add: Bremer support
This commit is contained in:
parent
53bfd967b2
commit
0a1821cb11
4 changed files with 174 additions and 117 deletions
30
README.md
30
README.md
|
|
@ -1,30 +1,36 @@
|
||||||
# TNT Script used by Guoyi
|
# TNT Script used by Guoyi
|
||||||
|
|
||||||
These scripts follow MIT except for setk.run which belongs to Salvador Arias (Instituto Miguel Lillo, San Miguel de Tucumán, Argentina).
|
These scripts follow MIT, part of script is from setk.run belonging to Salvador Arias (Instituto Miguel Lillo, San Miguel de Tucumán, Argentina).
|
||||||
|
|
||||||
## Usage
|
## Usage
|
||||||
|
|
||||||
### Method1
|
- Place this script and your tnt matrix under the folder that you call `tnt` or `exe` file is placed
|
||||||
|
|
||||||
- OS: Arch Linux;
|
- Enter `tnt`
|
||||||
|
|
||||||
- `tnt run guoyi.run file.tnt`, `file.tnt` is your data;
|
- Enter command `guoyi filename;`
|
||||||
|
|
||||||
- Type `;` and enter;
|
## Functions
|
||||||
|
|
||||||
### Method2
|
- Estimated implied weighting K value.
|
||||||
|
|
||||||
- Replace `%1` with your filename;
|
- Search trees via TBR Mult and Xmult.
|
||||||
|
|
||||||
- Run `tnt p guoyi.run` directly;
|
- Perform Strict consensus.
|
||||||
|
|
||||||
|
- Calculate Relative Bremer support, jackknifing, and bootstrap.
|
||||||
|
|
||||||
|
- Calculate TL, CI, and RI.
|
||||||
|
|
||||||
## Options
|
## Options
|
||||||
|
|
||||||
- `trees.tre`, `bt.tre` are trees with taxaname;
|
- Results instructions are at the end of `tnt.log`.
|
||||||
|
|
||||||
- `trees_no.tre`, `bt_no.tre` are trees without taxaname which can be put into Winclada with the `file.tnt`;
|
- `con.tre`, `con.tre` are trees with taxaname.
|
||||||
|
|
||||||
- `majority` can be replaced by `nelsen`;
|
- `trees_no.tre`, `bt_no.tre` are trees without taxaname which can be put into Winclada with the `file.tnt`.
|
||||||
|
|
||||||
- `boot` can be replaced by `jack`;
|
- `nelsen` can be replaced by `majority`.
|
||||||
|
|
||||||
|
- `xmult` and `mult` replications and hold trees number can be adjusted.
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
||||||
167
guoyi.run
167
guoyi.run
|
|
@ -5,29 +5,174 @@ mxram 10240;
|
||||||
nstates 32;
|
nstates 32;
|
||||||
nstates NOGAPS;
|
nstates NOGAPS;
|
||||||
|
|
||||||
procedure %1;
|
/*Arguments*/
|
||||||
setk.run;
|
if ( argnumber != 1 )
|
||||||
|
silent -console;
|
||||||
|
quote - /-----------------------------------------------\;
|
||||||
|
quote - | GUOYI TNT SCRIPT 2022-2023 MIT |;
|
||||||
|
quote - | You need to give your filename |;
|
||||||
|
quote - | tnt*> guoyi filename; |;
|
||||||
|
quote - \-----------------------------------------------/;
|
||||||
|
proc/;
|
||||||
|
end
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Report what will be done*/
|
||||||
|
quote - /-----------------------------------------------\;
|
||||||
|
quote - | Implied weighting will be estimated. |;
|
||||||
|
quote - | TBR Mult and Xmult will be performed. |;
|
||||||
|
quote - | Strict consensus will be used. |;
|
||||||
|
quote - | Relative bremer support, jackknifing and |;
|
||||||
|
quote - | bootstrap will be shown on the svg. |;
|
||||||
|
quote - | TL, CI and RI will be calculated finally. |;
|
||||||
|
quote - \------------------------------------------------/;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Set K*/
|
||||||
procedure %1;
|
procedure %1;
|
||||||
hold 1000;
|
var:
|
||||||
|
actK
|
||||||
|
minK
|
||||||
|
maxK
|
||||||
|
gVal
|
||||||
|
a
|
||||||
|
b
|
||||||
|
Nval
|
||||||
|
maxIts
|
||||||
|
;
|
||||||
|
if (ntax<0)
|
||||||
|
quote NO HAY DATOS!;
|
||||||
|
proc/;
|
||||||
|
end
|
||||||
|
set gVal 1;
|
||||||
|
/** busca el valor de g **/
|
||||||
|
loop 0 nchar
|
||||||
|
if (!isinfo[#1]) continue; end
|
||||||
|
if (!isact[#1]) continue; end
|
||||||
|
set a=maxsteps[#1];
|
||||||
|
set b=minsteps[#1];
|
||||||
|
if (('a'-'b')>'gVal')
|
||||||
|
set gVal 'a'-'b';
|
||||||
|
end
|
||||||
|
stop
|
||||||
|
quote valor de g = 'gVal';
|
||||||
|
set actK 10;
|
||||||
|
set minK 0;
|
||||||
|
set maxK 500; /** Asume 500 como el maximo posible valor de K **/
|
||||||
|
set maxIts 0;
|
||||||
|
/** busca el mejor valor de K **/
|
||||||
|
loop 0 1
|
||||||
|
quote actual valor de k = 'actK';
|
||||||
|
set a 1-('actK'/('actK'+1));
|
||||||
|
quote 'a';
|
||||||
|
set b ('actK'/('actK'+'gVal'-1))-('actK'/('actK'+'gVal'));
|
||||||
|
quote 'b';
|
||||||
|
set Nval 'a'/'b';
|
||||||
|
quote valor de N = 'Nval';
|
||||||
|
if (('Nval'>14.8)&&('Nval'<15.2)) endloop; end /** N esta en el rango **/
|
||||||
|
if ('Nval'>15.2)
|
||||||
|
set minK 'actK';
|
||||||
|
else
|
||||||
|
set maxK 'actK';
|
||||||
|
end
|
||||||
|
set a ('maxK'-'minK')/2;
|
||||||
|
set actK 'minK' + 'a';
|
||||||
|
set maxIts ++;
|
||||||
|
if ('maxIts'==100) endloop; end /** salida de emergencia **/
|
||||||
|
setloop 0;
|
||||||
|
stop
|
||||||
|
/** Si salio de emergencia **/
|
||||||
|
if ('maxIts'==100)
|
||||||
|
quote NO SE TERMINARON LAS ITERACIONES;
|
||||||
|
quote mejor K encontrado: 'actK';
|
||||||
|
proc /;
|
||||||
|
end
|
||||||
|
quote Valor de K: 'actK' (N='Nval');
|
||||||
|
piwe='actK';
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Reopen tnt*/
|
||||||
|
procedure %1;
|
||||||
|
hold 5000;
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Search trees*/
|
||||||
xpiwe(*;
|
xpiwe(*;
|
||||||
mult=replic 1000 tbr hold 1;
|
mult=replic 1000 tbr hold 10;
|
||||||
|
sect: slack 1000;
|
||||||
|
xmult=rss hit 1000 drift 10 ratchet 10 fuse 10;
|
||||||
piwe&;
|
piwe&;
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Export trees*/
|
||||||
export= trees.tre;
|
export= trees.tre;
|
||||||
taxname-;
|
taxname-;
|
||||||
export= trees_no.tre;
|
export= trees_no.tre;
|
||||||
taxname=;
|
taxname=;
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Consensus tree*/
|
||||||
bbreak=tbr;
|
bbreak=tbr;
|
||||||
majority *;
|
nelsen *;
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Get Bremer/jak/boot support*/
|
||||||
ttags=;
|
ttags=;
|
||||||
|
sub 1; hold +1000; bbreak=fill;
|
||||||
|
sub 2; hold +2000; bbreak=fill;
|
||||||
|
sub 3; hold +3000; bbreak=fill;
|
||||||
|
sub 4; hold +4000; bbreak=fill;
|
||||||
|
sub 5; hold +5000; bbreak=fill;
|
||||||
|
sub 6; hold +6000; bbreak=fill;
|
||||||
|
sub 7; hold +7000; bbreak=fill;
|
||||||
|
sub 8; hold +8000; bbreak=fill;
|
||||||
|
bsupport[;
|
||||||
|
resample jak replications 1000;
|
||||||
resample boot replications 1000;
|
resample boot replications 1000;
|
||||||
ttags & bt.svg thickness 7 italics fontsize 15;
|
|
||||||
export < bt.tre;
|
|
||||||
taxname-;
|
|
||||||
export - bt_no.tre;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Export consensus tree with supports*/
|
||||||
|
ttags & con.svg thickness 7 italics fontsize 15;
|
||||||
|
export < con.tre;
|
||||||
|
taxname-;
|
||||||
|
export - con_no.tre;
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Caulculate TL/CI/RI score*/
|
||||||
length *;
|
length *;
|
||||||
stats.run;
|
report-;
|
||||||
quit ;
|
var-;
|
||||||
|
var =
|
||||||
|
0 themin
|
||||||
|
1 themax
|
||||||
|
+ CIs [ ( ntrees + 1 ) ]
|
||||||
|
+ RIs [ ( ntrees + 1 ) ]
|
||||||
|
+ this
|
||||||
|
;
|
||||||
|
set themin minsteps;
|
||||||
|
set themax maxsteps;
|
||||||
|
loop 0 ntrees
|
||||||
|
progress #1 (ntrees+1) Calculating indices...;
|
||||||
|
set this length[#1];
|
||||||
|
set CIs[#1] 'themin'/'this'; /*CI=1 means no homoplasy*/
|
||||||
|
set RIs[#1] ('themax'-'this')/('themax'-'themin'); /*RI=1 character fits perfetcly*/
|
||||||
|
stop
|
||||||
|
progress/;
|
||||||
|
report=;
|
||||||
|
macfloat 3;
|
||||||
|
maketable CIs Consistency index;
|
||||||
|
maketable RIs Retention index;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Report*/
|
||||||
|
|
||||||
|
quote - /----------------------------------------------\;
|
||||||
|
quote - | The analysis has been finished. |;
|
||||||
|
quote - | The file `tnt.log` contains |;
|
||||||
|
quote - | K, TL, CI and RI |;
|
||||||
|
quote - | The file `trees*.tre` contain |;
|
||||||
|
quote - | trees found by mult and xmult |;
|
||||||
|
quote - | The file `con*.tre` contain |;
|
||||||
|
quote - | strict consensus tree |;
|
||||||
|
quote - | The file `*_no.tre` contain |;
|
||||||
|
quote - | tree with `taxaname-` |;
|
||||||
|
quote - | The file `con.svg` contain |;
|
||||||
|
quote - | strict consensus tree with |;
|
||||||
|
quote - | relative bremer, jak and boot |;
|
||||||
|
quote - | support on the tree |;
|
||||||
|
quote - \----------------------------------------------/;
|
||||||
|
|
||||||
|
/*Quit*/
|
||||||
|
zzz;
|
||||||
|
|
|
||||||
71
setk.run
71
setk.run
|
|
@ -1,71 +0,0 @@
|
||||||
macro=
|
|
||||||
|
|
||||||
var:
|
|
||||||
actK
|
|
||||||
minK
|
|
||||||
maxK
|
|
||||||
gVal
|
|
||||||
a
|
|
||||||
b
|
|
||||||
Nval
|
|
||||||
maxIts
|
|
||||||
;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (ntax<0)
|
|
||||||
quote NO HAY DATOS!;
|
|
||||||
proc/;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
set gVal 1;
|
|
||||||
|
|
||||||
/* busca el valor de g */
|
|
||||||
loop 0 nchar
|
|
||||||
if (!isinfo[#1]) continue; end
|
|
||||||
if (!isact[#1]) continue; end
|
|
||||||
set a=maxsteps[#1];
|
|
||||||
set b=minsteps[#1];
|
|
||||||
if (('a'-'b')>'gVal')
|
|
||||||
set gVal 'a'-'b';
|
|
||||||
end
|
|
||||||
stop
|
|
||||||
|
|
||||||
quote valor de g = 'gVal';
|
|
||||||
|
|
||||||
set actK 10;
|
|
||||||
set minK 0;
|
|
||||||
set maxK 500; /* Asume 500 como el maximo posible valor de K */
|
|
||||||
|
|
||||||
set maxIts 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
/* busca el mejor valor de K */
|
|
||||||
loop 0 1
|
|
||||||
quote actual valor de k = 'actK';
|
|
||||||
set a 1-('actK'/('actK'+1));
|
|
||||||
quote 'a';
|
|
||||||
set b ('actK'/('actK'+'gVal'-1))-('actK'/('actK'+'gVal'));
|
|
||||||
quote 'b';
|
|
||||||
set Nval 'a'/'b';
|
|
||||||
quote valor de N = 'Nval';
|
|
||||||
if (('Nval'>14.8)&&('Nval'<15.2)) endloop; end /* N esta en el rango */
|
|
||||||
if ('Nval'>15.2)
|
|
||||||
set minK 'actK';
|
|
||||||
else
|
|
||||||
set maxK 'actK';
|
|
||||||
end
|
|
||||||
set a ('maxK'-'minK')/2;
|
|
||||||
set actK 'minK' + 'a';
|
|
||||||
set maxIts ++;
|
|
||||||
if ('maxIts'==100) endloop; end /* salida de emergencia */
|
|
||||||
setloop 0;
|
|
||||||
stop
|
|
||||||
|
|
||||||
/* Si salio de emergencia */
|
|
||||||
if ('maxIts'==100)
|
|
||||||
quote NO SE TERMINARON LAS ITERACIONES;
|
|
||||||
quote mejor K encontrado: 'actK';
|
|
||||||
proc /;
|
|
||||||
end
|
|
||||||
|
|
||||||
quote Valor de K: 'actK' (N='Nval');
|
|
||||||
piwe='actK';
|
|
||||||
proc/;
|
|
||||||
23
stats.run
23
stats.run
|
|
@ -1,23 +0,0 @@
|
||||||
macro= ;
|
|
||||||
report- ;
|
|
||||||
var =
|
|
||||||
0 themin
|
|
||||||
1 themax
|
|
||||||
+ CIs [ ( ntrees + 1 ) ]
|
|
||||||
+ RIs [ ( ntrees + 1 ) ]
|
|
||||||
+ this
|
|
||||||
;
|
|
||||||
set themin minsteps ;
|
|
||||||
set themax maxsteps ;
|
|
||||||
loop 0 ntrees
|
|
||||||
progress #1 (ntrees+1) Calculating indices... ;
|
|
||||||
set this length[#1] ;
|
|
||||||
set CIs[#1] 'themin'/'this' ;
|
|
||||||
set RIs[#1] ('themax'-'this')/('themax'-'themin') ;
|
|
||||||
stop
|
|
||||||
progress/ ;
|
|
||||||
report= ;
|
|
||||||
macfloat 3 ;
|
|
||||||
maketable CIs Consistency index ;
|
|
||||||
maketable RIs Retention index ;
|
|
||||||
proc/ ;
|
|
||||||
Loading…
Reference in a new issue