init
This commit is contained in:
commit
7e4aab7d0a
1 changed files with 87 additions and 0 deletions
87
main.cpp
Normal file
87
main.cpp
Normal file
|
@ -0,0 +1,87 @@
|
||||||
|
#include <iostream>
|
||||||
|
#include <fstream>
|
||||||
|
#include<sstream>
|
||||||
|
#include <string>
|
||||||
|
#include <vector>
|
||||||
|
#include <algorithm>
|
||||||
|
|
||||||
|
using namespace std;
|
||||||
|
|
||||||
|
int datatype=0, ntax, nseq;
|
||||||
|
char * fn;
|
||||||
|
|
||||||
|
void show_help(int help_num);
|
||||||
|
void read_input(void);
|
||||||
|
|
||||||
|
int readPhy(){
|
||||||
|
int num=0;
|
||||||
|
cout << "readphy is working, filename is " << fn << endl;
|
||||||
|
//read file
|
||||||
|
ifstream seqfile;
|
||||||
|
seqfile.open(fn);
|
||||||
|
//read number of taxa and charcter
|
||||||
|
string sntax, snseq, snall;
|
||||||
|
cout << "Reading from the file" << endl;
|
||||||
|
getline(seqfile,snall);
|
||||||
|
istringstream istr(snall);
|
||||||
|
istr >> sntax; istr >> snseq;
|
||||||
|
ntax = stoi (sntax); nseq = stoi (snseq); // string to int
|
||||||
|
cout << "ntax=" << ntax << " nseq=" << nseq << endl;
|
||||||
|
//read sequence
|
||||||
|
|
||||||
|
seqfile.close();
|
||||||
|
return num;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void procargs (int nargs, char ** arg){ //*arg 视为整体,是字符串指针
|
||||||
|
int i;
|
||||||
|
char * cp;//cp 字符指针 *p 第一个char
|
||||||
|
|
||||||
|
//no arg, show help
|
||||||
|
if (nargs==1){
|
||||||
|
show_help(0);
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
//recognize arg
|
||||||
|
for (i=1;i<nargs;i++){
|
||||||
|
cp = *(arg+i);
|
||||||
|
//error arg
|
||||||
|
if (*cp != '-'){
|
||||||
|
cout << "Unknown arguments, please use -h to check" << endl;
|
||||||
|
exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
//check arg
|
||||||
|
switch (*++cp){//先++
|
||||||
|
case 'f':
|
||||||
|
cp++;
|
||||||
|
if (*cp=='f') datatype=1;
|
||||||
|
if (*cp=='n') datatype=2;
|
||||||
|
if (*cp=='p') {datatype=3; cout << "datatype is phylip, " << datatype << endl;}
|
||||||
|
break;
|
||||||
|
case 'h': show_help(1); break;
|
||||||
|
case 'i': cp++; fn = cp; break;
|
||||||
|
default: cout << "Unrecognized agruments " << *(arg+i) << endl; exit(0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
void show_help (int help_num){
|
||||||
|
if (help_num == 0){
|
||||||
|
cout << "SeqConvert GPL, please use -h to see more help" << endl;
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
cout << "-f from: -ff fasta; -fn nexus; -fp phylip;\n-h help;\n-i input: -i${filename};" << endl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void read_input (void){
|
||||||
|
if (datatype==3) readPhy();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
int main(int argc, char **argv){
|
||||||
|
procargs (argc, argv);
|
||||||
|
read_input();
|
||||||
|
int i;
|
||||||
|
for (i = 0; i < argc; i++) cout << "argument "<< i << " is " << *(argv+i) << endl;
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
}
|
Loading…
Reference in a new issue