polish: add handle arg vars
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commit
b0ea8a801e
1 changed files with 273 additions and 459 deletions
670
guoyi.run
670
guoyi.run
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@ -2,7 +2,7 @@ macro=;
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||||||
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log %7.tnt.log;
|
log %7.tnt.log;
|
||||||
|
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||||||
/*Arguments*/
|
/*primary notification*/
|
||||||
if ( (argnumber == 0) || (argnumber >7) )
|
if ( (argnumber == 0) || (argnumber >7) )
|
||||||
silent -console;
|
silent -console;
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
|
|
@ -38,6 +38,146 @@ if ( (argnumber == 0) || (argnumber >7) )
|
||||||
proc/;
|
proc/;
|
||||||
end
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Var for handling args*/
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|
var:
|
||||||
|
dojak doboot dosym dobrs dorbrs rsmp dobremer
|
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|
dostr domjr dohlf
|
||||||
|
doew doiw doeiw dowt wttype
|
||||||
|
kvalue
|
||||||
|
search;
|
||||||
|
|
||||||
|
set dojak 0; set doboot 0; set dosym 0; set dobrs 0; set dorbrs 0; set rsmp 0; set dobremer 0;
|
||||||
|
set dostr 0; set domjr 0; set dohlf 0;
|
||||||
|
set doew 0; set doiw 0; set doeiw 0; set dowt 0; set wttype 0;
|
||||||
|
set kvalue 12;
|
||||||
|
set search 0;
|
||||||
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|
||||||
|
/*handle weighting type*/
|
||||||
|
if (argnumber>=3)
|
||||||
|
if (eqstring [ %3 ew ])
|
||||||
|
set doew 1;
|
||||||
|
set wttype 1;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if (eqstring [ %3 iw ])
|
||||||
|
set doiw 1;
|
||||||
|
set wttype 2;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if (eqstring [ %3 eiw ])
|
||||||
|
set doeiw 1;
|
||||||
|
set wttype 3;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
errmsg Weighting type must be ew, iw or eiw;
|
||||||
|
end end end
|
||||||
|
else
|
||||||
|
set doeiw 1;
|
||||||
|
set wttype 3;
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
if ('doiw' || 'doeiw')
|
||||||
|
set dowt 1;
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
/*handle k value*/
|
||||||
|
if (argnumber>=4)
|
||||||
|
set kvalue %4;
|
||||||
|
if ( 'doew' && ('kvalue' != 0))
|
||||||
|
errmsg Equal weighting (ew) must be followed with 0 instead of 'kvalue';
|
||||||
|
end
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
/*handle resmaple type*/
|
||||||
|
if (argnumber<6)
|
||||||
|
set dojak 1; set doboot 1; set dosym 1; set dorbrs 1;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
set rsmp %6;
|
||||||
|
loop 1 5
|
||||||
|
if ('rsmp' >= 4)
|
||||||
|
set dosym 1;
|
||||||
|
set rsmp 'rsmp'-4;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if ('rsmp' >= 2)
|
||||||
|
set doboot 1;
|
||||||
|
set rsmp 'rsmp'-2;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if ('rsmp' >= 1)
|
||||||
|
set dojak 1;
|
||||||
|
set rsmp 'rsmp'-1;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if ('rsmp' >=0.2)
|
||||||
|
set dobrs 1;
|
||||||
|
set rsmp 'rsmp'-0.2;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if ('rsmp' >=0.1)
|
||||||
|
set dorbrs 1;
|
||||||
|
set rsmp 'rsmp'-0.1;
|
||||||
|
end end end end end
|
||||||
|
stop
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
if ('rsmp' != 0)
|
||||||
|
errmsg Input %6 is illegal;
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
if ('dobrs' || 'dorbrs')
|
||||||
|
set dobremer 1;
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
/*handle consensus type*/
|
||||||
|
if (argnumber>=6)
|
||||||
|
if ('dobremer')
|
||||||
|
set dostr 1;
|
||||||
|
if (eqstring [ %5 str ])
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if (eqstring [ %5 mjr ])
|
||||||
|
errmsg Bremer support or any bremer support variations must use strict consensus;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if (eqstring [ %5 hlf ])
|
||||||
|
errmsg Bremer support or any bremer support variations must use strict consensus;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
errmsg Consensus type must be str mjr or hlf;
|
||||||
|
end end end
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if (eqstring [ %5 str ])
|
||||||
|
set dostr 1;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if (eqstring [ %5 mjr ])
|
||||||
|
set domjr 1;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if (eqstring [ %5 hlf ])
|
||||||
|
set dohlf 1;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
errmsg Consensus type must be str mjr or hlf;
|
||||||
|
end end end
|
||||||
|
end
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if (argnumber==5)
|
||||||
|
if ((eqstring [ %5 mjr ]) || (eqstring [ %5 hlf ]))
|
||||||
|
errmsg Bremer support or any bremer support variations must use strict consensus;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if (eqstring [ %5 str ])
|
||||||
|
set dostr 1;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
errmsg Consensus type must be str mjr or hlf;
|
||||||
|
end end
|
||||||
|
else
|
||||||
|
set dostr 1;
|
||||||
|
end end
|
||||||
|
|
||||||
|
/*handle search*/
|
||||||
|
if (ntax<=25)
|
||||||
|
if ('doeiw')
|
||||||
|
search=2;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
search=1;
|
||||||
|
end
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if (ntax<75)
|
||||||
|
search=2
|
||||||
|
else
|
||||||
|
search=3
|
||||||
|
end
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
/*Basic settings*/
|
/*Basic settings*/
|
||||||
taxname+1000;
|
taxname+1000;
|
||||||
taxname=;
|
taxname=;
|
||||||
|
|
@ -50,24 +190,8 @@ end
|
||||||
nstates NOGAPS;
|
nstates NOGAPS;
|
||||||
|
|
||||||
/*Set K*/
|
/*Set K*/
|
||||||
if(argnumber>2 )
|
if ('dowt')
|
||||||
if (eqstring [ %3 ew ])
|
piwe='kvalue';
|
||||||
quote Equal weighting is used;
|
|
||||||
if ((argnumber>=4) && (%4 != 0))
|
|
||||||
errmsg equal weighting %4 should be fullfilled with 0;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if ((eqstring [ %3 iw ]) || (eqstring [ %3 eiw ]))
|
|
||||||
if (argnumber>=4)
|
|
||||||
piwe=%4;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
piwe=12;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
errmsg %3 must be ew iw or eiw;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
piwe=12;
|
|
||||||
end
|
end
|
||||||
|
|
||||||
/*Reopen tnt*/
|
/*Reopen tnt*/
|
||||||
|
|
@ -77,180 +201,65 @@ hold 10000;
|
||||||
/*Report what will be done*/
|
/*Report what will be done*/
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
/-----------------------------------------------\;
|
/-----------------------------------------------\;
|
||||||
if(argnumber>2)
|
if ('wttype'==1)
|
||||||
if (eqstring [ %3 iw ])
|
|
||||||
if (argnumber>3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| Implied weighting will be used, K is %4. |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| Implied weighting will be used, K is 12. |;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (eqstring [ %3 eiw ])
|
|
||||||
if (argnumber>3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| Ex-implied weighting will be used, K is %4. |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| Ex-implied weighting will be used, K is 12. |;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (eqstring [ %3 ew ])
|
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| Equal weighting will be used. |;
|
| Equal weighting will be used. |;
|
||||||
else
|
|
||||||
errmsg %3 must be ew iw or eiw;
|
|
||||||
end end end
|
|
||||||
else
|
else
|
||||||
|
if ('wttype'==2)
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| Ex-implied weighting will be used, K is 12. |;
|
| Implied weighting will be used, K is 'kvalue'. |;
|
||||||
end
|
else
|
||||||
if (ntax<=25)
|
if ('wttype'==3)
|
||||||
|
quote
|
||||||
|
| Ex-implied weighting will be used, K is 'kvalue'. |;
|
||||||
|
end end end
|
||||||
|
|
||||||
|
if ('search'==1)
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| Implicit enumeration will be performed. |;
|
| Implicit enumeration will be performed. |;
|
||||||
else
|
else
|
||||||
if ((ntax>25) && (ntax < 75))
|
if ('search'==2)
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| TBR Mult will be performed. |;
|
| TBR Mult will be performed. |;
|
||||||
else
|
else
|
||||||
if (ntax>=75)
|
if ('search'==3)
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| Xmult will be performed. |;
|
| Xmult will be performed. |;
|
||||||
end end end
|
end end end
|
||||||
|
|
||||||
if (argnumber<=5)
|
if ('dostr')
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| Strict consensus will be used. |;
|
| Strict consensus will be used. |;
|
||||||
else
|
else
|
||||||
if (( %6 == 0.1 )||( %6 == 0.2 )||( %6 == 0.3 )||( %6==1.1 )||( %6 ==1.2 )||( %6 ==1.3 )||( %6 == 2.1 )||( %6 == 2.2 )||( %6 == 2.3 )||( %6 == 3.1 )||( %6 == 3.2 )||( %6 == 3.3 )||( %6 == 4.1 )||( %6 == 4.2 )||( %6 == 4.3 )||( %6 == 5.1 )||( %6 == 5.2 )||( %6 == 5.3 )||( %6 == 6.1 )||( %6 == 6.2 )||( %6 == 6.3 )||( %6 == 7.1 )||( %6 == 7.2 )||( %6 == 7.3 ))
|
if ('domjr')
|
||||||
if (!(eqstring [ %5 str ]))
|
|
||||||
errmsg Bremer support or relative bremer support must use strict consensus;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| Strict consensus will be used. |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (eqstring [ %5 mjr ])
|
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| Majority-rule consensus will be used. |;
|
| Majority-rule consensus will be used. |;
|
||||||
else
|
else
|
||||||
if (eqstring [ %5 hlf ])
|
if ('dohlf')
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| Half strict consensus will be used. |;
|
| Half strict consensus will be used. |;
|
||||||
else
|
end end end
|
||||||
if(eqstring [ %5 str ])
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| Strict consensus will be used. |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
errmsg %5 must be mjr hlf or str;
|
|
||||||
end end end
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
|
|
||||||
if (argnumber>=6)
|
if ('dorbrs')
|
||||||
if ( (%6>0) && (%6<1) )
|
|
||||||
if (%6==0.1 || %6==0.3)
|
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| relative bremer support |;
|
| relative bremer support |;
|
||||||
else
|
else
|
||||||
if (%6==0.2 || %6==0.3)
|
if ('dobrs')
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| bremer support |;
|
| bremer support |;
|
||||||
end end
|
else
|
||||||
else
|
if ('dojak')
|
||||||
if ((%6>=1) && (%6<2))
|
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| Jackknifing |;
|
| jackknifing |;
|
||||||
if (%6==1.1 || %6==1.3)
|
else
|
||||||
|
if ('doboot')
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| relative bremer support |;
|
| bootstrap |;
|
||||||
else
|
else
|
||||||
if (%6==1.2 || %6==1.3)
|
if ('dosym')
|
||||||
quote
|
| symmetric resampling |;
|
||||||
| bremer support |;
|
end end end end end
|
||||||
end end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if ((%6>=2) && (%6<3))
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| Bootstrap |;
|
|
||||||
if (%6==2.1 || %6==2.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (%6==2.2 || %6==2.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bremer support |;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if ((%6>=3) && (%6<4))
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| Jackknifing and bootstrap |;
|
|
||||||
if (%6==3.1 || %6==3.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (%6==3.2 || %6==3.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bremer support |;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if ((%6>=4) && (%6<5))
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| Symmetric resampling |;
|
|
||||||
if (%6==4.1 || %6==4.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (%6==4.2 || %6==4.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bremer support |;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if ((%6>=5) && (%6<6))
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| Jackknifing and symmetric resampling |;
|
|
||||||
if (%6==5.1 || %6==5.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (%6==5.2 || %6==5.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bremer support |;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if ((%6>=6) && (%6<7))
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| Bootstrap and symmetric resampling |;
|
|
||||||
if (%6==6.1 || %6==6.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (%6==6.2 || %6==6.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bremer support |;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if ((%6>=7) && (%6<8))
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| Jackknifing, bootstrap and symmetric |
|
|
||||||
| resampling |;
|
|
||||||
if (%6==7.1 || %6==7.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (%6==7.2 || %6==7.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bremer support |;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
errmsg Mistake %6 value;
|
|
||||||
end end end end end end end end
|
|
||||||
end
|
|
||||||
if (argnumber<6)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support, bremer support |
|
|
||||||
| jackknifing, bootstrap, symmetric |
|
|
||||||
| resampling |;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| will be shown on the resample.svg. |
|
| will be shown on the resample.svg. |
|
||||||
| Apomorphic characters mapping will be shown |
|
| Apomorphic characters mapping will be shown |
|
||||||
|
|
@ -259,61 +268,29 @@ quote
|
||||||
\------------------------------------------------/;
|
\------------------------------------------------/;
|
||||||
|
|
||||||
/*Implied weighting settings*/
|
/*Implied weighting settings*/
|
||||||
if(argnumber>2)
|
if ('doiw')
|
||||||
if (eqstring [ %3 iw ])
|
|
||||||
piwe&;
|
piwe&;
|
||||||
else
|
else
|
||||||
if (eqstring [ %3 eiw ])
|
if ('doeiw')
|
||||||
xpiwe(*;
|
xpiwe(*;
|
||||||
log %7.eiw.log;
|
log %7.eiw.log;
|
||||||
piwe&;
|
piwe&;
|
||||||
log/;
|
log/;
|
||||||
log + %7.tnt.log;
|
log + %7.tnt.log;
|
||||||
else
|
end end
|
||||||
if (eqstring [ %3 ew ])
|
|
||||||
else
|
|
||||||
errmsg %3 must be ew iw or eiw;
|
|
||||||
end end end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
xpiwe(*;
|
|
||||||
log %7.eiw.log;
|
|
||||||
piwe&;
|
|
||||||
log/;
|
|
||||||
log+ %7.tnt.log;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
/*Search trees*/
|
/*Search trees*/
|
||||||
if(argnumber>2)
|
if ('search'==1)
|
||||||
if(eqstring [ %3 ew ] || eqstring [ %3 iw ] )
|
|
||||||
if (ntax<=25)
|
|
||||||
ienum;
|
ienum;
|
||||||
else
|
|
||||||
if (ntax<=74)
|
|
||||||
mult=replic 1000 tbr hold 10;
|
|
||||||
bbreak=tbr fill;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (ntax>74)
|
|
||||||
sect: slack 40;
|
|
||||||
xmult=hit 50 replications 20 drift 10 ratchet 10 fuse 10 hold 1 keepall;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
end
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (ntax<=74)
|
|
||||||
mult=replic 1000 tbr hold 10;
|
|
||||||
bbreak=tbr fill;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
sect: slack 40;
|
|
||||||
xmult=hit 50 replications 20 drift 20 ratchet 10 fuse 10 hold 1 keepall;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
end
|
|
||||||
else
|
else
|
||||||
|
if ('search'==2)
|
||||||
mult=replic 1000 tbr hold 10;
|
mult=replic 1000 tbr hold 10;
|
||||||
bbreak=tbr fill;
|
bbreak=tbr fill;
|
||||||
if (ntax>74)
|
else
|
||||||
|
if ('search'==3)
|
||||||
sect: slack 40;
|
sect: slack 40;
|
||||||
xmult=hit 50 replications 20 drift 10 ratchet 10 fuse 10 hold 1 keepall;
|
xmult=hit 50 replications 20 drift 10 ratchet 10 fuse 10 hold 1 keepall;
|
||||||
end
|
end end end
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
/*Export trees*/
|
/*Export trees*/
|
||||||
export= %7.trees.tre;
|
export= %7.trees.tre;
|
||||||
|
|
@ -327,6 +304,21 @@ tsave = %7.trees.ctf;
|
||||||
var: npars;
|
var: npars;
|
||||||
set npars ntrees;
|
set npars ntrees;
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Get consensus tree*/
|
||||||
|
if ('dostr')
|
||||||
|
nelsen * 0.'npars';
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if ('domjr')
|
||||||
|
majority * 0.'npars';
|
||||||
|
else
|
||||||
|
if ('dohlf')
|
||||||
|
comcomp * 0.'npars';
|
||||||
|
end end end
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Get the consensus tree number*/
|
||||||
|
var: contree;
|
||||||
|
set contree ntrees;
|
||||||
|
|
||||||
/*Get rbr/br/jak/boot/sym support and get consensus tree*/
|
/*Get rbr/br/jak/boot/sym support and get consensus tree*/
|
||||||
ttags=;
|
ttags=;
|
||||||
ttags]; /*in one line*/
|
ttags]; /*in one line*/
|
||||||
|
|
@ -336,133 +328,52 @@ ttags]; /*in one line*/
|
||||||
/* jak+sym=5, boot+sym=6, */
|
/* jak+sym=5, boot+sym=6, */
|
||||||
/* jak+boot+sym=7, */
|
/* jak+boot+sym=7, */
|
||||||
|
|
||||||
/* bremer=0.1, relative-bremer=0.2 */
|
/* relative-bremer=0.1, bremer=0.2 */
|
||||||
/* bremer+relative-bremer=0.3 */
|
/* bremer+relative-bremer=0.3 */
|
||||||
|
|
||||||
if (argnumber<=5)
|
if ('dobremer')
|
||||||
|
|
||||||
/*set value of suboptimal from most parsimony tree */
|
/*set value of suboptimal from most parsimony tree */
|
||||||
sub: 0;
|
sub: 0;
|
||||||
|
|
||||||
/*save strict consensus tree for bremer*/
|
|
||||||
hold+1;
|
|
||||||
nelsen * 0.'npars';
|
|
||||||
|
|
||||||
/*get the consensus tree number*/
|
|
||||||
var: contree;
|
|
||||||
set contree ntrees;
|
|
||||||
|
|
||||||
/*calculate relative bremer support*/
|
|
||||||
bs ]!! 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
/*set the br value float*/
|
|
||||||
macfloat 1;
|
|
||||||
|
|
||||||
/*calculate bremer support*/
|
|
||||||
bsupport !! 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
/*choose final tree*/
|
|
||||||
tchoose/;
|
|
||||||
|
|
||||||
/*adjust to zero following Pablo Goloboff*/
|
|
||||||
sub 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
/*jakknifing*/
|
|
||||||
resample jak replications 1000 from 0; /*from 0 will orphan other trees*/
|
|
||||||
/*bootstrap*/
|
|
||||||
resample boot replications 1000 from 0;
|
|
||||||
/*symmetric resampling*/
|
|
||||||
resample sym replications 1000 from 0;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
|
|
||||||
if(( %6 == 0.1 )||( %6 == 0.2 )||( %6 == 0.3 )||( %6==1.1 )||( %6 ==1.2 )||( %6 ==1.3 )||( %6 == 2.1 )||( %6 == 2.2 )||( %6 == 2.3 )||( %6 == 3.1 )||( %6 == 3.2 )||( %6 == 3.3 )||( %6 == 4.1 )||( %6 == 4.2 )||( %6 == 4.3 )||( %6 == 5.1 )||( %6 == 5.2 )||( %6 == 5.3 )||( %6 == 6.1 )||( %6 == 6.2 )||( %6 == 6.3 )||( %6 == 7.1 )||( %6 == 7.2 )||( %6 == 7.3 )) /*bremer support related can only use strict consensus*/
|
|
||||||
|
|
||||||
/*set value of suboptimal from most parsimony tree*/
|
|
||||||
sub: 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
/*save strict consensus tree for bremer*/
|
|
||||||
hold+1;
|
|
||||||
nelsen * 0.'npars';
|
|
||||||
|
|
||||||
/*get the consensus tree number*/
|
|
||||||
var: contree;
|
|
||||||
set contree ntrees;
|
|
||||||
|
|
||||||
if(( %6 == 0.1 )||( %6 == 0.3 )||( %6==1.1 )||( %6 ==1.3 )||( %6 == 2.1 )||( %6 == 2.3 )||( %6 == 3.1 )||( %6 == 3.3 )||( %6 == 4.1 )||( %6 == 4.3 )||( %6 == 5.1 )||( %6 == 5.3 )||( %6 == 6.1 )||( %6 == 6.3 )||( %6 == 7.1 )||( %6 == 7.3 ))
|
|
||||||
/*calculate relative bremer support*/
|
/*calculate relative bremer support*/
|
||||||
|
if ('dorbrs')
|
||||||
bs ]!! 0;
|
bs ]!! 0;
|
||||||
end
|
end
|
||||||
|
|
||||||
if(( %6 == 0.2 )||( %6 == 0.3 )||( %6==1.2 )||( %6 ==1.3 )||( %6 == 2.2 )||( %6 == 2.3 )||( %6 == 3.2 )||( %6 == 3.3 )||( %6 == 4.2 )||( %6 == 4.3 )||( %6 == 5.2 )||( %6 == 5.3 )||( %6 == 6.2 )||( %6 == 6.3 )||( %6 == 7.2 )||( %6 == 7.3 ))
|
|
||||||
|
|
||||||
/*set the br value float*/
|
|
||||||
macfloat 1;
|
|
||||||
|
|
||||||
/*calculate bremer support*/
|
/*calculate bremer support*/
|
||||||
|
if ('dobrs')
|
||||||
|
macfloat 1; /*set the br value float*/
|
||||||
bsupport !! 0;
|
bsupport !! 0;
|
||||||
end
|
end
|
||||||
|
|
||||||
/*choose final tree*/
|
|
||||||
tchoose/;
|
|
||||||
|
|
||||||
/*adjust to zero following Pablo Goloboff*/
|
|
||||||
sub 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
/*jackknifing*/
|
|
||||||
if((%6 == 1.1) || (%6 == 1.2) || (%6 == 1.3) || (%6 == 3.1) || (%6 == 3.2) || (%6 == 3.3) || (%6 == 5.1) || (%6 == 5.2) || (%6 == 5.3) || (%6 == 7.1) || (%6 == 7.2) || (%6 == 7.3))
|
|
||||||
resample jak replications 1000 from 0;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
/*bootstrap*/
|
|
||||||
if((%6 == 2.1) || (%6 == 2.2) || (%6 == 2.3) || (%6 == 3.1) || (%6 == 3.2) || (%6 == 3.3) || (%6 == 6.1) || (%6 == 6.2) || (%6 == 6.3) || (%6 == 7.1) || (%6 == 7.2) || (%6 == 7.3))
|
|
||||||
resample boot replications 1000 from 0;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
/*symmetric resampling*/
|
|
||||||
if((%6 == 4.1) || (%6 == 4.2) || (%6 == 4.3) || (%6 == 5.1) || (%6 == 5.2) || (%6 == 5.3) || (%6 == 6.1) || (%6 == 6.2) || (%6 == 6.3) || (%6 == 7.1) || (%6 == 7.2) || (%6 == 7.3))
|
|
||||||
resample sym replications 1000 from 0;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
else /*non-bremer related should be consensus firstly*/
|
|
||||||
|
|
||||||
if (eqstring [ %5 str ])
|
|
||||||
nelsen * 0.'npars';
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (eqstring [ %5 mjr ])
|
|
||||||
majority * 0.'npars';
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (eqstring [ %5 hlf ])
|
|
||||||
comcomp * 0.'npars';
|
|
||||||
else
|
|
||||||
errmsg %5 must be mjr hlf or str;
|
|
||||||
end end end
|
|
||||||
|
|
||||||
/*choose the final tree: consenus tree*/
|
|
||||||
tchoose/;
|
|
||||||
|
|
||||||
/*jackkinfing*/
|
|
||||||
if((%6==1) || (%6==3) || (%6==5) || (%6==7))
|
|
||||||
resample jak replications 1000 from 0;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
/*bootstrap*/
|
|
||||||
if((%6==2) || (%6==3) || (%6==6) || (%6==7))
|
|
||||||
resample boot replications 1000 from 0;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
/*symmetric resampling*/
|
|
||||||
if((%6==4) || (%6==5) || (%6==6) || (%6==7))
|
|
||||||
resample sym replications 1000 from 0;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
/*Tree vault store*/
|
|
||||||
hold /+0;
|
|
||||||
tvault >/;
|
|
||||||
|
|
||||||
end
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
/*choose final tree*/
|
||||||
|
tchoose/;
|
||||||
|
|
||||||
|
/*adjust to zero following Pablo Goloboff*/
|
||||||
|
sub 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
/*jakknifing*/
|
||||||
|
if ('dojak')
|
||||||
|
resample jak replications 1000 from 0; /*from 0 will orphan other trees*/
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
/*bootstrap*/
|
||||||
|
if ('doboot')
|
||||||
|
resample boot replications 1000 from 0;
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
/*symmetric resampling*/
|
||||||
|
if ('dosym')
|
||||||
|
resample sym replications 1000 from 0;
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Tree vault store*/
|
||||||
|
hold /+0;
|
||||||
|
tvault >/;
|
||||||
|
|
||||||
/*Export consensus tree with supports*/
|
/*Export consensus tree with supports*/
|
||||||
ttags & %7.resample.svg thickness 7 italics fontsize 15;
|
ttags & %7.resample.svg thickness 7 italics fontsize 15;
|
||||||
log %7.resample.log;
|
log %7.resample.log;
|
||||||
|
|
@ -550,136 +461,39 @@ quote
|
||||||
| is the ctf file with taxname |
|
| is the ctf file with taxname |
|
||||||
| The file `resample.svg` contain |;
|
| The file `resample.svg` contain |;
|
||||||
|
|
||||||
|
if ('dostr')
|
||||||
if (argnumber<=5)
|
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| strict consensus tree with |;
|
| strict consensus tree with |;
|
||||||
else
|
else
|
||||||
if ( (argnumber >=6) && (( %6 == 0.1 )||( %6 == 0.2 )||( %6 == 0.3 )||( %6==1.1 )||( %6 ==1.2 )||( %6 ==1.3 )||( %6 == 2.1 )||( %6 == 2.2 )||( %6 == 2.3 )||( %6 == 3.1 )||( %6 == 3.2 )||( %6 == 3.3 )||( %6 == 4.1 )||( %6 == 4.2 )||( %6 == 4.3 )||( %6 == 5.1 )||( %6 == 5.2 )||( %6 == 5.3 )||( %6 == 6.1 )||( %6 == 6.2 )||( %6 == 6.3 )||( %6 == 7.1 )||( %6 == 7.2 )||( %6 == 7.3 )) )
|
if ('domjr')
|
||||||
quote
|
|
||||||
| strict consensus tree with |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (eqstring [ %5 mjr ])
|
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| majority-rule consensus tree with |;
|
| majority-rule consensus tree with |;
|
||||||
else
|
else
|
||||||
if (eqstring [ %5 hlf ])
|
if ('dohlf')
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| half strict consensus tree with |;
|
| half strict consensus tree with |;
|
||||||
else
|
end end end
|
||||||
if(eqstring [ %5 str ])
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| strict consensus tree with |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
errmsg %5 must be mjr hlf or str;
|
|
||||||
errmsg Bremer support or relative bremer support must use strict consensus;
|
|
||||||
end end end
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
|
|
||||||
if (argnumber>=6)
|
if ('dorbrs')
|
||||||
if ( (%6>0) && (%6<1) )
|
|
||||||
if (%6==0.1 || %6==0.3)
|
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| relative bremer support |;
|
| relative bremer support |;
|
||||||
else
|
else
|
||||||
if (%6==0.2 || %6==0.3)
|
if ('dobrs')
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| bremer support |;
|
| bremer support |;
|
||||||
end end
|
else
|
||||||
else
|
if ('dojak')
|
||||||
if ((%6>=1) && (%6<2))
|
|
||||||
if (%6==1.1 || %6==1.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (%6==1.2 || %6==1.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bremer support |;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| jackknifing |;
|
| jackknifing |;
|
||||||
else
|
else
|
||||||
if ((%6>=2) && (%6<3))
|
if ('doboot')
|
||||||
if (%6==2.1 || %6==2.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (%6==2.2 || %6==2.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bremer support |;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| bootstrap |;
|
| bootstrap |;
|
||||||
else
|
|
||||||
if ((%6>=3) && (%6<4))
|
|
||||||
if (%6==3.1 || %6==3.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (%6==3.2 || %6==3.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bremer support |;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| jackknifing, bootstrap |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if ((%6>=4) && (%6<5))
|
|
||||||
if (%6==4.1 || %6==4.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (%6==4.2 || %6==4.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bremer support |;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| symmetric resampling |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if ((%6>=5) && (%6<6))
|
|
||||||
if (%6==5.1 || %6==5.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (%6==5.2 || %6==5.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bremer support |;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| jackknifing, symmetric resampling |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if ((%6>=6) && (%6<7))
|
|
||||||
if (%6==6.1 || %6==6.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (%6==6.2 || %6==6.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bremer support |;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bootstrap, symmetric resampling |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if ((%6>=7) && (%6<8))
|
|
||||||
if (%6==7.1 || %6==7.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| relative bremer support |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
if (%6==7.2 || %6==7.3)
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| bremer support |;
|
|
||||||
end end
|
|
||||||
quote
|
|
||||||
| jackknifing, bootstrap, symmetric |
|
|
||||||
| resampling |;
|
|
||||||
else
|
|
||||||
errmsg Mistake %6 value;
|
|
||||||
end end end end end end end end
|
|
||||||
else
|
else
|
||||||
|
if ('dosym')
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| relative bremer support, bremer |
|
|
||||||
| support, jackknifing, bootstrap, |
|
|
||||||
| symmetric resampling |;
|
| symmetric resampling |;
|
||||||
end
|
end end end end end
|
||||||
|
|
||||||
quote
|
quote
|
||||||
| The file `apo.svg` contains the |
|
| The file `apo.svg` contains the |
|
||||||
|
|
|
||||||
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