malacology/SeqCombGo
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qaqland 2022-01-14 17:20:42 +08:00
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commit c0c60ce5a7
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15
a.nex
View file

@ -1,15 +1,16 @@
#NEXUS #NEXUS
BEGIN DATA; BEGIN DATA;
DIMENSIONS NTAX=4 NCHAR=6; DIMENSIONS NTAX=4 NCHAR=2031;
FORMAT DATATYPE=DNA GAP=- MISSING=?; FORMAT DATATYPE=DNA GAP=- MISSING=?;
MATRIX MATRIX
'>Bradybaena circulus circulus' -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------aactatatg-gtatcatatatagctatttctgctcaatg-taatataaatagccgcagtactctgactgtgctaaggtagcataatcatttggcttataattgaagtctagtatgaaagaagatatgggagttaactgtttcctaaacgtttacttaatttacttagggggtgaaaatacccccacaaacataatagacgagaagacccttgaaatttttagtata---attttaaatcgtgctttttgttggggcgacaaggtagcatagtaaacctactaagtggttttattagaacaaaattgtatgaataattaaattactcaagggataacagcataatattttaaagtttgtgacctcgatgttggactaggacaatatagtttaaaagactattatttttgctctgttcg---------------------tatatattatttggtgtttggtgtgggatagttggtacaggtttaagattattgattcgaatagagttaggtagttctggtgttatagcagaagagcatttctacaatgttattgtaacagctcatgcttttgtaataattttttttatagttatgccaatcatgattggaggttttggaaattgaatagtaccgttgttgattggggcacccgatatgagctttccacgtataaacaatataaggttttgattgttacccccttcttttcttctattaattagaagtagtctagtagaaggcggtgcagggaccggttgaacagtgtatcctccacttagctcacttgtaggtcataggagagctgccgtagacttagcaatcttttctcttcatttggctgggatatcatcaattttaggtgcaatcaattttattacaactatttttaatatacgagccccaggaataactatggaacgtgttagactgtttgtttgatctattttagtgacagtgtttcttttattact----------------------------------------------------------------------------- 'Bradybaena circulus circulus' -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------aactatatg-gtatcatatatagctatttctgctcaatg-taatataaatagccgcagtactctgactgtgctaaggtagcataatcatttggcttataattgaagtctagtatgaaagaagatatgggagttaactgtttcctaaacgtttacttaatttacttagggggtgaaaatacccccacaaacataatagacgagaagacccttgaaatttttagtata---attttaaatcgtgctttttgttggggcgacaaggtagcatagtaaacctactaagtggttttattagaacaaaattgtatgaataattaaattactcaagggataacagcataatattttaaagtttgtgacctcgatgttggactaggacaatatagtttaaaagactattatttttgctctgttcg---------------------tatatattatttggtgtttggtgtgggatagttggtacaggtttaagattattgattcgaatagagttaggtagttctggtgttatagcagaagagcatttctacaatgttattgtaacagctcatgcttttgtaataattttttttatagttatgccaatcatgattggaggttttggaaattgaatagtaccgttgttgattggggcacccgatatgagctttccacgtataaacaatataaggttttgattgttacccccttcttttcttctattaattagaagtagtctagtagaaggcggtgcagggaccggttgaacagtgtatcctccacttagctcacttgtaggtcataggagagctgccgtagacttagcaatcttttctcttcatttggctgggatatcatcaattttaggtgcaatcaattttattacaactatttttaatatacgagccccaggaataactatggaacgtgttagactgtttgtttgatctattttagtgacagtgtttcttttattact-----------------------------------------------------------------------------tatatattatttggtgtttggtgtgggatagttggtacaggtttaagattattgattcgaatagagttaggtagttctggtgttatagcagaagagcatttctacaatgttattgtaacagctcatgcttttgtaataattttttttatagttatgccaatcatgattggaggttttggaaattgaatagtaccgttgttgattggggcacccgatatgagctttccacgtataaacaatataaggttttgattgttacccccttcttttcttctattaattagaagtagtctagtagaaggcggtgcagggaccggttgaacagtgtatcctccacttagctcacttgtaggtcataggagagctgccgtagacttagcaatcttttctcttcatttggctgggatatcatcaattttaggtgcaatcaattttattacaactatttttaatatacgagccccaggaataactatggaacgtgttagactgtttgtttgatctattttagtgacagtgtttcttttattact-----------------------------------------------------------------------------
'>Bradybaena phaeogramma phaeogramma' -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------aactatatg-gtatcatatatagctatttctgctcaatg-taatataaatagccgcagtactctgactgtgctaaggtagcataatcatttggcttataattgaagtctagtatgaaagaagatatgggagttaactgtttcctaaacgtttacttaatttacttagggggtgaaaatacccccacaaacataatagacgagaagacccttgaaatttttagtata---attttaaatcgtgctttttgttggggcgacaaggtagcatagtaaacctactaagtggttttattagaacaaaattgtatgaataattaaattactcaagggataacagcataatattttaaagtttgtgacctcgatgttggactaggacaatatagtttaaaagactattatttttgctctgttcg---------------------tatatattatttggtgtttggtgtgggatagttggtacaggtttaagattattgattcgaatagagttaggtagttctggtgttatagcagaagagcatttctacaatgttattgtaacagctcatgcttttgtaataattttttttatagttatgccaatcatgattggaggttttggaaattgaatagtaccgttgttgattggggcacccgatatgagctttccacgtataaacaatataaggttttgattgttacccccttcttttcttctattaattagaagtagtctagtagaaggcggtgcagggaccggttgaacagtgtatcctccacttagctcacttgtaggtcataggagagctgccgtagacttagcaatcttttctcttcatttggctgggatatcatcaattttaggtgcaatcaattttattacaactatttttaatatacgagccccaggaataactatggaacgtgttagactgtttgtttgatctattttagtgacagtgtttcttttattact----------------------------------------------------------------------------- 'Bradybaena phaeogramma phaeogramma' -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------aactatatg-gtatcatatatagctatttctgctcaatg-taatataaatagccgcagtactctgactgtgctaaggtagcataatcatttggcttataattgaagtctagtatgaaagaagatatgggagttaactgtttcctaaacgtttacttaatttacttagggggtgaaaatacccccacaaacataatagacgagaagacccttgaaatttttagtata---attttaaatcgtgctttttgttggggcgacaaggtagcatagtaaacctactaagtggttttattagaacaaaattgtatgaataattaaattactcaagggataacagcataatattttaaagtttgtgacctcgatgttggactaggacaatatagtttaaaagactattatttttgctctgttcg---------------------tatatattatttggtgtttggtgtgggatagttggtacaggtttaagattattgattcgaatagagttaggtagttctggtgttatagcagaagagcatttctacaatgttattgtaacagctcatgcttttgtaataattttttttatagttatgccaatcatgattggaggttttggaaattgaatagtaccgttgttgattggggcacccgatatgagctttccacgtataaacaatataaggttttgattgttacccccttcttttcttctattaattagaagtagtctagtagaaggcggtgcagggaccggttgaacagtgtatcctccacttagctcacttgtaggtcataggagagctgccgtagacttagcaatcttttctcttcatttggctgggatatcatcaattttaggtgcaatcaattttattacaactatttttaatatacgagccccaggaataactatggaacgtgttagactgtttgtttgatctattttagtgacagtgtttcttttattact-----------------------------------------------------------------------------tatatattatttggtgtttggtgtgggatagttggtacaggtttaagattattgattcgaatagagttaggtagttctggtgttatagcagaagagcatttctacaatgttattgtaacagctcatgcttttgtaataattttttttatagttatgccaatcatgattggaggttttggaaattgaatagtaccgttgttgattggggcacccgatatgagctttccacgtataaacaatataaggttttgattgttacccccttcttttcttctattaattagaagtagtctagtagaaggcggtgcagggaccggttgaacagtgtatcctccacttagctcacttgtaggtcataggagagctgccgtagacttagcaatcttttctcttcatttggctgggatatcatcaattttaggtgcaatcaattttattacaactatttttaatatacgagccccaggaataactatggaacgtgttagactgtttgtttgatctattttagtgacagtgtttcttttattact-----------------------------------------------------------------------------
'>Bradybaena similaris' -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------aactatatg-gtatcatatatagctatttctgctcaatg-taatataaatagccgcagtactctgactgtgctaaggtagcataatcatttggcttataattgaagtctagtatgaaagaagatatgggagttaactgtttcctaaacgtttacttaatttacttagggggtgaaaatacccccacaaacataatagacgagaagacccttgaaatttttagtata---attttaaatcgtgctttttgttggggcgacaaggtagcatagtaaacctactaagtggttttattagaacaaaattgtatgaataattaaattactcaagggataacagcataatattttaaagtttgtgacctcgatgttggactaggacaatatagtttaaaagactattatttttgctctgttcg---------------------??? 'Bradybaena similaris' -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------aactatatg-gtatcatatatagctatttctgctcaatg-taatataaatagccgcagtactctgactgtgctaaggtagcataatcatttggcttataattgaagtctagtatgaaagaagatatgggagttaactgtttcctaaacgtttacttaatttacttagggggtgaaaatacccccacaaacataatagacgagaagacccttgaaatttttagtata---attttaaatcgtgctttttgttggggcgacaaggtagcatagtaaacctactaagtggttttattagaacaaaattgtatgaataattaaattactcaagggataacagcataatattttaaagtttgtgacctcgatgttggactaggacaatatagtttaaaagactattatttttgctctgttcg---------------------????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
'>Bradybaena virgo virgo' ???tatatattatttggtgtttggtgtgggatagttggtacaggtttaagattattgattcgaatagagttaggtagttctggtgttatagcagaagagcatttctacaatgttattgtaacagctcatgcttttgtaataattttttttatagttatgccaatcatgattggaggttttggaaattgaatagtaccgttgttgattggggcacccgatatgagctttccacgtataaacaatataaggttttgattgttacccccttcttttcttctattaattagaagtagtctagtagaaggcggtgcagggaccggttgaacagtgtatcctccacttagctcacttgtaggtcataggagagctgccgtagacttagcaatcttttctcttcatttggctgggatatcatcaattttaggtgcaatcaattttattacaactatttttaatatacgagccccaggaataactatggaacgtgttagactgtttgtttgatctattttagtgacagtgtttcttttattact----------------------------------------------------------------------------- 'Bradybaena virgo virgo' ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????tatatattatttggtgtttggtgtgggatagttggtacaggtttaagattattgattcgaatagagttaggtagttctggtgttatagcagaagagcatttctacaatgttattgtaacagctcatgcttttgtaataattttttttatagttatgccaatcatgattggaggttttggaaattgaatagtaccgttgttgattggggcacccgatatgagctttccacgtataaacaatataaggttttgattgttacccccttcttttcttctattaattagaagtagtctagtagaaggcggtgcagggaccggttgaacagtgtatcctccacttagctcacttgtaggtcataggagagctgccgtagacttagcaatcttttctcttcatttggctgggatatcatcaattttaggtgcaatcaattttattacaactatttttaatatacgagccccaggaataactatggaacgtgttagactgtttgtttgatctattttagtgacagtgtttcttttattact-----------------------------------------------------------------------------tatatattatttggtgtttggtgtgggatagttggtacaggtttaagattattgattcgaatagagttaggtagttctggtgttatagcagaagagcatttctacaatgttattgtaacagctcatgcttttgtaataattttttttatagttatgccaatcatgattggaggttttggaaattgaatagtaccgttgttgattggggcacccgatatgagctttccacgtataaacaatataaggttttgattgttacccccttcttttcttctattaattagaagtagtctagtagaaggcggtgcagggaccggttgaacagtgtatcctccacttagctcacttgtaggtcataggagagctgccgtagacttagcaatcttttctcttcatttggctgggatatcatcaattttaggtgcaatcaattttattacaactatttttaatatacgagccccaggaataactatggaacgtgttagactgtttgtttgatctattttagtgacagtgtttcttttattact-----------------------------------------------------------------------------
; ;
END; END;
BEGIN SETS; BEGIN SETS;
CHARSET ./data/16S.fas = 1-3; CHARSET ./data/16S.fas = 1-811;
CHARSET ./data/CO1.fas = 4-6; CHARSET ./data/CO1.fas = 812-1421;
CHARSET ./data/CO1.mega.fas = 1422-2031;
END; END;

5
count.go
View file

@ -19,9 +19,8 @@ func fas_sum() []dna {
} }
// 整合若干文件的统计 // 整合若干文件的统计
func fas_count() []charset { func fas_count(sum_nex []dna) []charset {
fas_charset := []charset{} fas_charset := []charset{}
sum_nex := fas_sum()
for k, v := range sum_nex { for k, v := range sum_nex {
n := v.name n := v.name
f := 1 f := 1
@ -33,6 +32,6 @@ func fas_count() []charset {
new_charset := charset{n, f, t} new_charset := charset{n, f, t}
fas_charset = append(fas_charset, new_charset) fas_charset = append(fas_charset, new_charset)
} }
// fmt.Println(sum_charset) fmt.Println(fas_charset)
return fas_charset return fas_charset
} }

4
gocomb.go
View file

@ -17,9 +17,9 @@ func main() {
sum_nex := fas_sum() sum_nex := fas_sum()
sum_charset := fas_count() sum_charset := fas_count(sum_nex)
sum_dna, ntax, nchar := dna_mix(sum_nex, sum_charset) sum_dna, ntax, nchar := fas_mix(sum_nex, sum_charset)
matrix := make(map[string]string, ntax) matrix := make(map[string]string, ntax)
for k := range sum_dna { for k := range sum_dna {

9
mix.go
View file

@ -2,13 +2,13 @@ package main
import "strings" import "strings"
func dna_mix(sum_nex []dna, sum_charset []charset) (map[string][]string, int, int) { func fas_mix(sum_nex []dna, sum_charset []charset) (map[string][]string, int, int) {
// dna 的整合 // dna 的整合
ntax := 0 ntax := 0
nchar := sum_charset[len(sum_charset)-1].To nchar := sum_charset[len(sum_charset)-1].To
sum_dna := make(map[string][]string) sum_dna := make(map[string][]string)
for _, v := range sum_nex { for _, v := range sum_nex {
for k1 := range v.min_dna { for k1 := range v.min {
_, has := sum_dna[k1] _, has := sum_dna[k1]
if !has { if !has {
sum_dna[k1] = make([]string, len(sum_charset)) sum_dna[k1] = make([]string, len(sum_charset))
@ -17,12 +17,13 @@ func dna_mix(sum_nex []dna, sum_charset []charset) (map[string][]string, int, in
} }
} }
for k, v := range sum_nex { for k, v := range sum_nex {
for _, v1 := range v.min_dna { for _, v1 := range v.min {
for k2 := range sum_dna { for k2 := range sum_dna {
if _, ok := v.min_dna[k2]; ok { if _, ok := v.min[k2]; ok {
sum_dna[k2][k] = v1 sum_dna[k2][k] = v1
} else { } else {
sum_dna[k2][k] = strings.Repeat("?", v.count) sum_dna[k2][k] = strings.Repeat("?", v.count)
// 之前就没写错吗
} }
} }
} }

3
nex.tmpl
View file

@ -4,7 +4,8 @@ BEGIN DATA;
FORMAT DATATYPE=DNA GAP=- MISSING=?; FORMAT DATATYPE=DNA GAP=- MISSING=?;
MATRIX MATRIX
{{- range $k, $v := .Matrix }} {{- range $k, $v := .Matrix }}
'{{ $k }}' {{ $v }}{{ end }} '{{ $k }}' {{ $v }}
{{- end }}
; ;
END; END;
BEGIN SETS; BEGIN SETS;

17
parser.go
View file

@ -3,12 +3,13 @@ package main
import ( import (
"fmt" "fmt"
"io/ioutil" "io/ioutil"
"strings"
) )
type dna struct { type dna struct {
name string name string
count int count int
min_dna map[string]string min map[string]string
} }
// 读取fas文件 // 读取fas文件
@ -25,24 +26,24 @@ func fas_parser(file_name string) dna {
i := 0 // acgt行计数 i := 0 // acgt行计数
j := -1 // 标题行计数 j := -1 // 标题行计数
seq := make(map[string]string) seq := make(map[string]string)
section := "" indid := ""
for k, v := range f { for k, v := range f {
switch v { switch v {
case '>': case '>':
j = k j = k + 1
count++
case '\n': case '\n':
if j != -1 { if j != -1 {
section = string(f[j:k]) indid = string(f[j:k])
i = k + 1 i = k + 1
j = -1 j = -1
continue continue
} }
seq[section] = seq[section] + string(f[i:k]) seq[indid] = seq[indid] + strings.ToLower(string(f[i:k]))
i = k + 1 i = k + 1
} }
} }
count = len(seq[indid])
// for k1, v1 := range seq { // for k1, v1 := range seq {
// fmt.Println(k1) // fmt.Println(k1)
// fmt.Println(v1) // fmt.Println(v1)