105 lines
2 KiB
C
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#include <stdio.h>
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typedef struct Sequence
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{
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int len;
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char name[80];
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char type[8];
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char *nuc;
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} Sequence;
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main()
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{
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char a[5000],b[5000],inline[132];
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int pos1,pos2,pos3,i,j,k,FLAG;
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Sequence pair[2];
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for(j=0;j<5000;j++)
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b[j]='-';
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FLAG = (int)gets(inline);
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for(j=0;FLAG;j++)
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{
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FLAG = (int)gets(inline);
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sscanf(inline,"%d",&pos1);
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if((sscanf(inline,"%*6c %c %d %d %d",&(a[j]),&k,&pos2,&pos3)
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== 4) && (FLAG))
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{
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if(pos3!=0)
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{
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if(pos1<pos3)
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{
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b[pos1-1] = '[';
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b[pos3-1] = ']';
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}
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else
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{
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||
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b[pos3-1] = '[';
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||
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|
b[pos1-1] = ']';
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||
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}
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||
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|
}
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||
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}
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|
else
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{
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pair[0].len = j;
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strcpy(pair[0].name,"HELIX");
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strcpy(pair[0].type,"TEXT");
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pair[1].len = j;
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/*
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sscanf(inline,"%*24c %s",pair[1].name);
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*/
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strcpy(pair[1].name,"Sequence");
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||
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strcpy(pair[1].type,"RNA");
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pair[0].nuc = b;
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pair[1].nuc = a;
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WriteGen(pair,stdout,2);
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for(j=0;j<5000;j++) b[j]='-';
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j = -1;
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}
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}
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exit(0);
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}
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WriteGen(seq,file,numseq)
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Sequence *seq;
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FILE *file;
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int numseq;
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{
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register i,j;
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char temp[14];
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for(j=0;j<numseq;j++)
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fprintf(file,"%-.12s\n",seq[j].name);
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fprintf(file,"ZZZZZZZZZZ\n");
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for(j=0;j<numseq;j++)
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{
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strcpy(temp,seq[j].name);
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for(i=strlen(temp);i<13;i++)
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temp[i] = ' ';
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temp[i] = '\0';
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fprintf(file,"LOCUS %-.12s %s %d BP\n",temp,
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seq[j].type,seq[j].len);
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fprintf(file,"ORIGIN");
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for(i=0;i<seq[j].len;i++)
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{
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if(i%60 == 0)
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|
fprintf(file,"\n%9d",i+1);
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|
if(i%10 == 0)
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fprintf(file," ");
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||
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|
fprintf(file,"%c",seq[j].nuc[i]);
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}
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fprintf(file,"\n//\n");
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}
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return;
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}
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