add: original GDE SUPPORT
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parent
b307d12174
commit
30b16b2a1e
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
|
|
@ -0,0 +1,168 @@
|
|||
#include <malloc.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
#define TRUE 1
|
||||
#define FALSE 0
|
||||
#define MAX(a,b) ((a)>(b)?(a):(b))
|
||||
#define MIN(a,b) ((a)<(b)?(a):(b))
|
||||
|
||||
struct data_format
|
||||
{
|
||||
int length;
|
||||
char *nuc;
|
||||
int offset;
|
||||
char name[64];
|
||||
char type;
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
int ReadFlat(file,align,maxseqs)
|
||||
FILE *file;
|
||||
struct data_format align[];
|
||||
int maxseqs;
|
||||
{
|
||||
int j,len=0, count=-1,offset;
|
||||
unsigned maxlen = 1024;
|
||||
char inline[1025];
|
||||
extern char *Calloc(),*Realloc();
|
||||
|
||||
if(file == NULL)
|
||||
Errorout("Cannot open data file");
|
||||
|
||||
for(;fgets(inline,1024,file) != NULL;)
|
||||
{
|
||||
inline[strlen(inline)-1] = '\0';
|
||||
switch(inline[0])
|
||||
{
|
||||
case '>':
|
||||
case '#':
|
||||
case '%':
|
||||
case '"':
|
||||
case '@':
|
||||
offset = 0;
|
||||
for(j=0;j<strlen(inline);j++)
|
||||
{
|
||||
if(inline[j] == '(')
|
||||
{
|
||||
sscanf((char*)
|
||||
(inline+j+1),"%d",
|
||||
&offset);
|
||||
inline[j] = '\0';
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if(count != -1)
|
||||
{
|
||||
align[count].length = len;
|
||||
align[count].nuc[len] = '\0';
|
||||
maxlen = len;
|
||||
}
|
||||
|
||||
count++;
|
||||
if(count > maxseqs)
|
||||
Errorout("Sorry, alignment is too large");
|
||||
|
||||
align[count].nuc = Calloc(maxlen,sizeof(char));
|
||||
align[count].type = inline[0];
|
||||
align[count].offset = offset;
|
||||
if( align[count].nuc == NULL)
|
||||
Errorout("Calloc problem");
|
||||
|
||||
sscanf((char*)(inline+1),"%s",
|
||||
align[count].name);
|
||||
len = 0;
|
||||
break;
|
||||
default:
|
||||
if(len+strlen(inline) > maxlen)
|
||||
{
|
||||
maxlen = (maxlen+strlen(inline))*2;
|
||||
align[count].nuc =
|
||||
Realloc(align[count].nuc, maxlen);
|
||||
}
|
||||
for(j=0;j<strlen(inline);j++)
|
||||
align[count].nuc[j+len] = inline[j];
|
||||
len += strlen(inline);
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if(count == -1) exit(1);
|
||||
|
||||
align[count].length = len;
|
||||
align[count].nuc[len] = '\0';
|
||||
return(++count);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
Errorout(string)
|
||||
char *string;
|
||||
{
|
||||
fprintf(stderr,"%s\n",string);
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
WriteData(file,data,count)
|
||||
FILE *file;
|
||||
struct data_format data[];
|
||||
int count;
|
||||
{
|
||||
int i,j;
|
||||
for(j = 0 ; j<count;j++)
|
||||
{
|
||||
if(data[j].offset)
|
||||
fprintf(file,"\n%c%s(%d)",data[j].type,data[j].name,
|
||||
data[j].offset);
|
||||
else
|
||||
fprintf(file,"\n%c%s",data[j].type,data[j].name);
|
||||
|
||||
for(i=0;i<data[j].length;i++)
|
||||
{
|
||||
if(i%60 == 0)
|
||||
fputc('\n',file);
|
||||
fputc(data[j].nuc[i],file);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
ErrorOut(code,string)
|
||||
int code;
|
||||
char *string;
|
||||
{
|
||||
if (code == 0)
|
||||
{
|
||||
fprintf(stderr,"Error:%s\n",string);
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
return;
|
||||
}
|
||||
|
||||
char *Calloc(count,size)
|
||||
int count,size;
|
||||
{
|
||||
char *temp;
|
||||
|
||||
temp = (char*)calloc(count,size);
|
||||
if(temp == NULL)
|
||||
{
|
||||
fprintf(stdout,"Error in Calloc\n");
|
||||
exit(-1);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
return(temp);
|
||||
}
|
||||
|
||||
char *Realloc(block,size)
|
||||
char *block;
|
||||
int size;
|
||||
{
|
||||
char *temp;
|
||||
temp =(char*)realloc(block,size);
|
||||
if(temp == NULL)
|
||||
{
|
||||
fprintf(stdout,"Error in Calloc\n");
|
||||
exit(-1);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
return(temp);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
|
@ -0,0 +1,18 @@
|
|||
all:CAP2 Restriction count findall varpos lsadt sho_helix Zuk_to_gen
|
||||
mv lsadt sho_helix Zuk_to_gen CAP2 Restriction count findall varpos ../bin
|
||||
CAP2: CAP2.c
|
||||
cc CAP2.c -O -o CAP2
|
||||
Restriction: Restriction.c
|
||||
cc Restriction.c -O -o Restriction
|
||||
Zuk_to_gen: Zuk_to_gen.c
|
||||
cc Zuk_to_gen.c -O -o Zuk_to_gen
|
||||
count: count.c
|
||||
cc count.c -O -o count -lm
|
||||
findall: findall.c
|
||||
cc findall.c -O -o findall
|
||||
lsadt: lsadt.c
|
||||
cc lsadt.c -O -o lsadt -lm
|
||||
sho_helix: sho_helix.c
|
||||
cc sho_helix.c -O -o sho_helix
|
||||
varpos: varpos.c
|
||||
cc varpos.c -O -o varpos
|
||||
|
|
@ -0,0 +1,70 @@
|
|||
#include "Flatio.c"
|
||||
#define WIDTH 50
|
||||
|
||||
main()
|
||||
{
|
||||
struct data_format data[10000];
|
||||
int i,j,k,numseqs,maxlen = 0,minlen=999999999;
|
||||
int lines_printed;
|
||||
int len[1000];
|
||||
char a,b;
|
||||
|
||||
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||
if(numseqs == 0)
|
||||
exit(1);
|
||||
|
||||
for(k=0;k<numseqs;k++)
|
||||
{
|
||||
minlen = MIN(minlen,data[k].offset);
|
||||
maxlen = MAX(maxlen,data[j].length+data[k].offset);
|
||||
}
|
||||
|
||||
for(j=minlen;j<maxlen;j+=WIDTH)
|
||||
{
|
||||
lines_printed = FALSE;
|
||||
for (i=0;i<numseqs;i++)
|
||||
{
|
||||
data[i].name[19] = '\0';
|
||||
if(((data[i].offset > j+WIDTH) ||
|
||||
(data[i].offset+data[i].length<j)));
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
lines_printed = TRUE;
|
||||
printf("\n%20s%5d ", data[i].name,
|
||||
indx(j,&(data[i])));
|
||||
for(k=j;k<j+WIDTH;k++)
|
||||
{
|
||||
if((k<data[i].length+data[i].offset)
|
||||
&& (k>=data[i].offset))
|
||||
putchar(data[i].nuc[k-data[i].offset]);
|
||||
else putchar(' ');
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if(lines_printed)
|
||||
{
|
||||
printf("\n |---------|---------|---------|---------|---------\n");
|
||||
printf(" %6d %6d %6d %6d %6d\n\n",j+1,j+11,j+21,j+31,j+41);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
putchar('\n');
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
int indx(pos,seq)
|
||||
int pos;
|
||||
struct data_format *seq;
|
||||
{
|
||||
int j,count=0;
|
||||
if(pos < seq->offset)
|
||||
return (0);
|
||||
if(pos>seq->offset+seq->length)
|
||||
pos = seq->offset+seq->length;
|
||||
pos -= seq->offset;
|
||||
for(j=0;j<pos;j++)
|
||||
if(seq->nuc[j] != '-')
|
||||
if(seq->nuc[j] != '~')
|
||||
count++;
|
||||
return (count);
|
||||
}
|
||||
|
|
@ -0,0 +1,130 @@
|
|||
/*
|
||||
* Copyright 1991 Steven Smith at the Harvard Genome Lab.
|
||||
* All rights reserved.
|
||||
*/
|
||||
#include "Flatio.c"
|
||||
|
||||
|
||||
main(ac,av)
|
||||
int ac;
|
||||
char **av;
|
||||
{
|
||||
struct data_format data[10000];
|
||||
FILE *file;
|
||||
int i,j,k,color,numseqs,numenzymes,nextpos,len;
|
||||
char enzymes[80][80],dummy[80];
|
||||
if(ac<3)
|
||||
{
|
||||
fprintf(stderr,"Usage: %s enzyme_file seq_file\n",av[0]);
|
||||
exit(-1);
|
||||
}
|
||||
file = fopen(av[2],"r");
|
||||
if(file == NULL)
|
||||
exit(-1);
|
||||
|
||||
numseqs = ReadFlat(file,data,10000);
|
||||
|
||||
file = fopen(av[1],"r");
|
||||
if(file == NULL)
|
||||
exit(-1);
|
||||
|
||||
for(numenzymes = 0;
|
||||
fscanf(file,"%s %s",enzymes[numenzymes],dummy)>0;
|
||||
numenzymes++);
|
||||
|
||||
for(i=0;i<numseqs;i++)
|
||||
{
|
||||
/*
|
||||
if(numseqs>1)
|
||||
*/
|
||||
printf("name:%s\n",data[i].name);
|
||||
printf("length:%d\n",strlen(data[i].nuc));
|
||||
if(numseqs>1)
|
||||
printf("nodash:\n");
|
||||
printf("start:\n");
|
||||
for(j=0;j<data[i].length;)
|
||||
{
|
||||
for(;data[i].nuc[j] == '-' && j<data[i].length;)
|
||||
{
|
||||
printf("8\n");
|
||||
j++;
|
||||
}
|
||||
if((nextpos = FindNext(data[i].nuc,j,enzymes,numenzymes
|
||||
,&len,&color)) != -1)
|
||||
{
|
||||
for(k=j;k<nextpos;k++)
|
||||
printf("8\n");
|
||||
for(k=j+nextpos;k<j+nextpos+len;k++)
|
||||
printf("%d\n",color);
|
||||
j=nextpos+len;
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
for(;j<data[i].length;j++)
|
||||
printf("8\n");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
FindNext(target,offset,enzymes,numenzymes,match_len,color)
|
||||
char *target,enzymes[][80];
|
||||
int numenzymes,*match_len,*color;
|
||||
{
|
||||
int i,j,k,closest,len1,dif,flag = FALSE;
|
||||
closest = strlen(target);
|
||||
*match_len = 0;
|
||||
for(k=0;k<numenzymes;k++)
|
||||
{
|
||||
dif = (strlen(target)) - (len1 = strlen(enzymes[k])) +1;
|
||||
|
||||
if(len1>0)
|
||||
for(flag = FALSE,j=offset;j<dif && flag == FALSE;j++)
|
||||
{
|
||||
flag = TRUE;
|
||||
for(i=0;i<len1 && flag;i++)
|
||||
{
|
||||
flag = Comp(enzymes[k][i],target[i+j])?
|
||||
TRUE:FALSE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if(j-1<closest)
|
||||
{
|
||||
closest = j-1;
|
||||
*color = k%6+1;
|
||||
*match_len = strlen(enzymes[k]);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if(closest + *match_len < strlen(target))
|
||||
return(closest);
|
||||
else
|
||||
return(-1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
Comp(a,b)
|
||||
char a,b;
|
||||
{
|
||||
static int CtoB[128]={
|
||||
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0x00,
|
||||
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
|
||||
0x01,0xe,0x02,0x0d,0,0,0x04,0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,
|
||||
0x08,0x08,0x07,0,0x09,0xa,0,0,0,0,0,0,0,0x01,0x0e,0x02,0x0d,0,0,0x04,
|
||||
0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,0x08,0x08,0x07,0,0x09,0x0a,
|
||||
0,0,0,0,0x00,0
|
||||
};
|
||||
|
||||
static int BtoC[128] =
|
||||
{
|
||||
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||
'-','A','C','M','G','R','S','V','T','W','Y','H','K','D','B','N',
|
||||
'~','a','c','m','g','r','s','v','t','w','y','h','k','d','b','n',
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
return ((CtoB[a]) & (CtoB[b]));
|
||||
}
|
||||
|
|
@ -0,0 +1,104 @@
|
|||
#include <stdio.h>
|
||||
|
||||
typedef struct Sequence
|
||||
{
|
||||
int len;
|
||||
char name[80];
|
||||
char type[8];
|
||||
char *nuc;
|
||||
} Sequence;
|
||||
|
||||
|
||||
main()
|
||||
{
|
||||
char a[5000],b[5000],inline[132];
|
||||
int pos1,pos2,pos3,i,j,k,FLAG;
|
||||
Sequence pair[2];
|
||||
|
||||
|
||||
for(j=0;j<5000;j++)
|
||||
b[j]='-';
|
||||
FLAG = (int)gets(inline);
|
||||
for(j=0;FLAG;j++)
|
||||
{
|
||||
FLAG = (int)gets(inline);
|
||||
sscanf(inline,"%d",&pos1);
|
||||
if((sscanf(inline,"%*6c %c %d %d %d",&(a[j]),&k,&pos2,&pos3)
|
||||
== 4) && (FLAG))
|
||||
{
|
||||
if(pos3!=0)
|
||||
{
|
||||
if(pos1<pos3)
|
||||
{
|
||||
b[pos1-1] = '[';
|
||||
b[pos3-1] = ']';
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
b[pos3-1] = '[';
|
||||
b[pos1-1] = ']';
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
pair[0].len = j;
|
||||
strcpy(pair[0].name,"HELIX");
|
||||
strcpy(pair[0].type,"TEXT");
|
||||
|
||||
pair[1].len = j;
|
||||
/*
|
||||
sscanf(inline,"%*24c %s",pair[1].name);
|
||||
*/
|
||||
strcpy(pair[1].name,"Sequence");
|
||||
strcpy(pair[1].type,"RNA");
|
||||
|
||||
pair[0].nuc = b;
|
||||
pair[1].nuc = a;
|
||||
|
||||
WriteGen(pair,stdout,2);
|
||||
for(j=0;j<5000;j++) b[j]='-';
|
||||
j = -1;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
WriteGen(seq,file,numseq)
|
||||
Sequence *seq;
|
||||
FILE *file;
|
||||
int numseq;
|
||||
{
|
||||
register i,j;
|
||||
char temp[14];
|
||||
|
||||
for(j=0;j<numseq;j++)
|
||||
fprintf(file,"%-.12s\n",seq[j].name);
|
||||
|
||||
fprintf(file,"ZZZZZZZZZZ\n");
|
||||
|
||||
for(j=0;j<numseq;j++)
|
||||
{
|
||||
strcpy(temp,seq[j].name);
|
||||
for(i=strlen(temp);i<13;i++)
|
||||
temp[i] = ' ';
|
||||
temp[i] = '\0';
|
||||
fprintf(file,"LOCUS %-.12s %s %d BP\n",temp,
|
||||
seq[j].type,seq[j].len);
|
||||
|
||||
fprintf(file,"ORIGIN");
|
||||
for(i=0;i<seq[j].len;i++)
|
||||
{
|
||||
if(i%60 == 0)
|
||||
fprintf(file,"\n%9d",i+1);
|
||||
if(i%10 == 0)
|
||||
fprintf(file," ");
|
||||
fprintf(file,"%c",seq[j].nuc[i]);
|
||||
}
|
||||
fprintf(file,"\n//\n");
|
||||
}
|
||||
return;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
|
@ -0,0 +1,417 @@
|
|||
/*
|
||||
* Copyright 1991 Steven Smith at the Harvard Genome Lab.
|
||||
* All rights reserved.
|
||||
*/
|
||||
#include "Flatio.c"
|
||||
#include <math.h>
|
||||
|
||||
#define FALSE 0
|
||||
#define TRUE 1
|
||||
|
||||
#define JUKES 0
|
||||
#define OLSEN 1
|
||||
#define NONE 2
|
||||
|
||||
#define Min(a,b) (a)<(b)?(a):(b)
|
||||
|
||||
int width,start,jump,usecase,sim,correction;
|
||||
int tbl,numseq,num,denom,special;
|
||||
char argtyp[255],argval[255];
|
||||
|
||||
float acwt=1.0, agwt=1.0, auwt=1.0, ucwt=1.0, ugwt=1.0, gcwt=1.0;
|
||||
|
||||
float dist[200][200];
|
||||
|
||||
struct data_format data[10000];
|
||||
float parta[200], partc[200], partg[200], partu[200], setdist();
|
||||
|
||||
main(ac,av)
|
||||
int ac;
|
||||
char **av;
|
||||
{
|
||||
int i,j,k;
|
||||
extern int ReadFlat();
|
||||
FILE *file;
|
||||
|
||||
width = 1;
|
||||
jump = 1;
|
||||
if(ac==1)
|
||||
{
|
||||
fprintf(stderr,
|
||||
"usage: %s [-sim] [-case] [-c=<none,olsen,jukes>] ",av[0]);
|
||||
fprintf(stderr,"[-t] alignment_flat_file\n");
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
for(j=1;j<ac-1;j++)
|
||||
{
|
||||
getarg(av,j,argtyp,argval);
|
||||
if(strcmp(argtyp,"-s=") == 0)
|
||||
{
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval,"%d",&start);
|
||||
start --;
|
||||
}
|
||||
else if(strcmp(argtyp,"-m=") == 0)
|
||||
{
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval,"%d",&width);
|
||||
}
|
||||
else if(strcmp(argtyp,"-j=") == 0)
|
||||
{
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval,"%d",&jump);
|
||||
}
|
||||
else if(strcmp(argtyp,"-case") == 0)
|
||||
usecase = TRUE;
|
||||
|
||||
else if(strcmp(argtyp,"-sim") == 0)
|
||||
sim = TRUE;
|
||||
|
||||
else if(strcmp(argtyp,"-c=") == 0)
|
||||
{
|
||||
if(strcmp(argval,"olsen") == 0)
|
||||
correction = OLSEN;
|
||||
|
||||
else if(strcmp(argval,"none") == 0)
|
||||
correction = NONE;
|
||||
|
||||
else if(strcmp(argval,"jukes") == 0)
|
||||
correction = JUKES;
|
||||
|
||||
else
|
||||
fprintf(stderr,"Correction type %s %s\n",
|
||||
argval,"unknown, using JUKES");
|
||||
}
|
||||
else if(strcmp("-t",argtyp) == 0)
|
||||
tbl = TRUE;
|
||||
|
||||
else if(strcmp("-ac=",argtyp) == 0 || strcmp("-ca=",argtyp)== 0)
|
||||
{
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval,"%f",&acwt);
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if(strcmp("-au=",argtyp) == 0 || strcmp("-ua=",argtyp)== 0)
|
||||
{
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval,"%f",&auwt);
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if(strcmp("-ag=",argtyp) == 0 || strcmp("-ga=",argtyp)== 0)
|
||||
{
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval,"%f",&agwt);
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if(strcmp("-uc=",argtyp) == 0 || strcmp("-cu=",argtyp)== 0)
|
||||
{
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval,"%f",&ucwt);
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if(strcmp("-ug=",argtyp) == 0 || strcmp("-gu=",argtyp)== 0)
|
||||
{
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval,"%f",&ugwt);
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if(strcmp("-gc=",argtyp) == 0 || strcmp("-cg=",argtyp)== 0)
|
||||
{
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval,"%f",&gcwt);
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if(strcmp("-transition=",argtyp) == 0)
|
||||
{
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval,"%f",&ucwt);
|
||||
agwt = ucwt;
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else if(strcmp("-transversion=",argtyp) == 0)
|
||||
{
|
||||
j++;
|
||||
sscanf(argval,"%f",&gcwt);
|
||||
ugwt = gcwt;
|
||||
acwt = gcwt;
|
||||
auwt = gcwt;
|
||||
special = TRUE;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
file = fopen(av[ac-1],"r");
|
||||
if ((file == NULL) || (ac == 1))
|
||||
{
|
||||
fprintf(stderr,"Error opening input file %s\n",av[ac-1]);
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
|
||||
numseq = ReadFlat(file,data,10000);
|
||||
|
||||
fclose(file);
|
||||
SetPart();
|
||||
|
||||
for(j=0;j<numseq-1;j++)
|
||||
for(k=j+1;k<numseq;k++)
|
||||
{
|
||||
Compare(j,k,&num,&denom);
|
||||
dist[j][k] = setdist(num,denom,j,k);
|
||||
}
|
||||
|
||||
Report();
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
Compare(a,b,num,denom)
|
||||
int a,b,*num,*denom;
|
||||
{
|
||||
int mn,i,j,casefix,match,blank;
|
||||
float fnum = 0.0;
|
||||
struct data_format *da,*db;
|
||||
char ac,bc;
|
||||
|
||||
casefix = (usecase)? 0:32;
|
||||
*num = 0;
|
||||
*denom = 0;
|
||||
|
||||
da = &data[a];
|
||||
db = &data[b];
|
||||
mn = Min(da->length,db->length);
|
||||
|
||||
for(j=0;j<mn;j+=jump)
|
||||
{
|
||||
match = TRUE;
|
||||
blank = TRUE;
|
||||
for(i=0;i<width;i++)
|
||||
{
|
||||
ac = da->nuc[j+i] | casefix;
|
||||
bc = db->nuc[j+i] | casefix;
|
||||
if(ac == 't')
|
||||
ac = 'u';
|
||||
if(ac == 'T')
|
||||
ac = 'U';
|
||||
if(bc == 't')
|
||||
bc = 'u';
|
||||
if(bc == 'T')
|
||||
bc = 'U';
|
||||
|
||||
if((ac=='-') || (ac|32)=='n' || (ac==' ') ||
|
||||
(bc== '-') || (bc|32)=='n' || (bc==' '));
|
||||
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
blank = FALSE;
|
||||
if(ac != bc)
|
||||
{
|
||||
match = FALSE;
|
||||
switch(ac)
|
||||
{
|
||||
case 'a':
|
||||
if (bc == 'c') fnum+=acwt;
|
||||
else if(bc == 'g') fnum+=agwt;
|
||||
else if(bc == 'u') fnum+=auwt;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 'c':
|
||||
if (bc == 'a') fnum+=acwt;
|
||||
else if(bc == 'g') fnum+=gcwt;
|
||||
else if(bc == 'u') fnum+=ucwt;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 'g':
|
||||
if (bc == 'a') fnum+=agwt;
|
||||
else if(bc == 'c') fnum+=gcwt;
|
||||
else if(bc == 'u') fnum+=ugwt;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 'u':
|
||||
if (bc == 'a') fnum+=auwt;
|
||||
else if(bc == 'c') fnum+=ucwt;
|
||||
else if(bc == 'g') fnum+=ugwt;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 't':
|
||||
if (bc == 'a') fnum+=auwt;
|
||||
else if(bc == 'c') fnum+=ucwt;
|
||||
else if(bc == 'g') fnum+=ugwt;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
default:
|
||||
break;
|
||||
};
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if((blank == FALSE) && match)
|
||||
{
|
||||
(*num) ++;
|
||||
(*denom) ++;
|
||||
}
|
||||
else if(!blank)
|
||||
(*denom) ++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if(special)
|
||||
(*num) = *denom - (int)fnum;
|
||||
return;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
float setdist(num,denom,a,b)
|
||||
int num,denom,a,b;
|
||||
{
|
||||
float cor;
|
||||
switch (correction)
|
||||
{
|
||||
case OLSEN:
|
||||
cor = parta[a]*parta[b]+
|
||||
partc[a]*partc[b]+
|
||||
partg[a]*partg[b]+
|
||||
partu[a]*partu[b];
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case JUKES:
|
||||
cor = 0.25;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case NONE:
|
||||
cor = 0.0;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
default:
|
||||
cor = 0.0;
|
||||
break;
|
||||
};
|
||||
|
||||
if(correction == NONE)
|
||||
return(1.0 - (float)num/(float)denom);
|
||||
else
|
||||
return( -(1.0-cor)*log(1.0 / (1.0-cor)*((float)num/(float)denom-cor)));
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
getarg(av,ndx,atype,aval)
|
||||
char **av,atype[],aval[];
|
||||
int ndx;
|
||||
{
|
||||
int i,j;
|
||||
char c;
|
||||
for(j=0;(c=av[ndx][j])!=' ' && c!= '=' && c!= '\0';j++)
|
||||
atype[j]=c;
|
||||
if (c=='=')
|
||||
{
|
||||
atype[j++] = c;
|
||||
atype[j] = '\0';
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
atype[j] = '\0';
|
||||
j++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if(c=='=')
|
||||
{
|
||||
for(i=0;(c=av[ndx][j]) != '\0' && c!= ' ';i++,j++)
|
||||
aval[i] = c;
|
||||
aval[i] = '\0';
|
||||
}
|
||||
return;
|
||||
}
|
||||
|
||||
SetPart()
|
||||
{
|
||||
int a,c,g,u,tot,i,j;
|
||||
char nuc;
|
||||
|
||||
for(j=0;j<numseq;j++)
|
||||
{
|
||||
a=0;
|
||||
c=0;
|
||||
g=0;
|
||||
u=0;
|
||||
tot=0;
|
||||
|
||||
for(i=0;i<data[j].length;i++)
|
||||
{
|
||||
nuc=data[j].nuc[i] | 32;
|
||||
switch (nuc)
|
||||
{
|
||||
case 'a':
|
||||
a++;
|
||||
tot++;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 'c':
|
||||
c++;
|
||||
tot++;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 'g':
|
||||
g++;
|
||||
tot++;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 'u':
|
||||
u++;
|
||||
tot++;
|
||||
break;
|
||||
|
||||
case 't':
|
||||
u++;
|
||||
tot++;
|
||||
break;
|
||||
};
|
||||
}
|
||||
parta[j] = (float)a / (float)tot;
|
||||
partc[j] = (float)c / (float)tot;
|
||||
partg[j] = (float)g / (float)tot;
|
||||
partu[j] = (float)u / (float)tot;
|
||||
}
|
||||
return;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
Report()
|
||||
{
|
||||
int i,ii,jj,j,k;
|
||||
|
||||
if(tbl)
|
||||
printf("#\n#-\n#-\n#-\n#-\n");
|
||||
for(jj=0,j=0;j<numseq;j++)
|
||||
{
|
||||
if(tbl)
|
||||
printf("%2d: %-.15s|",jj+1,data[j].name);
|
||||
|
||||
for (i=0;i<j;i++)
|
||||
{
|
||||
if(sim)
|
||||
printf("%6.1f",100 - dist[i][j]*100.0);
|
||||
else
|
||||
printf("%6.1f",dist[i][j]*100.0);
|
||||
}
|
||||
printf("\n");
|
||||
jj++;
|
||||
}
|
||||
return;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
int find(b,a)
|
||||
char *a,*b;
|
||||
{
|
||||
int flag,lenb,lena;
|
||||
register i,j;
|
||||
|
||||
flag=0;
|
||||
lenb=strlen(b);
|
||||
lena=strlen(a);
|
||||
for (i=0;((i<lena) && flag==0);i++)
|
||||
{
|
||||
for(j=0;(j<lenb) && (a[i+j]==b[j]);j++);
|
||||
flag=((j==lenb)? 1:0);
|
||||
}
|
||||
return flag;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
|
@ -0,0 +1,126 @@
|
|||
/*
|
||||
* Copyright 1991 Steven Smith at the Harvard Genome Lab.
|
||||
* All rights reserved.
|
||||
*/
|
||||
#include "Flatio.c"
|
||||
|
||||
|
||||
main(ac,av)
|
||||
int ac;
|
||||
char **av;
|
||||
{
|
||||
struct data_format data[10000];
|
||||
int Match = 2,Mismatch = 8;
|
||||
int i,j,k,l,numseqs,mis,Case = 32;
|
||||
int slen,pcnt,pos;
|
||||
int UT = FALSE;
|
||||
char c;
|
||||
if(ac < 3)
|
||||
{
|
||||
fprintf(stderr,
|
||||
"usage: %s search_string %%mismatch [-case] [-match color] [-mismatch color]\n",
|
||||
av[0]);
|
||||
fprintf(stderr," [-u=t]\n");
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
for (j=3;j<ac;j++)
|
||||
{
|
||||
if(strcmp("-case",av[j]) == 0)
|
||||
Case = 0;
|
||||
if(strcmp("-match",av[j]) == 0)
|
||||
sscanf(av[j+1],"%d",&Match);
|
||||
if(strcmp("-u=t",av[j]) == 0)
|
||||
UT = TRUE;
|
||||
if(strcmp("-mismatch",av[j]) == 0)
|
||||
sscanf(av[j+1],"%d",&Mismatch);
|
||||
}
|
||||
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||
|
||||
slen = strlen(av[1]);
|
||||
sscanf(av[2],"%d",&pcnt);
|
||||
pcnt *= slen;
|
||||
pcnt /= 100;
|
||||
|
||||
if(UT)
|
||||
for(j=0;j<=strlen(av[1]);j++)
|
||||
{
|
||||
if(av[1][j] == 't')
|
||||
av[1][j] = 'u';
|
||||
if(av[1][j] == 'T')
|
||||
av[1][j] = 'U';
|
||||
}
|
||||
|
||||
for(i=0;i<numseqs;i++)
|
||||
{
|
||||
if(UT)
|
||||
for(j=0;data[i].nuc[j]!='\0';j++)
|
||||
{
|
||||
if(data[i].nuc[j] == 't')
|
||||
data[i].nuc[j] = 'u';
|
||||
else if(data[i].nuc[j] == 'T')
|
||||
data[i].nuc[j] = 'U';
|
||||
}
|
||||
printf("name:%s\n",data[i].name);
|
||||
printf("length:%d\n",strlen(data[i].nuc));
|
||||
printf("start:\n");
|
||||
for(j=0;j<data[i].length;j++)
|
||||
{
|
||||
mis = 0;
|
||||
for(k=0,pos=j;k<slen && pos<data[i].length;k++,pos++)
|
||||
{
|
||||
c = data[i].nuc[pos];
|
||||
for(;(c == ' ' || c == '-' || c == '~') &&
|
||||
pos < data[i].length;)
|
||||
c = data[i].nuc[++pos];
|
||||
c |= Case;
|
||||
|
||||
if(data[i].type == '#')
|
||||
{
|
||||
if(CompIUP(c,(av[1][k]|Case)) == FALSE)
|
||||
mis++;
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
if(c!=(av[1][k]|Case))
|
||||
mis++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if(k == slen && mis<=pcnt)
|
||||
{
|
||||
for(k=j;k<pos;k++)
|
||||
printf("%d\n",Match);
|
||||
j = pos-1;
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
printf("%d\n",Mismatch);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
int CompIUP(a,b)
|
||||
char a,b;
|
||||
{
|
||||
static int tmatr[16] = {'-','a','c','m','g','r','s','v',
|
||||
't','w','y','h','k','d','b','n'};
|
||||
|
||||
static int matr[128] = {
|
||||
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0x00,
|
||||
0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,
|
||||
0x01,0xe,0x02,0x0d,0,0,0x04,0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,
|
||||
0x08,0x08,0x07,0x09,0x00,0xa,0,0,0,0,0,0,0,0x01,0x0e,0x02,0x0d,0,0,0x04,
|
||||
0x0b,0,0,0x0c,0,0x03,0x0f,0,0,0,0x05,0x06,0x08,0x08,0x07,0x09,0x00,0x0a,
|
||||
0,0,0,0,0x00,0
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
int testa,testb;
|
||||
|
||||
if(a&32 != b&32)
|
||||
return(FALSE);
|
||||
|
||||
testa = matr[(int)a];
|
||||
testb = matr[(int)b];
|
||||
return(testa&testb);
|
||||
}
|
||||
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
|
|
@ -0,0 +1,87 @@
|
|||
#include "Flatio.c"
|
||||
#define BLACK 8
|
||||
#define RED 3
|
||||
#define BLUE 6
|
||||
#define YELLOW 1
|
||||
#define AQUA 4
|
||||
main()
|
||||
{
|
||||
struct data_format data[10000];
|
||||
int i,j,k,numseqs,mask = -1;
|
||||
int pair[20000],stack[20000],spt = 0;
|
||||
char ch;
|
||||
|
||||
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||
if(numseqs == 0)
|
||||
exit(1);
|
||||
for(j=0;j<numseqs;j++)
|
||||
if(data[j].type == '"')
|
||||
mask = j;
|
||||
if(mask == -1)
|
||||
exit(1);
|
||||
|
||||
for(j=0;j<data[mask].length;j++)
|
||||
{
|
||||
if(data[mask].nuc[j] == '[')
|
||||
stack[spt++] = j;
|
||||
else if(data[mask].nuc[j] == ']')
|
||||
{
|
||||
i = stack[--spt];
|
||||
pair[j] = i;
|
||||
pair[i] = j;
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
pair[j] = -1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
for(j=0;j<numseqs;j++)
|
||||
if(j!=mask)
|
||||
{
|
||||
printf("name:%s\nlength:%d\nstart:\n",
|
||||
data[j].name,data[j].length);
|
||||
i = MIN(data[mask].length,data[j].length);
|
||||
for(k=0;k<i;k++)
|
||||
if(pair[k] != -1)
|
||||
printf("%d\n",match(data[j].nuc[k],
|
||||
data[j].nuc[pair[k]]));
|
||||
else
|
||||
printf("8\n");
|
||||
for(k=0;k<data[j].length - data[mask].length;k++)
|
||||
printf("8\n");
|
||||
}
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
int match(a,b)
|
||||
char a,b;
|
||||
{
|
||||
char aa,bb;
|
||||
aa=a|32;
|
||||
bb=b|32;
|
||||
|
||||
printf(stderr,"%c %c\n",aa,bb);
|
||||
|
||||
if(a=='-' || a=='~')
|
||||
{
|
||||
if((b=='-') || (b=='~'))
|
||||
return(BLACK);
|
||||
else
|
||||
return(RED);
|
||||
}
|
||||
else if(aa=='a' && (bb=='t' || bb=='u'))
|
||||
return(BLUE);
|
||||
else if(bb=='a' && (aa=='t' || aa=='u'))
|
||||
return(BLUE);
|
||||
else if(bb=='c' && aa=='g' )
|
||||
return(BLUE);
|
||||
else if(bb=='g' && aa=='c' )
|
||||
return(BLUE);
|
||||
else if(aa=='g' && (bb=='t' || bb=='u'))
|
||||
return(AQUA);
|
||||
else if(bb=='g' && (aa=='t' || aa=='u'))
|
||||
return(AQUA);
|
||||
else return(YELLOW);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
|
@ -0,0 +1,85 @@
|
|||
#include "Flatio.c"
|
||||
#define MAX(a,b) ((a)>(b)?(a):(b))
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Varpos.c- An extremely simple program for showing which positions
|
||||
* are varying in an alignment. Use this as a model for other
|
||||
* external functions.
|
||||
*
|
||||
* Read in a flat file alignment, pass back an alignment color
|
||||
* mask.
|
||||
*
|
||||
* Copyright 1991/1992 Steven Smith, Harvard Genome lab.
|
||||
*
|
||||
*/
|
||||
|
||||
main(ac,av)
|
||||
int ac;
|
||||
char **av;
|
||||
{
|
||||
struct data_format data[10000];
|
||||
int i,j,k,numseqs,rev = FALSE;
|
||||
int maxlen = -99999,
|
||||
score = 0,
|
||||
minoffset = 99999;
|
||||
char ch;
|
||||
if(ac>2)
|
||||
{
|
||||
fprintf(stderr,"Usage %s [-rev]<gde_flat_file>gde_color_mask\n", av[0]);
|
||||
exit(1);
|
||||
}
|
||||
if(ac == 2)
|
||||
if(strcmp(av[1],"-rev") == 0)
|
||||
rev = TRUE;
|
||||
|
||||
numseqs = ReadFlat(stdin,data,10000);
|
||||
|
||||
if(numseqs == 0)
|
||||
exit(1);
|
||||
|
||||
for(j=0;j<numseqs;j++)
|
||||
{
|
||||
if(data[j].length+data[j].offset > maxlen)
|
||||
maxlen = data[j].length+data[j].offset;
|
||||
if(data[j].offset < minoffset)
|
||||
minoffset = data[j].offset;
|
||||
}
|
||||
|
||||
printf("length:%d\n",maxlen);
|
||||
printf("offset:%d\n",minoffset);
|
||||
printf("start:\n");
|
||||
for(j=0;j<maxlen;j++)
|
||||
{
|
||||
int a=0,c=0,g=0,u=0;
|
||||
|
||||
for(k=0;k<numseqs;k++)
|
||||
if(data[k].length+data[k].offset > j)
|
||||
{
|
||||
if(j>data[k].offset)
|
||||
ch=data[k].nuc[j-data[k].offset] | 32;
|
||||
else
|
||||
ch = '-';
|
||||
|
||||
if(ch=='a')a++;
|
||||
if(ch=='c')c++;
|
||||
if(ch=='g')g++;
|
||||
if(ch=='u')u++;
|
||||
if(ch=='t')u++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
score=MAX(a,c);
|
||||
score=MAX(score,g);
|
||||
score=MAX(score,u);
|
||||
if(a+c+g+u)
|
||||
{
|
||||
if(rev)
|
||||
score=(score*6/(a+c+g+u)+8);
|
||||
else
|
||||
score=((8-score*6/(a+c+g+u))+8);
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
score=8;
|
||||
printf("%d\n",score);
|
||||
}
|
||||
exit(0);
|
||||
}
|
||||
Loading…
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