== 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval,"%f",&agwt);
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(strcmp("-uc=",argtyp) == 0 || strcmp("-cu=",argtyp)== 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval,"%f",&ucwt);
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(strcmp("-ug=",argtyp) == 0 || strcmp("-gu=",argtyp)== 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval,"%f",&ugwt);
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(strcmp("-gc=",argtyp) == 0 || strcmp("-cg=",argtyp)== 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval,"%f",&gcwt);
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(strcmp("-transition=",argtyp) == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval,"%f",&ucwt);
|
||||||
|
agwt = ucwt;
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(strcmp("-transversion=",argtyp) == 0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
sscanf(argval,"%f",&gcwt);
|
||||||
|
ugwt = gcwt;
|
||||||
|
acwt = gcwt;
|
||||||
|
auwt = gcwt;
|
||||||
|
special = TRUE;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
file = fopen(av[ac-1],"r");
|
||||||
|
if ((file == NULL) || (ac == 1))
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fprintf(stderr,"Error opening input file %s\n",av[ac-1]);
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
numseq = ReadFlat(file,data,10000);
|
||||||
|
|
||||||
|
fclose(file);
|
||||||
|
SetPart();
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=0;j<numseq-1;j++)
|
||||||
|
for(k=j+1;k<numseq;k++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
Compare(j,k,&num,&denom);
|
||||||
|
dist[j][k] = setdist(num,denom,j,k);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
Report();
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Compare(a,b,num,denom)
|
||||||
|
int a,b,*num,*denom;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int mn,i,j,casefix,match,blank;
|
||||||
|
float fnum = 0.0;
|
||||||
|
struct data_format *da,*db;
|
||||||
|
char ac,bc;
|
||||||
|
|
||||||
|
casefix = (usecase)? 0:32;
|
||||||
|
*num = 0;
|
||||||
|
*denom = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
da = &data[a];
|
||||||
|
db = &data[b];
|
||||||
|
mn = Min(da->length,db->length);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=0;j<mn;j+=jump)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
match = TRUE;
|
||||||
|
blank = TRUE;
|
||||||
|
for(i=0;i<width;i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
ac = da->nuc[j+i] | casefix;
|
||||||
|
bc = db->nuc[j+i] | casefix;
|
||||||
|
if(ac == 't')
|
||||||
|
ac = 'u';
|
||||||
|
if(ac == 'T')
|
||||||
|
ac = 'U';
|
||||||
|
if(bc == 't')
|
||||||
|
bc = 'u';
|
||||||
|
if(bc == 'T')
|
||||||
|
bc = 'U';
|
||||||
|
|
||||||
|
if((ac=='-') || (ac|32)=='n' || (ac==' ') ||
|
||||||
|
(bc== '-') || (bc|32)=='n' || (bc==' '));
|
||||||
|
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
blank = FALSE;
|
||||||
|
if(ac != bc)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
match = FALSE;
|
||||||
|
switch(ac)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
case 'a':
|
||||||
|
if (bc == 'c') fnum+=acwt;
|
||||||
|
else if(bc == 'g') fnum+=agwt;
|
||||||
|
else if(bc == 'u') fnum+=auwt;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 'c':
|
||||||
|
if (bc == 'a') fnum+=acwt;
|
||||||
|
else if(bc == 'g') fnum+=gcwt;
|
||||||
|
else if(bc == 'u') fnum+=ucwt;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 'g':
|
||||||
|
if (bc == 'a') fnum+=agwt;
|
||||||
|
else if(bc == 'c') fnum+=gcwt;
|
||||||
|
else if(bc == 'u') fnum+=ugwt;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 'u':
|
||||||
|
if (bc == 'a') fnum+=auwt;
|
||||||
|
else if(bc == 'c') fnum+=ucwt;
|
||||||
|
else if(bc == 'g') fnum+=ugwt;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 't':
|
||||||
|
if (bc == 'a') fnum+=auwt;
|
||||||
|
else if(bc == 'c') fnum+=ucwt;
|
||||||
|
else if(bc == 'g') fnum+=ugwt;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
default:
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if((blank == FALSE) && match)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
(*num) ++;
|
||||||
|
(*denom) ++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(!blank)
|
||||||
|
(*denom) ++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if(special)
|
||||||
|
(*num) = *denom - (int)fnum;
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
float setdist(num,denom,a,b)
|
||||||
|
int num,denom,a,b;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
float cor;
|
||||||
|
switch (correction)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
case OLSEN:
|
||||||
|
cor = parta[a]*parta[b]+
|
||||||
|
partc[a]*partc[b]+
|
||||||
|
partg[a]*partg[b]+
|
||||||
|
partu[a]*partu[b];
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case JUKES:
|
||||||
|
cor = 0.25;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case NONE:
|
||||||
|
cor = 0.0;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
default:
|
||||||
|
cor = 0.0;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
if(correction == NONE)
|
||||||
|
return(1.0 - (float)num/(float)denom);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
return( -(1.0-cor)*log(1.0 / (1.0-cor)*((float)num/(float)denom-cor)));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
getarg(av,ndx,atype,aval)
|
||||||
|
char **av,atype[],aval[];
|
||||||
|
int ndx;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int i,j;
|
||||||
|
char c;
|
||||||
|
for(j=0;(c=av[ndx][j])!=' ' && c!= '=' && c!= '\0';j++)
|
||||||
|
atype[j]=c;
|
||||||
|
if (c=='=')
|
||||||
|
{
|
||||||
|
atype[j++] = c;
|
||||||
|
atype[j] = '\0';
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
atype[j] = '\0';
|
||||||
|
j++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if(c=='=')
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for(i=0;(c=av[ndx][j]) != '\0' && c!= ' ';i++,j++)
|
||||||
|
aval[i] = c;
|
||||||
|
aval[i] = '\0';
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
SetPart()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int a,c,g,u,tot,i,j;
|
||||||
|
char nuc;
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=0;j<numseq;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
a=0;
|
||||||
|
c=0;
|
||||||
|
g=0;
|
||||||
|
u=0;
|
||||||
|
tot=0;
|
||||||
|
|
||||||
|
for(i=0;i<data[j].length;i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
nuc=data[j].nuc[i] | 32;
|
||||||
|
switch (nuc)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
case 'a':
|
||||||
|
a++;
|
||||||
|
tot++;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 'c':
|
||||||
|
c++;
|
||||||
|
tot++;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 'g':
|
||||||
|
g++;
|
||||||
|
tot++;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 'u':
|
||||||
|
u++;
|
||||||
|
tot++;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
|
||||||
|
case 't':
|
||||||
|
u++;
|
||||||
|
tot++;
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
parta[j] = (float)a / (float)tot;
|
||||||
|
partc[j] = (float)c / (float)tot;
|
||||||
|
partg[j] = (float)g / (float)tot;
|
||||||
|
partu[j] = (float)u / (float)tot;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
Report()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int i,ii,jj,j,k;
|
||||||
|
|
||||||
|
if(tbl)
|
||||||
|
printf("#\n#-\n#-\n#-\n#-\n");
|
||||||
|
for(jj=0,j=0;j<numseq;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(tbl)
|
||||||
|
printf("%2d: %-.15s|",jj+1,data[j].name);
|
||||||
|
|
||||||
|
for (i=0;i<j;i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(sim)
|
||||||
|
printf("%6.1f",100 - dist[i][j]*100.0);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
printf("%6.1f",dist[i][j]*100.0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
printf("\n");
|
||||||
|
jj++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
int find(b,a)
|
||||||
|
char *a,*b;
|
||||||
|
{
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||||||
|
int flag,lenb,lena;
|
||||||
|
register i,j;
|
||||||
|
|
||||||
|
flag=0;
|
||||||
|
lenb=strlen(b);
|
||||||
|
lena=strlen(a);
|
||||||
|
for (i=0;((i<lena) && flag==0);i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for(j=0;(j<lenb) && (a[i+j]==b[j]);j++);
|
||||||
|
flag=((j==lenb)? 1:0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return flag;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
126
SUPPORT/findall.c
Normal file
126
SUPPORT/findall.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,126 @@
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Copyright 1991 Steven Smith at the Harvard Genome Lab.
|
||||||
|
* All rights reserved.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
#include "Flatio.c"
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
main(ac,av)
|
||||||
|
int ac;
|
||||||
|
char **av;
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||||||
|
{
|
||||||
|
struct data_format data[10000];
|
||||||
|
int Match = 2,Mismatch = 8;
|
||||||
|
int i,j,k,l,numseqs,mis,Case = 32;
|
||||||
|
int slen,pcnt,pos;
|
||||||
|
int UT = FALSE;
|
||||||
|
char c;
|
||||||
|
if(ac < 3)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fprintf(stderr,
|
||||||
|
"usage: %s search_string %%mismatch [-case] [-match color] [-mismatch color]\n",
|
||||||
|
av[0]);
|
||||||
|
fprintf(stderr," [-u=t]\n");
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
for (j=3;j<ac;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(strcmp("-case",av[j]) == 0)
|
||||||
|
Case = 0;
|
||||||
|
if(strcmp("-match",av[j]) == 0)
|
||||||
|
sscanf(av[j+1],"%d",&Match);
|
||||||
|
if(strcmp("-u=t",av[j]) == 0)
|
||||||
|
UT = TRUE;
|
||||||
|
if(strcmp("-mismatch",av[j]) == 0)
|
||||||
|
sscanf(av[j+1],"%d",&Mismatch);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||||
|
|
||||||
|
slen = strlen(av[1]);
|
||||||
|
sscanf(av[2],"%d",&pcnt);
|
||||||
|
pcnt *= slen;
|
||||||
|
pcnt /= 100;
|
||||||
|
|
||||||
|
if(UT)
|
||||||
|
for(j=0;j<=strlen(av[1]);j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(av[1][j] == 't')
|
||||||
|
av[1][j] = 'u';
|
||||||
|
if(av[1][j] == 'T')
|
||||||
|
av[1][j] = 'U';
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(i=0;i<numseqs;i++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(UT)
|
||||||
|
for(j=0;data[i].nuc[j]!='\0';j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(data[i].nuc[j] == 't')
|
||||||
|
data[i].nuc[j] = 'u';
|
||||||
|
else if(data[i].nuc[j] == 'T')
|
||||||
|
data[i].nuc[j] = 'U';
|
||||||
|
}
|
||||||
|
printf("name:%s\n",data[i].name);
|
||||||
|
printf("length:%d\n",strlen(data[i].nuc));
|
||||||
|
printf("start:\n");
|
||||||
|
for(j=0;j<data[i].length;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
mis = 0;
|
||||||
|
for(k=0,pos=j;k<slen && pos<data[i].length;k++,pos++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
c = data[i].nuc[pos];
|
||||||
|
for(;(c == ' ' || c == '-' || c == '~') &&
|
||||||
|
pos < data[i].length;)
|
||||||
|
c = data[i].nuc[++pos];
|
||||||
|
c |= Case;
|
||||||
|
|
||||||
|
if(data[i].type == '#')
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(CompIUP(c,(av[1][k]|Case)) == FALSE)
|
||||||
|
mis++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(c!=(av[1][k]|Case))
|
||||||
|
mis++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if(k == slen && mis<=pcnt)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for(k=j;k<pos;k++)
|
||||||
|
printf("%d\n",Match);
|
||||||
|
j = pos-1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
printf("%d\n",Mismatch);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
int CompIUP(a,b)
|
||||||
|
char a,b;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
static int tmatr[16] = {'-','a','c','m','g','r','s','v',
|
||||||
|
't','w','y','h','k','d','b','n'};
|
||||||
|
|
||||||
|
static int matr[128] = {
|
||||||
|
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0x00,
|
||||||
|
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
|
||||||
|
0x01,0xe,0x02,0x0d,0,0,0x04,0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,
|
||||||
|
0x08,0x08,0x07,0x09,0x00,0xa,0,0,0,0,0,0,0,0x01,0x0e,0x02,0x0d,0,0,0x04,
|
||||||
|
0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,0x08,0x08,0x07,0x09,0x00,0x0a,
|
||||||
|
0,0,0,0,0x00,0
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
int testa,testb;
|
||||||
|
|
||||||
|
if(a&32 != b&32)
|
||||||
|
return(FALSE);
|
||||||
|
|
||||||
|
testa = matr[(int)a];
|
||||||
|
testb = matr[(int)b];
|
||||||
|
return(testa&testb);
|
||||||
|
}
|
||||||
1335
SUPPORT/lsadt.c
Normal file
1335
SUPPORT/lsadt.c
Normal file
File diff suppressed because it is too large
Load diff
87
SUPPORT/sho_helix.c
Normal file
87
SUPPORT/sho_helix.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,87 @@
|
||||||
|
#include "Flatio.c"
|
||||||
|
#define BLACK 8
|
||||||
|
#define RED 3
|
||||||
|
#define BLUE 6
|
||||||
|
#define YELLOW 1
|
||||||
|
#define AQUA 4
|
||||||
|
main()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
struct data_format data[10000];
|
||||||
|
int i,j,k,numseqs,mask = -1;
|
||||||
|
int pair[20000],stack[20000],spt = 0;
|
||||||
|
char ch;
|
||||||
|
|
||||||
|
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||||
|
if(numseqs == 0)
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
for(j=0;j<numseqs;j++)
|
||||||
|
if(data[j].type == '"')
|
||||||
|
mask = j;
|
||||||
|
if(mask == -1)
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=0;j<data[mask].length;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(data[mask].nuc[j] == '[')
|
||||||
|
stack[spt++] = j;
|
||||||
|
else if(data[mask].nuc[j] == ']')
|
||||||
|
{
|
||||||
|
i = stack[--spt];
|
||||||
|
pair[j] = i;
|
||||||
|
pair[i] = j;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
pair[j] = -1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=0;j<numseqs;j++)
|
||||||
|
if(j!=mask)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
printf("name:%s\nlength:%d\nstart:\n",
|
||||||
|
data[j].name,data[j].length);
|
||||||
|
i = MIN(data[mask].length,data[j].length);
|
||||||
|
for(k=0;k<i;k++)
|
||||||
|
if(pair[k] != -1)
|
||||||
|
printf("%d\n",match(data[j].nuc[k],
|
||||||
|
data[j].nuc[pair[k]]));
|
||||||
|
else
|
||||||
|
printf("8\n");
|
||||||
|
for(k=0;k<data[j].length - data[mask].length;k++)
|
||||||
|
printf("8\n");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
int match(a,b)
|
||||||
|
char a,b;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
char aa,bb;
|
||||||
|
aa=a|32;
|
||||||
|
bb=b|32;
|
||||||
|
|
||||||
|
printf(stderr,"%c %c\n",aa,bb);
|
||||||
|
|
||||||
|
if(a=='-' || a=='~')
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if((b=='-') || (b=='~'))
|
||||||
|
return(BLACK);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
return(RED);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if(aa=='a' && (bb=='t' || bb=='u'))
|
||||||
|
return(BLUE);
|
||||||
|
else if(bb=='a' && (aa=='t' || aa=='u'))
|
||||||
|
return(BLUE);
|
||||||
|
else if(bb=='c' && aa=='g' )
|
||||||
|
return(BLUE);
|
||||||
|
else if(bb=='g' && aa=='c' )
|
||||||
|
return(BLUE);
|
||||||
|
else if(aa=='g' && (bb=='t' || bb=='u'))
|
||||||
|
return(AQUA);
|
||||||
|
else if(bb=='g' && (aa=='t' || aa=='u'))
|
||||||
|
return(AQUA);
|
||||||
|
else return(YELLOW);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
85
SUPPORT/varpos.c
Normal file
85
SUPPORT/varpos.c
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,85 @@
|
||||||
|
#include "Flatio.c"
|
||||||
|
#define MAX(a,b) ((a)>(b)?(a):(b))
|
||||||
|
|
||||||
|
/*
|
||||||
|
* Varpos.c- An extremely simple program for showing which positions
|
||||||
|
* are varying in an alignment. Use this as a model for other
|
||||||
|
* external functions.
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* Read in a flat file alignment, pass back an alignment color
|
||||||
|
* mask.
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* Copyright 1991/1992 Steven Smith, Harvard Genome lab.
|
||||||
|
*
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
|
||||||
|
main(ac,av)
|
||||||
|
int ac;
|
||||||
|
char **av;
|
||||||
|
{
|
||||||
|
struct data_format data[10000];
|
||||||
|
int i,j,k,numseqs,rev = FALSE;
|
||||||
|
int maxlen = -99999,
|
||||||
|
score = 0,
|
||||||
|
minoffset = 99999;
|
||||||
|
char ch;
|
||||||
|
if(ac>2)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
fprintf(stderr,"Usage %s [-rev]<gde_flat_file>gde_color_mask\n", av[0]);
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if(ac == 2)
|
||||||
|
if(strcmp(av[1],"-rev") == 0)
|
||||||
|
rev = TRUE;
|
||||||
|
|
||||||
|
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||||
|
|
||||||
|
if(numseqs == 0)
|
||||||
|
exit(1);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(j=0;j<numseqs;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(data[j].length+data[j].offset > maxlen)
|
||||||
|
maxlen = data[j].length+data[j].offset;
|
||||||
|
if(data[j].offset < minoffset)
|
||||||
|
minoffset = data[j].offset;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
printf("length:%d\n",maxlen);
|
||||||
|
printf("offset:%d\n",minoffset);
|
||||||
|
printf("start:\n");
|
||||||
|
for(j=0;j<maxlen;j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int a=0,c=0,g=0,u=0;
|
||||||
|
|
||||||
|
for(k=0;k<numseqs;k++)
|
||||||
|
if(data[k].length+data[k].offset > j)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(j>data[k].offset)
|
||||||
|
ch=data[k].nuc[j-data[k].offset] | 32;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
ch = '-';
|
||||||
|
|
||||||
|
if(ch=='a')a++;
|
||||||
|
if(ch=='c')c++;
|
||||||
|
if(ch=='g')g++;
|
||||||
|
if(ch=='u')u++;
|
||||||
|
if(ch=='t')u++;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
score=MAX(a,c);
|
||||||
|
score=MAX(score,g);
|
||||||
|
score=MAX(score,u);
|
||||||
|
if(a+c+g+u)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if(rev)
|
||||||
|
score=(score*6/(a+c+g+u)+8);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
score=((8-score*6/(a+c+g+u))+8);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
score=8;
|
||||||
|
printf("%d\n",score);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
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